Peroxisome Interactions and Communication

Projektinformationen

PERICO

ID Finanzhilfevereinbarung: 812968

DOI

10.3030/812968

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 30 August 2018

Startdatum 1 Oktober 2018

Enddatum 31 März 2023

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten

€ 3 974 527,44

EU-Beitrag

€ 3 974 527,44

Koordiniert durch

RIJKSUNIVERSITEIT GRONINGEN
Netherlands

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Other (7)

Researcher Declarations on Conformity
All ESRs are recruited
4.3 Awards of doctoral degrees

Awards of doctoral degrees. For universities with PhD programmes of 4 years (Netherlands and Belgium) and 4.5 years (Israel) this will be achieved only at months 54 and 60, respectively.

"4.2 Conference organisation ""Peroxisome Interactions and Communication"""

Conference organisation “Peroxisome Interactions and Communication”

4.1 Training School including scientific and transferable skills courses

Training Schools including scientific and transferable skills courses organized

PERICO vacancies advertised
5.1 Project website

Project website

Documents, reports (2)

5.5 Education Programme Report

Education Programme Report

5.6 Public dissemination of project results after protection

Public dissemination of project results after protection

Veröffentlichungen

Book chapters (7)

Assessment of the Peroxisomal Redox State in Living Cells Using NADPH- and NAD+/NADH-Specific Fluorescent Protein Sensors

Autoren: Cláudio F Costa Hongli Li Mohamed A F Hussein Yi Yang Celien Lismont Marc Fransen
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology, Ausgabe 2643, 2023, Seite(n) 183-197, ISBN 978-1-0716-3048-8
Herausgeber: Humana
DOI: 10.1007/978-1-0716-3048-8_13

Isolation of Glycosomes from Trypanosoma brucei

Autoren: Krishna, C.K., Franke, L., Erdmann, R., Kalel, V.C.
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology book series (MIMB, volume 2643), 2023, ISBN 978-1-0716-3048-8
Herausgeber: Humana, New York, NY
DOI: 10.1007/978-1-0716-3048-8_3

Identification of Peroxisome-Derived Hydrogen Peroxide-Sensitive Target Proteins Using a YAP1C-Based Genetic Probe

Autoren: Celien Lismont Iulia Revenco Cláudio F Costa Hongli Li Mohamed A F Hussein Paul P Van Veldhoven Rita Derua Marc Fransen
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology, Ausgabe 2643, 2023, Seite(n) 161-181, ISBN 978-1-0716-3048-8
Herausgeber: Humana
DOI: 10.1007/978-1-0716-3048-8_12

Applying CRISPR-Cas9 Genome Editing to Study Genes Involved in Peroxisome Biogenesis or Peroxisomal Functions

Autoren: Chornyi S, Koster J, Waterham HR
Veröffentlicht in: Methods Mol Biol, Ausgabe 2643, 2023, Seite(n) 233-245, ISBN 978-1-0716-3047-1
Herausgeber: Humana, New York, NY
DOI: 10.1007/978-1-0716-3048-8_17

Analysis of Yeast Peroxisomes via Spatial Proteomics

Autoren: Hirak Das, Alexandros Zografakis, Silke Oeljeklaus, Bettina Warscheid
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology (Peroxisomes: Methods and protocols), Ausgabe Vol. 2643, 2023, Seite(n) 13-31, ISBN 978-1-0716-3048-8
Herausgeber: Humana
DOI: 10.1007/978-1-0716-3048-8_2

Peroxisomal Dysfunction and Oxidative Stress in Neurodegenerative Disease: A Bidirectional Crosstalk

Autoren: Marc Fransen, Iulia Revenco, Hongli Li, Cláudio F. Costa, Celien Lismont, Paul P. Van Veldhoven
Veröffentlicht in: Peroxisome Biology: Experimental Models, Peroxisomal Disorders and Neurological Diseases, Ausgabe 1299, 2020, Seite(n) 19-30, ISBN 978-3-030-60203-1
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-60204-8_2

Generation of Reporter Cell Lines for Endogenous Expression Analysis of Peroxisomal Proteins

Autoren: Silva, Beatriz S. C.; Schrader, Tina A.; Schrader, Michael; Carmichael, Ruth E.
Veröffentlicht in: Methods Mol Biol, Ausgabe 2643, 2023, Seite(n) 247-270, ISSN 1940-6029
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/978-1-0716-3048-8_18

Peer reviewed articles (18)

Organoids as a model to study intestinal and liver dysfunction in severe malnutrition

Autoren: José M. Horcas-Nieto, Christian J. Versloot, Miriam Langelaar-Makkinje, Albert Gerding, Tjasso Blokzijl, Mirjam H. Koster, Mirjam Baanstra, Ingrid A. Martini, Robert P. Coppes, Céline Bourdon, Sven C.D. van Ijzendoorn, Peter Kim, Robert H.J. Bandsma, Barbara M. Bakker
Veröffentlicht in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Basis of Disease, Ausgabe 1869 (3), 2023, ISSN 0925-4439
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbadis.2022.166635

The Peroxisome-Autophagy Redox Connection: A Double-Edged Sword?

Autoren: Hongli Li, Celien Lismont, Iulia Revenco, Mohamed A. F. Hussein, Cláudio F. Costa, Marc Fransen
Veröffentlicht in: Frontiers in Cell & Developmental Biology, 2021, Seite(n) 1-16, ISSN 2296-634X
Herausgeber: Frontiers Media S.A
DOI: 10.3389/fcell.2021.814047

The origin of long-chain fatty acids required for de novo ether lipid/plasmalogen synthesis.

Autoren: Chornyi S, Ofman R, Koster J, Waterham HR
Veröffentlicht in: J Lipid Res, Ausgabe 100364, 2023, Seite(n) In press, ISSN 1539-7262
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology
DOI: 10.1016/j.jlr.2023.100364

Rebalancing of mitochondrial homeostasis through an NAD+-SIRT1 pathway preserves intestinal barrier function in severe malnutrition

Autoren: Ling C, Versloot CJ, Arvidsson Kvissberg ME, Hu G, Swain N, Horcas-Nieto JM, Miraglia E, Thind MK, Farooqui A, Gerding A, van Eunen K, Koster MH, Kloosterhuis NJ, Chi L, ChenMi Y, Langelaar-Makkinje M, Bourdon C, Swann J, Smit M, de Bruin A, Youssef SA, Feenstra M, van Dijk TH, Thedieck K, Jonker JW, Kim PK, Bakker BM, Bandsma RHJ
Veröffentlicht in: EBioMedicine, Ausgabe 96, 2023, Seite(n) 104809, ISSN 2352-3964
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ebiom.2023.104809

OrganelX web server for sub-peroxisomal and sub-mitochondrial protein localization and peroxisomal target signal detection

Autoren: Marco Anteghini,Asmaa Haja,Vitor A.P. Martins dos Santos,Lambert Schomaker, Edoardo Saccentia
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe 21, 2022, Seite(n) 128-133, ISSN 2001-0370
Herausgeber: ScienceDirect
DOI: 10.1016/j.csbj.2022.11.058

Towards automatization of organoid analysis: A deep learning approach to localize and quantify organoid images

Autoren: Asmaa Haja, José M. Horcas-Nieto, Barbara M. Bakker, Lambert Schomaker
Veröffentlicht in: Computer Methods and Programs in Biomedicine Update, Ausgabe 3, 2023, ISSN 2666-9900
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cmpbup.2023.100101

Insights Into the Peroxisomal Protein Inventory of Zebrafish

Autoren: Kamoshita, Maki; Kumar, Rechal; Anteghini, Marco; Kunze, Markus; Islinger, Markus; Martins dos Santos, Vítor; Schrader, Michael
Veröffentlicht in: Frontiers in Physiology, 2022, ISSN 1664-042X
Herausgeber: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fphys.2022.822509

The peroxisome: an update on mysteries 3.0

Autoren: Kumar, Rechal; Islinger, Markus; Worthy, Harley; Carmichael, Ruth; Schrader, Michael
Veröffentlicht in: Histochem Cell Biol, Ausgabe 161, 2024, Seite(n) 99-132, ISSN 1432-119X
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/s00418-023-02259-5

Maintaining social contacts: The physiological relevance of organelle interactions

Autoren: Beatriz S C Silva, Laura DiGiovanni, Rechal Kumar , Ruth E Carmichael, Peter K Kim, Michael Schrader
Veröffentlicht in: Biochim Biophys Acta Mol Cell Res, Ausgabe 1867(11):118800, 2020, ISSN 0167-4889
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbamcr.2020.118800

Differential roles for ACBD4 and ACBD5 in peroxisome–ER interactions and lipid metabolism

Autoren: Joseph L. Costello, Janet Koster, Beatriz S.C. Silva, Harley L. Worthy, Tina A. Schrader, Christian Hacker, Josiah Passmore, Frans A. Kuypers, Hans R. Waterham, Michael Schrader
Veröffentlicht in: J Biol Chem, Ausgabe 299, 2023, Seite(n) 105013, ISSN 1083-351X
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.jbc.2023.105013

Enhanced Levels of Peroxisome-Derived H2O2 Do Not Induce Pexophagy but Impair Autophagic Flux in HEK-293 and HeLa Cells

Autoren: Hongli Li Celien Lismont Cláudio F Costa Mohamed A F Hussein Myriam Baes Marc Fransen
Veröffentlicht in: Antioxidants, Ausgabe 12 (613), 2023, Seite(n) 1-21, ISSN 2076-3921
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/antiox12030613

Peroxisome-Derived Hydrogen Peroxide Modulates the Sulfenylation Profiles of Key Redox Signaling Proteins in Flp-In T-REx 293 Cells

Autoren: Celien Lismont, Iulia Revenco, Hongli Li, Cláudio F. Costa, Lisa Lenaerts, Mohamed A. F. Hussein, Jonas De Bie, Bernard Knoops, Paul P. Van Veldhoven, Rita Derua, Marc Fransen
Veröffentlicht in: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Ausgabe 10:888873, 2022, Seite(n) 1-19, ISSN 2296-634X
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fcell.2022.888873

Uncovering targeting priority to yeast peroxisomes using an in-cell competition assay

Autoren: Mira Rosenthal 1, Eyal Metzl-Raz 1, Jérôme Bürgi 2, Eden Yifrach 1, Layla Drwesh 3, Amir Fadel 1, Yoav Peleg 4, Doron Rapaport 3, Matthias Wilmanns 2 5, Naama Barkai 1, Maya Schuldiner 6, Einat Zalckvar 6
Veröffentlicht in: PNAS, Ausgabe 117 (35), 2020, Seite(n) 21432-21440, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1920078117

Pex14p Phosphorylation Modulates Import of Citrate Synthase 2 Into Peroxisomes in Saccharomyces cerevisiae.

Autoren: Andreas Schummer; Renate Maier; Shiran Gabay-Maskit; Tobias Hansen; Wignand W. D. Mühlhäuser; Ida Suppanz; Amir Fadel; Maya Schuldiner; Wolfgang Girzalsky; Silke Oeljeklaus; Silke Oeljeklaus; Einat Zalckvar; Ralf Erdmann; Bettina Warscheid; Bettina Warscheid
Veröffentlicht in: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Ausgabe 20, 2020, ISSN 2296-634X
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fcell.2020.549451

Peroxisomal Hydrogen Peroxide Metabolism and Signaling in Health and Disease

Autoren: Lismont, Revenco, Fransen
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 20/15, 2019, Seite(n) 3673, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms20153673

DIMA: Data-Driven Selection of an Imputation Algorithm.

Autoren: Janine Egert; Eva Brombacher; Bettina Warscheid; Clemens Kreutz
Veröffentlicht in: Journal of Proteome Research, Ausgabe 20, 2021, ISSN 1535-3893
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.1c00119

Molecular basis of the glycosomal targeting of PEX11 and its mislocalization to mitochondrion in trypanosomes

Autoren: Krishna, Chethan K.; Schmidt, Nadine; Tippler, Bettina G.; Schliebs, Wolfgang; Jung, Martin; Winklhofer, Konstanze F.; Erdmann, Ralf; Kalel, Vishal C.
Veröffentlicht in: Frontiers Cell and Developmental Biology, Ausgabe 1, 2023, ISSN 2296-634X
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fcell.2023.1213761

Peroxisomal Metabolite and Cofactor Transport in Humans.

Autoren: Chornyi S, IJlst L, van Roermund CWT, Wanders RJA, Waterham HR
Veröffentlicht in: Front Cell Dev Biol, Ausgabe 8, 2021, Seite(n) 613892, ISSN 2296-634X
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fcell.2020.613892

Conference proceedings (2)

A Fully Automated End-to-End Process for Fluorescence Microscopy Images of Yeast Cells: From Segmentation to Detection and Classification

Autoren: Asmaa Haja, Lambert Schomaker
Veröffentlicht in: Proceedings of 2021 International Conference on Medical Imaging and Computer-Aided Diagnosis (MICAD 2021), 2021, Seite(n) 10, ISBN 978-981-16-3880-0
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/978-981-16-3880-0_5

A Comparison of Different U-Net Models for Segmentation of Overlapping Organoids

Autoren: Marco Anteghini, Asmaa Haja, Vitor AP Martins dos Santos, Lambert Schomaker, Edoardo Saccenti
Veröffentlicht in: ICBBE '22: Proceedings of the 2022 9th International Conference on Biomedical and Bioinformatics Engineering, 2022, Seite(n) 1-10
Herausgeber: Association for Computing Machinery (ACM)
DOI: 10.1145/3574198.3574199

Other (3)

Finding Balance: A series of U-Net models forImage Segmentation of Overlapping organoids

Autoren: Stefania Radu, Asmaa Haja, Lambert Schomaker
Veröffentlicht in: 2022, Seite(n) 1-19
Herausgeber: University of Groningen

OrganelX Web Server for Sub-Peroxisomal and Sub-Mitochondrial protein localisation

Autoren: Marco Anteghini, Asmaa Haja, Vitor AP Martins dos Santos, Lambert Schomaker, Edoardo Saccenti
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2022
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2022.06.21.497045

PEX1 is essential for the glycosome biogenesis and trypanosomatid parasite survival

Autoren: Mahadevan, Lavanya; Arya, Hemant; Schliebs, Wolfgang; Erdmann, Ralf; Kalel, Vishal C.
Veröffentlicht in: BioRxiv, Ausgabe 21, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.08.05.550684

Thesis and dissertations (2)

Unravelling the molecular mechanisms of peroxisome-organelle communication and interplay

Autoren: Beatriz Silva
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: University of Exeter

Investigation of lipid transporters at the peroxisome-ER interface

Autoren: Rechal Kumar
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: University of Exeter