Synthetic biology of non-ribosomal peptide synthetases to generate new peptides

Informations projet

SYNPEP

N° de convention de subvention: 835108

DOI 10.3030/835108

Date de signature de la CE 30 Juillet 2019

Date de début 1 Octobre 2019

Date de fin 30 Septembre 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total € 3 165 788,00

Contribution de l’UE € 3 165 788,00

Coordonné par

JOHANN WOLFGANG GOETHE-UNIVERSITAET FRANKFURT AM MAIN
Germany

Publications

Peer reviewed articles (20)

Global analysis of biosynthetic gene clusters reveals conserved and unique natural products in entomopathogenic nematode-symbiotic bacteria

Auteurs: Yi-Ming Shi Merle Hirschmann Yan-Ni Shi Shabbir Ahmed Desalegne Abebew, Nicholas J. Tobias, Peter Grün, Jan J. Crames, Laura Pöschel, Wolfgang Kuttenlochner, Christian Richter, Jennifer Herrmann, Rolf Müller, Aunchalee Thanwisai, Sacha J. Pidot, Timothy P. Stinear, Michael Groll, Yonggyun Kim Helge B. Bode
Publié dans: Nature Chemistry, 2022, ISSN 1755-4330
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41557-022-00923-2

Evolution-inspired engineering of nonribosomal peptide synthetases

Auteurs: Kenan A. J. Bozhueyuek, Leonard Präve, Carsten Kegler, Leonie Schenk, Sebastian Kaiser, Christian Schelhas, Yan-Ni Shi, Wolfgang Kuttenlochner, Max Schreiber, Joshua Kandler, Mohammad Alanjary, T.M. Mohiuddin, Michael Groll, Georg K. A. Hochberg, Helge B. Bode
Publié dans: Science, Numéro 383 (6689), 2024, Page(s) eadg4320, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adg4320

A Practical Guideline to Engineering Nonribosomal Peptide Synthetases

Auteurs: Nadya Abbood, Leonard Praeve, Kenan Bozhüyük, Helge B. Bode
Publié dans: Methods in Molecular Biology (MIMB), Numéro 2670, 2023, Page(s) 219-234, ISSN 1064-3745
Éditeur: Humana Press, Inc.
DOI: 10.1007/978-1-0716-3214-7

NMR resonance assignments for a docking domain pair with an attached thiolation domain from the PAX peptide-producing NRPS from Xenorhabdus cabanillasii

Auteurs: Jonas Watzel, Sepas Sarawi, Elke Duchardt-Ferner, Helge B. Bode, Jens Wöhnert
Publié dans: Biomolecular NMR Assignments, Numéro 15/1, 2021, Page(s) 229-234, ISSN 1874-2718
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s12104-021-10010-1

Type S Non-Ribosomal Peptide Synthetases for the Rapid Generation of Tailormade Peptide Libraries

Auteurs: Nadya Abbood Tien Duy Vo Jonas Watzel Kenan A J Bozhueyuek Helge B Bode
Publié dans: Chem Eur J, Numéro 09476539, 2022, Page(s) e202103963, ISSN 0947-6539
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/chem.202103963

Nematode-Associated Bacteria: Production of Antimicrobial Agent as a Presumptive Nominee for Curing Endodontic Infections Caused by Enterococcus faecalis

Auteurs: Hicran Donmez Ozkan, Harun Cimen, Derya Ulug, Sebastian Wenski, Senem Yigit Ozer, Murat Telli, Neriman Aydin, Helge B. Bode, Selcuk Hazir
Publié dans: Frontiers in Microbiology, Numéro 10, 2019, ISSN 1664-302X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2019.02672

Cooperation between a T Domain and a Minimal C‐Terminal Docking Domain to Enable Specific Assembly in a Multiprotein NRPS

Auteurs: Jonas Watzel, Elke Duchardt‐Ferner, Sepas Sarawi, Helge B. Bode, Jens Wöhnert
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, 2021, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202103498

Structure and biosynthesis of deoxy-polyamine in Xenorhabdus bovienii

Auteurs: Sebastian L Wenski Natalie Berghaus Nadine Keller Helge B Bode
Publié dans: J Ind Microbiol Biotechnol, Numéro 13675435, 2021, Page(s) kuab006, ISSN 1367-5435
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1093/jimb/kuab006

A set of closely related methyltransferases for site-specific tailoring of anthraquinone pigments

Auteurs: Eva M. Huber, Lukas Kreling, Antje K. Heinrich, Maximilian Dünnebacke, Alexander Pöthig, Helge B. Bode, Michael Groll
Publié dans: Structure, Numéro 31 (5), 2023, ISSN 0969-2126
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2023.03.001

easyPACId, a Simple Method for Induced Production, Isolation, Identification, and Testing of Natural Products from Proteobacteria

Auteurs: Edna Bode, Daniela Assmann, Petra Happel, Elmar Meyer, Karin Münch, Nicole Rössel, Helge B. Bode
Publié dans: bio-protocol, Numéro 13(13): e4709, 2023, ISSN 2331-8325
Éditeur: Bio-Protocol LLC
DOI: 10.21769/bioprotoc.4709

Genetic toolbox for Photorhabdus and Xenorhabdus: pSEVA based heterologous expression systems and CRISPR/Cpf1 based genome editing for rapid natural product profiling

Auteurs: Alexander Rill, Lei Zhao, Helge B. Bode
Publié dans: Microbial Cell Factories, Numéro 23 (1), 2024, Page(s) 98, ISSN 1475-2859
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12934-024-02363-8

Engineering of Specific Single-Module Nonribosomal Peptide Synthetases of the RXP Type for the Production of Defined Peptides

Auteurs: Xiaofeng Cai, Lei Zhao, Helge B. Bode
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 12 (1), 2023, Page(s) 203-212, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.2c00472

Biosynthesis of the multifunctional isopropylstilbene in Photorhabdus laumondii involves cross-talk between specialized and primary metabolism

Auteurs: Siyar Kavakli, Gina L.C.Grammbitter, Helge B.Bode
Publié dans: Tetrahedron, 2022, ISSN 1464-5416
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.tet.2022.133116

Cleavage Off-Loading and Post-assembly-Line Conversions Yield Products with Unusual Termini during Biosynthesis

Auteurs: Yi-Ming Shi Merle Hirschmann Yan-Ni Shi Helge B Bode
Publié dans: ACS Chem Biol, Numéro 15548929, 2022, Page(s) 2221-2228, ISSN 1554-8929
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschembio.2c00367

Synthetic Zippers as an Enabling Tool for Engineering of Non-Ribosomal Peptide Synthetases

Auteurs: Kenan A. J. Bozhueyuek; Jonas Watzel; Nadya Abbood; Helge B. Bode
Publié dans: Angew Chem Int Ed, Numéro 1, 2021, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1101/2020.05.06.080655

Genome Mining Enabled by Biosynthetic Characterization Uncovers a Class of Benzoxazolinate-Containing Natural Products in Diverse Bacteria

Auteurs: Yi-Ming Shi Jan J Crames Laura Czech Kenan A J Bozhüyük Yan-Ni Shi Merle Hirschmann Stefanie Lamberth Peter Claus Nicole Paczia Christian Rückert Jörn Kalinowski Gert Bange Helge B Bode
Publié dans: Angew Chem Int Ed, Numéro 14337851, 2022, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202206106

Activation, Structure, Biosynthesis and Bioactivity of Glidobactin‐like Proteasome Inhibitors from Photorhabdus laumondii

Auteurs: Lei Zhao, Camille Le Chapelain, Alexander O. Brachmann, Marcel Kaiser, Michael Groll, Helge B. Bode
Publié dans: ChemBioChem, Numéro 22/9, 2021, Page(s) 1582-1588, ISSN 1439-4227
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202100014

Nonribosomal Peptides Produced by Minimal and Engineered Synthetases with Terminal Reductase Domains

Auteurs: Andreas Tietze, Yan‐Ni Shi, Max Kronenwerth, Helge B. Bode
Publié dans: ChemBioChem, Numéro 21/19, 2020, Page(s) 2750-2754, ISSN 1439-4227
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202000176

Integrating genomics and metabolomics for scalable non-ribosomal peptide discovery

Auteurs: Bahar Behsaz, Edna Bode, Alexey Gurevich, Yan-Ni Shi, Florian Grundmann, Deepa Acharya, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, Amina Bouslimani, Morgan Panitchpakdi, Annabell Linck, Changhui Guan, Julia Oh, Pieter C. Dorrestein, Helge B. Bode, Pavel A. Pevzner, Hosein Mohimani
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23502-4

Microbial Cationic Peptides as a Natural Defense Mechanism against Insect Antimicrobial Peptides

Auteurs: Tien Duy Vo, Christoph Spahn, Mike Heilemann, Helge B. Bode
Publié dans: ACS Chemical Biology, Numéro 16/3, 2021, Page(s) 447-451, ISSN 1554-8929
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschembio.0c00794

Non-peer reviewed articles (3)

Influence of condensation domains on activity and specificity of adenylation domains

Auteurs: Janik Kranz, Sebastian L. Wenski, Alexander A. Dichter, Helge B. Bode, Kenan A. J. Bozhüyük
Publié dans: bioRxiv, 2021, ISSN 2692-8205
Éditeur: Cold Spring Harbor
DOI: 10.1101/2021.08.23.457306

Synthetische Zipper für die Biosynthese neuer Naturstoffderivate

Auteurs: Nadya Abbood Kenan A.J. Bozhüyük Helge B. Bode
Publié dans: Biospektrum, Numéro 09470867, 2022, Page(s) 446-449, ISSN 0947-0867
Éditeur: Spektrum Akademischer Verlag GmbH
DOI: 10.1007/s12268-022-1785-7

The Chemical Structure of Widespread Microbial Aryl Polyene Lipids

Auteurs: Gina L. C. Grammbitter, Yi-Ming Shi, Yan-Ni Shi, Sahithya P. B. Vemulapalli, Christian Richter, Harald Schwalbe, Mohammad Alanjary, Anja Schüffler, Matthias Witt, Christian Griesinger, Helge B. Bode
Publié dans: bioRxiv, 2020, ISSN 2692-8205
Éditeur: Cold Spring Harbor
DOI: 10.1101/2020.12.19.423268

Droits de propriété intellectuelle

Patent (1)

ADAPTER SYSTEM OF ARTIFICIAL NON-RIBOSOMAL PEPTIDE SYNTHETASES AND POLYKETIDE SYNTHASES

Numéro de demande/publication: 19 208603
Date: 2019-11-12