Hyperpolarized Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy for Time-Resolved Monitoring of Interactions of Intrinsically Disordered Breast-Cancer Proteins

Projektinformationen

HYPROTIN

ID Finanzhilfevereinbarung: 801936

DOI

10.3030/801936

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 16 Januar 2019

Startdatum 1 März 2019

Enddatum 31 August 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 990 728,00

EU-Beitrag

€ 1 990 728,00

Koordiniert durch

UNIVERSITAT WIEN
Austria

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Leistungen

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Data Management Plan - ORDP: Open Research Data Pilot.

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (32)

Understanding Self-Assembly of Silica-Precipitating Peptides to Control Silica Particle Morphology

Autoren: Johannes Strobl, Fanny Kozak, Meder Kamalov, Daniela Reichinger, Dennis Kurzbach, Christian FW Becker
Veröffentlicht in: Adv. Mater., 2023, ISSN 0935-9648
Herausgeber: United Nations Industrial Developement Organization
DOI: 10.1002/adma.202207586

Evaporation‐Induced Self‐Assembly of Small Peptide‐Conjugated Silica Nanoparticles

Autoren: Cornelia Baeckmann, Guilherme M. D. M. Rubio, Hanspeter Kählig, Dennis Kurzbach, Michael R. Reithofer, Freddy Kleitz
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, 2021, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202108378

A Switch between Two Intrinsically Disordered Conformational Ensembles Modulates the Active Site of a Basic-Helix–Loop–Helix Transcription Factor

Autoren: Giuseppe Sicoli, Thomas Kress, Hervé Vezin, Karin Ledolter, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry Letters, 2020, Seite(n) 8944-8951, ISSN 1948-7185
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.0c02242

Identification of the Allosteric Binding Site for Thiazolopyrimidine on the C-Type Lectin Langerin

Autoren: Zhang, Hengxi; Modenutti, Carlos; Nekkanti, Yelha Phani Kumar; Denis, Maxime; Bermejo, Iris A.; Lefèbre, Jonathan; Che, Kateryna; Kim, Dongyoon; Kagelmacher, Marten; Kurzbach, Dennis; Nazaré, Marc; Rademacher, Christoph; 0000-0001-8864-4852; 0000-0001-6455-2136; 0000-0002-1602-2330; 0000-0001-7082-7239
Veröffentlicht in: ACS Chemical Biology, 2022, ISSN 1554-8929
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.17169/refubium-37426

Frémy’s Salt as a Low-Persistence Hyperpolarization Agent: Efficient Dynamic Nuclear Polarization Plus Rapid Radical Scavenging

Autoren: Mattia Negroni; Ertan Turhan; Thomas Kress; Morgan Ceillier; Sami Jannin; Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: J. Am. Chem. Soc., 2022, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.2c07960

Hyperpolarized nuclear Overhauser enhancement of alanine methyl groups by doubly relayed proton exchange

Autoren: Milan Zachrdla, Ertan Turhan, Christopher Pötzl, Aude Sadet, Paul R. Vasos, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: Journal of Magnetic Resonance, Ausgabe 364, 2024, Seite(n) 107727, ISSN 1090-7807
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmr.2024.107727

1H, 13C and 15N backbone resonance assignment of BRCA1 fragment 219–504

Autoren: Michał Górka, Szymon Żerko, Robert Konrat, Wiktor Koźmiński, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: Biomolecular NMR Assignments, Ausgabe 14/2, 2020, Seite(n) 289-293, ISSN 1874-2718
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s12104-020-09963-6

Nuclear Overhauser spectroscopy in hyperpolarized water – chemical vs. magnetic exchange

Autoren: Ludovica Martina Epasto; Philipp Honegger; Kateryna Che; Fanny Kozak; Florian Jörg; Christian Schröder; Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: Chem Comm., 2022, ISSN 1364-548X
Herausgeber: RSC
DOI: 10.1039/d2cc03735a

A novel sample handling system for dissolution dynamic nuclear polarization experiments

Autoren: Thomas Kress, Kateryna Che, Ludovica M. Epasto, Fanny Kozak, Mattia Negroni, Gregory L. Olsen, Albina Selimovic, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: Magnetic Resonance, Ausgabe 2/1, 2021, Seite(n) 387-394, ISSN 2699-0016
Herausgeber: Copernicus
DOI: 10.5194/mr-2-387-2021

Residue-resolved monitoring of protein hyperpolarization at sub-second time resolution

Autoren: Mattia Negroni, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: Communications Chemistry, 2021, ISSN 2399-3669
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42004-021-00587-y

An Atomistic View on the Mechanism of Diatom Peptide‐Guided Biomimetic Silica Formation

Autoren: Fanny Kozak, Dörte Brandis, Christopher Pötzl, Ludovica M. Epasto, Daniela Reichinger, Dominik Obrist, Herwig Peterlik, Anton Polyansky, Bojan Zagrovic, Fabian Daus, Armin Geyer, Christian FW Becker, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: Advanced Science, Ausgabe 11, 2024, ISSN 2198-3844
Herausgeber: Wiley-VCH
DOI: 10.1002/advs.202401239

Short-lived calcium carbonate precursors observed in situ via Bullet-dynamic nuclear polarization

Autoren: Ertan Turhan, Masoud Minaei, Pooja Narwal, Benno Meier, Karel Kouřil, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: Communications Chemistry, Ausgabe 7, 2024, ISSN 2399-3669
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s42004-024-01300-5

Biphasic NMR of Hyperpolarized Suspensions─Real-Time Monitoring of Solute-to-Solid Conversion to Watch Materials Grow

Autoren: Ertan Turhan, Christopher Pötzl, Waldemar Keil, Mattia Negroni, Karel Kouřil, Benno Meier, Javier Agustin Romero, Krzysztof Kazimierczuk, Ieva Goldberga, Thierry Azaïs, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: J. Phys. Chem. C, 2023, ISSN 1932-7447
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcc.3c04198

Ingredient-Dependent Extent of Lipid Oxidation in Margarine

Autoren: Sarah Fruehwirth, Sandra Egger, Dennis Kurzbach, Jakob Windisch, Franz Jirsa, Thomas Flecker, Miriam Ressler, Agnes T. Reiner, Nesrin Firat, Marc Pignitter
Veröffentlicht in: Antioxidants, Ausgabe 10/1, 2021, Seite(n) 105, ISSN 2076-3921
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/antiox10010105

Assessing the Onset of Calcium Phosphate Nucleation by Hyperpolarized Real-Time NMR

Autoren: Emmanuelle M. M. Weber, Thomas Kress, Daniel Abergel, Steffi Sewsurn, Thierry Azaïs, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: Analytical Chemistry, Ausgabe 92/11, 2020, Seite(n) 7666-7673, ISSN 0003-2700
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.0c00516

Formation and Evolution of Nanoscale Calcium Phosphate Precursors under Biomimetic Conditions

Autoren: Ludovica M. Epasto; Tristan Georges; Albina Selimović; Jean-Michel Guigner; Thierry Azaïs; Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: Analytical Chemistry, Ausgabe 4, 2021, ISSN 1520-6882
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c01561

Missing Pieces in Structure Puzzles: How Hyperpolarized NMR Spectroscopy Can Complement Structural Biology and Biochemistry

Autoren: Mattia Negroni, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: ChemBioChem, 2023, ISSN 1439-4227
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202200703

Inversion of Hyperpolarized ¹³C NMR Signals through Cross-Correlated Cross-Relaxation in Dissolution DNP Experiments

Autoren: Mattia Negroni; David Guarin; Kateryna Che; Ludovica M. Epasto; Ertan Turhan; Albina Selimović; Fanny Kozak; Samuel Cousin; Daniel Abergel; Geoffrey Bodenhausen; Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: J. Phys. Chem. B, Ausgabe 3, 2022, ISSN 1520-6106
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.2c03375

Coupled MD simulations and NMR reveal that the intrinsically disordered domain of the breast-cancer susceptibility 1 protein (BRCA1) binds head-on to DNA double-strand ends

Autoren: Kateryna Che, Thomas Kress, Michał Górka, Szymon Żerko, Wiktor Kozminski, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: J. Magn. Reson. Open, 2022, ISSN 2666-4410
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.jmro.2022.100069

Long-Lived States in Hyperpolarized Deuterated Methyl Groups Reveal Weak Binding of Small Molecules to Proteins

Autoren: Thomas Kress, Astrid Walrant, Geoffrey Bodenhausen, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry Letters, 2019, Seite(n) 1523-1529, ISSN 1948-7185
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.9b00149

Conformational tuning of a DNA-bound transcription factor

Autoren: Giuseppe Sicoli, Hervé Vezin, Karin Ledolter, Thomas Kress, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 47/10, 2019, Seite(n) 5429-5435, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz291

Application and methodology of dissolution dynamic nuclear polarization in physical, chemical and biological contexts

Autoren: Sami Jannin, Jean-Nicolas Dumez, Patrick Giraudeau, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: Journal of Magnetic Resonance, Ausgabe 305, 2019, Seite(n) 41-50, ISSN 1090-7807
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmr.2019.06.001

Sensitivity-enhanced three-dimensional and carbon-detected two-dimensional NMR of proteins using hyperpolarized water

Autoren: Gregory L. Olsen, Or Szekely, Borja Mateos, Pavel Kadeřávek, Fabien Ferrage, Robert Konrat, Roberta Pierattelli, Isabella C. Felli, Geoffrey Bodenhausen, Dennis Kurzbach, Lucio Frydman
Veröffentlicht in: Journal of Biomolecular NMR, Ausgabe 74/2-3, 2020, Seite(n) 161-171, ISSN 0925-2738
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10858-020-00301-5

Nature-inspired dimerization as a strategy to modulate neuropeptide pharmacology exemplified with vasopressin and oxytocin

Autoren: Zoltan Dekan, Thomas Kremsmayr, Peter Keov, Mathilde Godin, Ngari Teakle, Leopold Dürrauer, Huang Xiang, Dalia Gharib, Christian Bergmayr, Roland Hellinger, Marina Gay, Marta Vilaseca, Dennis Kurzbach, Fernando Albericio, Paul F. Alewood, Christian W. Gruber, Markus Muttenthaler
Veröffentlicht in: Chemical Science, Ausgabe 12/11, 2021, Seite(n) 4057-4062, ISSN 2041-6520
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0sc05501h

Branched Polymeric Prenucleation Assemblies Initiate Calcium Phosphate Precipitation

Autoren: Ertan Turhan, Ieva Goldberga, Christopher Pötzl, Waldemar Keil, Jean-Michel Guigner, Martin F.T. Haßler, Herwig Peterlik, Thierry Azaïs, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 146, 2024, Seite(n) 25614-25624, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.4c07325

Hyperpolarized NMR Metabolomics at Natural 13 C Abundance

Autoren: Arnab Dey, Benoît Charrier, Estelle Martineau, Catherine Deborde, Elodie Gandriau, Annick Moing, Daniel Jacob, Dmitry Eshchenko, Marc Schnell, Roberto Melzi, Dennis Kurzbach, Morgan Ceillier, Quentin Chappuis, Samuel F. Cousin, James G. Kempf, Sami Jannin, Jean-Nicolas Dumez, Patrick Giraudeau
Veröffentlicht in: Analytical Chemistry, Ausgabe 92/22, 2020, Seite(n) 14867-14871, ISSN 0003-2700
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.0c03510

Unified understanding of the breakdown of thermal mixing dynamic nuclear polarization: The role of temperature and radical concentration

Autoren: Ludovica M. Epasto, Thibaud Maimbourg, Alberto Rosso, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: Journal of Magnetic Resonance, Ausgabe 362, 2024, Seite(n) 107670, ISSN 1090-7807
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmr.2024.107670

How to assess the structural dynamics of transcription factors by integrating sparse NMR and EPR constraints with molecular dynamics simulations

Autoren: Fanny Kozak, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe 19, 2021, Seite(n) 2097-2105, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2021.04.020

<scp>NMR</scp>‐identification of the interaction between <scp>BRCA1</scp> and the intrinsically disordered monomer of the Myc‐associated factor X

Autoren: Ludovica Martina Epasto, Christopher Pötzl, Herwig Peterlik, Mahdi Khalil, Christine Saint‐Pierre, Didier Gasparutto, Giuseppe Sicoli, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: Protein Science, Ausgabe 33, 2024, ISSN 0961-8368
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.4849

Conformational selection of vasopressin upon V1a receptor binding.

Autoren: Kateryna Che; Markus Muttenthaler; Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Vol 19, Ausgabe 9, 2021, Seite(n) 5826-5833, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2021.10.024

Constraining and Modifying Peptides Using Pd-Mediated Cysteine Allylation

Autoren: Julia Kriegesmann, Thomas Schlatzer, Kateryna Che, Claudia Altdorf, Susanne Huhmann, Hanspeter Kählig, Dennis Kurzbach, Rolf Breinbauer, Christian F. W. Becker
Veröffentlicht in: ChemBioChem, 2023, ISSN 1439-4227
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202300098

Toward protein NMR at physiological concentrations by hyperpolarized water—Finding and mapping uncharted conformational spaces

Autoren: Ludovica Martina Epasto, Kateryna Che, Fanny Kozak, Albina Selimovic, Pavel Kaderavek, Dennis Kurzbach
Veröffentlicht in: Science Advances, 2022, ISSN 2375-2548
Herausgeber: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abq5179

Non-peer reviewed articles (1)

Hyperpolarized water as universal sensitivity booster in biomolecular NMR

Autoren: Christian Hilty, Dennis Kurzbach, Lucio Frydman
Veröffentlicht in: Nature Protocols, 2022, ISSN 1754-2189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-022-00693-8