Systems Medicine of Metabolic-Signaling Networks: A New Concept for Breast Cancer Patient Stratification

Projektinformationen

MESI-STRAT

ID Finanzhilfevereinbarung: 754688

DOI

10.3030/754688

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 21 November 2017

Startdatum 1 Januar 2018

Enddatum 30 September 2023

Finanziert unter

• SOCIETAL CHALLENGES - Health, demographic change and well-being

Gesamtkosten

€ 5 949 963,75

EU-Beitrag

€ 5 949 963,75

Koordiniert durch

UNIVERSITAET INNSBRUCK
Austria

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Leistungen

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Documents, reports (1)

WOO trial: Report on status of posting results

WOO trial Report on status of posting results

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (33)

The therapeutic potential of targeting tryptophan catabolism in cancer

Autoren: Christiane A. Opitz, Luis F. Somarribas Patterson, Soumya R. Mohapatra, Dyah L. Dewi, Ahmed Sadik, Michael Platten, Saskia Trump
Veröffentlicht in: British Journal of Cancer, Ausgabe 122/1, 2020, Seite(n) 30-44, ISSN 0007-0920
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41416-019-0664-6

The complex biology of aryl hydrocarbon receptor activation in cancer and beyond

Autoren: Christiane A. Opitz, Pauline Holfelder, Mirja Tamara Prentzell, Saskia Trump
Veröffentlicht in: Biochemical Pharmacology, Ausgabe 216, October 2023, 2023, ISSN 0006-2952
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bcp.2023.115798

Breaking the Interface: Efficient Extraction of Magnetic Beads from Nanoliter Droplets for Automated Sequential Immunoassays

Autoren: Lukas Metzler; Ulrike Rehbein; Jan-Niklas Schönberg; Thomas Brandstetter; Kathrin Thedieck; Jürgen Rühe
Veröffentlicht in: Analytical Chemistry, Ausgabe 92, 15, 2020, ISSN 0003-2700
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.0c00187

Identification of evolutionary and kinetic drivers of NAD-dependent signaling

Autoren: Mathias Bockwoldt, Dorothée Houry, Marc Niere, Toni I. Gossmann, Ines Reinartz, Alexander Schug, Mathias Ziegler, Ines Heiland
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 116/32, 2019, Seite(n) 15957-15966, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1902346116

Hypoxia Routes Tryptophan Homeostasis Towards Increased Tryptamine Production

Autoren: Soumya R. Mohapatra, Ahmed Sadik, Suraj Sharma, Gernot Poschet, Hagen M. Gegner, Tobias V. Lanz, Philippe Lucarelli, Ursula Klingmüller, Michael Platten, Ines Heiland, Christiane A. Opitz
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, Ausgabe 12, 2021, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fimmu.2021.590532

T-cell mediated targeted delivery of anti-PD-L1 nanobody overcomes poor 1 antibody penetration and improves PD-L1 blocking at the tumor site

Autoren: Pierre-Florent Petit, Raphaële Bombart, Pierre-Hubert Desimple, Stefan Naulaert, Laurie Thouvenel, Jean-François Collet, Benoit Van den Eynde, Jingjing Zhu
Veröffentlicht in: Cancer Immunology Research, Ausgabe Vol. 10, no. 6, 2022, 2022, Seite(n) 713 - 727, ISSN 2326-6066
Herausgeber: American Association for Cancer Research Inc.
DOI: 10.1158/2326-6066.cir-21-0801

Finding new edges: systems approaches to MTOR signaling

Autoren: Alexander Martin Heberle, Ulrike Rehbein, Maria Rodríguez Peiris, Kathrin Thedieck
Veröffentlicht in: Biochemical Society Transactions, Ausgabe 49/1, 2021, Seite(n) 41-54, ISSN 0300-5127
Herausgeber: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/bst20190730

Welcome to the Family: Identification of the NAD+ Transporter of Animal Mitochondria as Member of the Solute Carrier Family SLC25

Autoren: Mathias Ziegler, Magnus Monné, Andrey Nikiforov, Gennaro Agrimi, Ines Heiland, and Ferdinando Palmieri
Veröffentlicht in: Biomolecules, Ausgabe 11(6), 880, 2021, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biom11060880

IL4I1 Is a Metabolic Immune Checkpoint that Activates the AHR and Promotes Tumor Progression

Autoren: Ahmed Sadik, Luis F. Somarribas Patterson, Selcen Öztürk, Soumya R. Mohapatra, Verena Panitz, Philipp F. Secker, Pauline Pfänder, Stefanie Loth, Heba Salem, Mirja Tamara Prentzell, Bianca Berdel, Murat Iskar, Erik Faessler, Friederike Reuter, Isabelle Kirst, Verena Kalter, Kathrin I. Foerster, Evelyn Jäger, Carina Ramallo Guevara, Mansour Sobeh, Thomas Hielscher, Gernot Poschet, Annekathrin Re
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 182/5, 2020, Seite(n) 1252-1270.e34, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2020.07.038

Arid5a: A Missing Link between EMT and Tumoral Immune Resistance.

Autoren: Benoît Van den Eynde
Veröffentlicht in: Cancer immunology research, Vol. 9, no.8, p. 854 (2021), 2021, Seite(n) 854, ISSN 2326-6066
Herausgeber: American Association for Cancer Research Inc.
DOI: 10.1158/2326-6066.cir-21-0432

Natural isotope correction improves analysis of protein modification dynamics

Autoren: Jörn Dietze,Alienke van Pijkeren, Anna-Sophia Egger, Mathias Ziegler, Marcel Kwiatkowski, and Ines Heiland
Veröffentlicht in: Analytical and Bioanalytical Chemistry, Ausgabe 413, 2021, Seite(n) 7333-7340, ISSN 1618-2650
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/s00216-021-03732-7

Systemic tryptophan homeostasis

Autoren: Simon Klaessens, Vincent Stroobant, Etienne De Plaen, Benoit J. Van den Eynde
Veröffentlicht in: Frontiers in Molecular Biosciences, Ausgabe Vol 9 - 2022, 2022, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmolb.2022.897929

The TSC complex-mTORC1 axis: from lysosomes to stress granules and back

Autoren: Ulrike Rehbein, Mirja Tamara Prentzell, Marti Cadena Sandoval, Alexander Martin Heberle, Elizabeth P. Henske, Christiane A. Opitz and Kathrin Thedieck
Veröffentlicht in: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Ausgabe 9 (2021), 2021, ISSN 2296-634X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fcell.2021.751892

Comparative Assessment of Quantification Methods for Tumor Tissue Phosphoproteomics

Autoren: Yang Zhang, Benjamin Dreyer, Natalia Govorukhina, Alexander M Heberle, Saša Končarević, Christoph Krisp, Christiane A Opitz, Pauline Pfänder, Rainer Bischoff, Hartmut Schlüter, Marcel Kwiatkowski, Kathrin Thedieck, Peter L Horvatovich
Veröffentlicht in: Analytical Chemistry, Ausgabe Aug 9;94(31), 2022, Seite(n) 10893-10906, ISSN 0003-2700
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.2c01036

Proteome Coverage after Simultaneous Proteo-Metabolome Liquid–Liquid Extraction

Autoren: Alienke van Pijkeren, Anna-Sophia Egger, Madlen Hotze, Elisabeth Zimmermann, Tobias Kipura, Julia Grander, André Gollowitzer, Andreas Koeberle, Rainer Bischoff, Kathrin Thedieck, and Marcel Kwiatkowski
Veröffentlicht in: Journal of proteome research, Ausgabe 2023, 22, 2023, Seite(n) 951 - 966, ISSN 1535-3893
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00758

Tryptophan metabolism is inversely regulated in the tumor and blood of patients with glioblastoma.

Autoren: Panitz V, Končarević S, Sadik A, Friedel D, Bausbacher T, Trump S, Farztdinov V, Schulz S, Sievers P, Schmidt S, Jürgenson I, Jung S, Kuhn K, Pflüger I, Sharma S, Wick A, Pfänder P, Selzer S, Vollmuth P, Sahm F, von Deimling A, Heiland I, Hopf C, Schulz-Knappe P, Pike I, Platten M, Wick W, Opitz CA
Veröffentlicht in: Theranostics, Ausgabe 11(19), 2021, Seite(n) 9217-9233, ISSN 1838-7640
Herausgeber: Ivyspring International Publisher
DOI: 10.7150/thno.60679

Tryptophanemia is controlled by a tryptophan-sensing mechanism ubiquitinating tryptophan 2,3-dioxygenase

Autoren: Simon Klaessens, Vincent Stroobant,Delia Hoffmann, Mads Gyrd-Hansen,Luc Pilotte, Nathalie Vigneron, Etienne De Plaen, and Benoit J. Van den Eynde
Veröffentlicht in: PNAS, Ausgabe 118 (23), 2021, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2022447118

Fine-Tuning Cardiac Insulin-Like Growth Factor 1 Receptor Signaling to Promote Health and Longevity

Autoren: Mahmoud Abdellatif, Viktoria Trummer-Herbst, Alexander Martin Heberle, Alina Humnig, Tobias Pendl, Sylvère Durand, Giulia Cerrato, Sebastian J. Hofer, Moydul Islam, Julia Voglhuber, José Miguel Ramos Pittol, Oliver Kepp, Gerald Hoefler, Albrecht Schmidt, Peter P. Rainer, Daniel Scherr, Dirk von Lewinski, Egbert Bisping, Julie R. McMullen, Abhinav Diwan, Tobias Eisenberg, Frank Madeo, Kathrin The
Veröffentlicht in: Circulation, Ausgabe Vol. 145 No. 25, 2022, Seite(n) 1853 - 1866, ISSN 0009-7322
Herausgeber: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1161/circulationaha.122.059863

mTORC1 Crosstalk With Stress Granules in Aging and Age-Related Diseases

Autoren: Marti Cadena Sandoval, Alexander Martin Heberle, Ulrike Rehbein, Cecilia Barile, José Miguel Ramos Pittol, Kathrin Thedieck
Veröffentlicht in: Frontiers in Aging, Ausgabe Volume 2 - 2021, 2021, ISSN 2673-6217
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fragi.2021.761333

Tryptophan depletion sensitizes the AHR pathway by increasing AHR expression and GCN2/LAT1-mediated kynurenine uptake, and potentiates induction of regulatory T lymphocytes

Autoren: Marie Solvay, Pauline Holfelder, Simon Klaessens, Luc Pilotte, Vincent Stroobant, Juliette Lamy, Stefan Naulaerts, Quentin Spillier, Raphaël Frédérick, Etienne De Plaen, Christine Sers, Christiane A Opitz, Benoit J Van den Eynde, Jingjing Zhu
Veröffentlicht in: Journal for ImmunoTherapy of Cancer, Ausgabe 11 (6), 2023, ISSN 2051-1426
Herausgeber: BMJ
DOI: 10.1136/jitc-2023-006728

G3BPs tether the TSC complex to lysosomes and suppress mTORC1 signaling

Autoren: Mirja Tamara Prentzell, Ulrike Rehbein, Marti Cadena Sandoval, Ann-Sofie De Meulemeester, Ralf Baumeister, Laura Brohée, Bianca Berdel, Mathias Bockwoldt, Bernadette Carroll, Suvagata Roy Chowdhury, Andreas von Deimling, Constantinos Demetriades, Gianluca Figlia, Mariana Eca Guimaraes de Araujo, Alexander M. Heberle, Ines Heiland, Birgit Holzwarth, Lukas A. Huber, Jacek Jaworski, Magdalena Kedra,
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 184/3, 2021, Seite(n) 655-674.e27, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2020.12.024

Combined Metabolic and Chemical (CoMetChem) Labeling Using Stable Isotopes—a Strategy to Reveal Site-Specific Histone Acetylation and Deacetylation Rates by LC-MS

Autoren: Alienke van Pijkeren; Jörn Dietze; Alejandro Sánchez Brotons; Anna-Sophia Egger; Tim Lijster; Andrei Barcaru; Madlen Hotze; Philipp Kobler; Frank J. Dekker; Peter Horvatovich; Barbro N. Melgert; Mathias Ziegler; Kathrin Thedieck; Ines Heiland; Rainer Bischoff; Marcel Kwiatkowski
Veröffentlicht in: Analytical Chemistry, Ausgabe Vol. 93, Iss. 38, 2021, Seite(n) 12872 - 12880, ISSN 0003-2700
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c01359

The PI3K and MAPK/p38 pathways control stress granule assembly in a hierarchical manner

Autoren: Alexander Martin Heberle, Patricia Razquin Navas, Miriam Langelaar-Makkinje, Katharina Kasack, Ahmed Sadik, Erik Faessler, Udo Hahn, Philip Marx-Stoelting, Christiane A Opitz, Christine Sers, Ines Heiland, Sascha Schäuble, Kathrin Thedieck
Veröffentlicht in: Life Science Alliance, Ausgabe 2/2, 2019, Seite(n) e201800257, ISSN 2575-1077
Herausgeber: Life Science Alliance
DOI: 10.26508/lsa.201800257

Partially non-homogeneous dynamic Bayesian networks based on Bayesian regression models with partitioned design matrices

Autoren: Mahdi Shafiee Kamalabad, Alexander Martin Heberle, Kathrin Thedieck, Marco Grzegorczyk
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 35/12, 2018, Seite(n) 2108-2117, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty917

Tomatidine, a novel antiviral compound towards dengue virus

Autoren: Mayra Diosa-Toro, Berit Troost, Denise van de Pol, Alexander Martin Heberle, Silvio Urcuqui-Inchima, Kathrin Thedieck, Jolanda M. Smit
Veröffentlicht in: Antiviral Research, Ausgabe 161, 2019, Seite(n) 90-99, ISSN 0166-3542
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.antiviral.2018.11.011

Tryptophan metabolism as a common therapeutic target in cancer, neurodegeneration and beyond

Autoren: Michael Platten, Ellen A. A. Nollen, Ute F. Röhrig, Francesca Fallarino, Christiane A. Opitz
Veröffentlicht in: Nature Reviews Drug Discovery, Ausgabe 18/5, 2019, Seite(n) 379-401, ISSN 1474-1776
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41573-019-0016-5

The SZT2 interactome unravels new functions of the KICSTOR complex

Autoren: Cecilia Cattelani, Dominik Lesiak, Gudrun Liebscher, Isabel I. Singer, Taras Stasyk, Moritz H. Wallnöfer, Alexander M. Heberle, Corrado Corti, Michael W. Hess, Kristian Pfaller, Marcel Kwiatkowski, Peter P. Pramstaller, Andrew A. Hicks, Kathrin Thedieck, Thomas Müller, Lukas A. Huber, and Mariana Eca Guimaraes de Araujo
Veröffentlicht in: Cells, Ausgabe 10 (10) 2021, 2021, ISSN 2073-4409
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/cells10102711

PI(18:1/18:1) is a SCD1-derived lipokine that limits stress signaling

Autoren: Maria Thürmer, André Gollowitzer, Helmut Pein, Konstantin Neukirch, Elif Gelmez, Lorenz Waltl, Natalie Wielsch, René Winkler, Konstantin Löser, Julia Grander, Madlen Hotze, Sönke Harder, Annika Döding, Martina Meßner, Fabiana Troisi, Maximilian Ardelt, Hartmut Schlüter, Johanna Pachmayr, Óscar Gutiérrez-Gutiérrez, Karl Lenhard Rudolph, Kathrin Thedieck, Ulrike Schulze-Späte, Cristina G
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 13 (2022), 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-30374-9

Podocytes maintain high basal levels of autophagy independent of mtor signaling.

Autoren: Tillmann Bork; Kosuke Yamahara; Kosuke Yamahara; Shuya Liu; Olivia Lenoir; Ketan Patel; Ketan Patel; Kathrin Thedieck; Kathrin Thedieck; Bjoern Hartleben; Tobias B. Huber; Christoph Schell; Pierre-Louis Tharaux; Wei Liang; Wei Liang; Philipp Lee; Zhejia Tian
Veröffentlicht in: Autophagy, Ausgabe Vol. 16, No.11, 2019, Seite(n) 1932-1948, ISSN 1554-8627
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15548627.2019.1705007

Resistance Exercise Reduces Kynurenine Pathway Metabolites in Breast Cancer Patients Undergoing Radiotherapy

Autoren: Zimmer, Philipp; Schmidt, Martina E.; Prentzell, Mirja Tamara; Berdel, Bianca; Wiskemann, Joachim; Kellner, Karl Heinz; Debus, Jürgen; Ulrich, Cornelia; Opitz, Christiane A.; Steindorf, Karen
Veröffentlicht in: Frontiers in Oncology, 2019, ISSN 2234-943X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fonc.2019.00962

Multi-scale modeling of drug binding kinetics to predict drug efficacy

Autoren: Fabirzio Clarelli, Jingyi Liang, Antal Martinecz, Ines Heiland, Pia Abel zur Wiesch
Veröffentlicht in: Cellular and Molecular Life Sciences, Ausgabe 77, 2020, Seite(n) 381-394, ISSN 1420-682X
Herausgeber: Birkhauser Verlag
DOI: 10.1007/s00018-019-03376-y

Cardiac PI3K p110α attenuation delays aging and extends lifespan

Autoren: Mahmoud Abdellatif, Tobias Eisenberg, Alexander Martin Heberle, Kathrin Thedieck, Guido Kroemer, Simon Sedej
Veröffentlicht in: Cell Stress, Ausgabe Vol. 6, No. 8, 2022, Seite(n) 72 - 75, ISSN 2523-0204
Herausgeber: Shared Science Publishers OG
DOI: 10.15698/cst2022.08.270

Transcriptomic Deconvolution of Neuroendocrine Neoplasms Predicts Clinically Relevant Characteristics

Autoren: Raik Otto; Katharina M. Detjen; Pamela Riemer; Melanie Fattohi; Carsten Grötzinger; Guido Rindi; Bertram Wiedenmann; Christine Sers; Ulf Leser
Veröffentlicht in: Volume 15(3), 2023, ISSN 2072-6694
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cancers15030936

Other (1)

Tryptophan stress activates EGFR-RAS-signaling to MTORC1 and p38/MAPK to sustain translation and AHR-dependent autophagy

Autoren: Pauline Pfänder; Lucas Hensen; Patricia Razquin Navas; Marie Solvay; Mirja Tamara Prentzell; Ahmed Sadik; Alexander M. Heberle; Sophie Seifert; Leon Regin; Tobias Bausbacher; Anna-Sophia Egger; Madlen Hotze; Tobias Kipura; Bianca Berdel; Ivana Karabogdan; Luis F. Somarribas Patterson; Michele Reil; Deepak Sayeeram; Vera Peters; Jose Ramos Pittol; Ineke van ’t Land-Kuper; Teresa Börding; Saskia
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2023
Herausgeber: Cold Spring Harbour Laboratory
DOI: 10.1101/2023.01.16.523931

Non-peer reviewed articles (1)

Adaptive Digital Tissue Deconvolution

Autoren: Franziska Görtler; Malte Mensching-Buhr; Ørjan Skaar; Stefan Schrod; Tim Beißbarth; Anagha Joshi; Helena U. Zacharias; Sushma Nagaraja Grellscheid; Michael Altenbuchinger
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.02.08.527583

Rechte des geistigen Eigentums

Patent (3)

INTERLEUKIN-4-INDUCED GENE 1 (IL4I1) AND RESPECTIVE METABOLITES AS BIOMARKERS FOR CANCER

Antrags-/Publikationsnummer: 20 20085647
Datum: 2020-12-10
Antragsteller: DEUTSCHES KREBSFORSCHUNGSZENTRUM HEIDELBERG

INTERLEUKIN-4-INDUCED GENE 1 (IL4I1) AS A BIOMARKER AND USES THEREOF

Antrags-/Publikationsnummer: 20 20060259
Datum: 2020-04-09
Antragsteller: DEUTSCHES KREBSFORSCHUNGSZENTRUM HEIDELBERG

AHR SIGNATURE MARKER SET

Antrags-/Publikationsnummer: 19 166374
Datum: 2019-03-29
Antragsteller: DEUTSCHES KREBSFORSCHUNGSZENTRUM HEIDELBERG