Synthetic biology of non-ribosomal peptide synthetases to generate new peptides

Projektinformationen

SYNPEP

ID Finanzhilfevereinbarung: 835108

DOI

10.3030/835108

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 30 Juli 2019

Startdatum 1 Oktober 2019

Enddatum 30 September 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 3 165 788,00

EU-Beitrag

€ 3 165 788,00

Koordiniert durch

JOHANN WOLFGANG GOETHE-UNIVERSITAET FRANKFURT AM MAIN
Germany

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (26)

Global analysis of biosynthetic gene clusters reveals conserved and unique natural products in entomopathogenic nematode-symbiotic bacteria

Autoren: Yi-Ming Shi Merle Hirschmann Yan-Ni Shi Shabbir Ahmed Desalegne Abebew, Nicholas J. Tobias, Peter Grün, Jan J. Crames, Laura Pöschel, Wolfgang Kuttenlochner, Christian Richter, Jennifer Herrmann, Rolf Müller, Aunchalee Thanwisai, Sacha J. Pidot, Timothy P. Stinear, Michael Groll, Yonggyun Kim Helge B. Bode
Veröffentlicht in: Nature Chemistry, 2022, ISSN 1755-4330
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41557-022-00923-2

Evolution-inspired engineering of nonribosomal peptide synthetases

Autoren: Kenan A. J. Bozhueyuek, Leonard Präve, Carsten Kegler, Leonie Schenk, Sebastian Kaiser, Christian Schelhas, Yan-Ni Shi, Wolfgang Kuttenlochner, Max Schreiber, Joshua Kandler, Mohammad Alanjary, T.M. Mohiuddin, Michael Groll, Georg K. A. Hochberg, Helge B. Bode
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 383 (6689), 2024, Seite(n) eadg4320, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adg4320

A Practical Guideline to Engineering Nonribosomal Peptide Synthetases

Autoren: Nadya Abbood, Leonard Praeve, Kenan Bozhüyük, Helge B. Bode
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology (MIMB), Ausgabe 2670, 2023, Seite(n) 219-234, ISSN 1064-3745
Herausgeber: Humana Press, Inc.
DOI: 10.1007/978-1-0716-3214-7

NMR resonance assignments for a docking domain pair with an attached thiolation domain from the PAX peptide-producing NRPS from Xenorhabdus cabanillasii

Autoren: Jonas Watzel, Sepas Sarawi, Elke Duchardt-Ferner, Helge B. Bode, Jens Wöhnert
Veröffentlicht in: Biomolecular NMR Assignments, Ausgabe 15/1, 2021, Seite(n) 229-234, ISSN 1874-2718
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s12104-021-10010-1

Type S Non-Ribosomal Peptide Synthetases for the Rapid Generation of Tailormade Peptide Libraries

Autoren: Nadya Abbood Tien Duy Vo Jonas Watzel Kenan A J Bozhueyuek Helge B Bode
Veröffentlicht in: Chem Eur J, Ausgabe 09476539, 2022, Seite(n) e202103963, ISSN 0947-6539
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/chem.202103963

Nematode-Associated Bacteria: Production of Antimicrobial Agent as a Presumptive Nominee for Curing Endodontic Infections Caused by Enterococcus faecalis

Autoren: Hicran Donmez Ozkan, Harun Cimen, Derya Ulug, Sebastian Wenski, Senem Yigit Ozer, Murat Telli, Neriman Aydin, Helge B. Bode, Selcuk Hazir
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 10, 2019, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2019.02672

Cooperation between a T Domain and a Minimal C‐Terminal Docking Domain to Enable Specific Assembly in a Multiprotein NRPS

Autoren: Jonas Watzel, Elke Duchardt‐Ferner, Sepas Sarawi, Helge B. Bode, Jens Wöhnert
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, 2021, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202103498

Effects of Xenorhabdus and Photorhabdus bacterial metabolites on the ovipositional activity of Aedes albopictus

Autoren: Mustapha Touray, Harun Cimen, Edna Bode, Helge B. Bode, Selcuk Hazir
Veröffentlicht in: Journal Of Pest Science, Ausgabe 97, 2024, Seite(n) 2203-2215, ISSN 1612-4758
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s10340-024-01760-7

Structure and biosynthesis of deoxy-polyamine in Xenorhabdus bovienii

Autoren: Sebastian L Wenski Natalie Berghaus Nadine Keller Helge B Bode
Veröffentlicht in: J Ind Microbiol Biotechnol, Ausgabe 13675435, 2021, Seite(n) kuab006, ISSN 1367-5435
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1093/jimb/kuab006

Isofunctional but Structurally Different Methyltransferases for Dithiolopyrrolone Diversification

Autoren: Li Su, Eva M. Huber, Margaretha Westphalen, Jonas Gellner, Edna Bode, Tania Köbel, Peter Grün, Mohammad M. Alanjary, Timo Glatter, Katarina Cirnski, Rolf Müller, Daniel Schindler, Michael Groll, Helge B. Bode
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, 2024, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202410799

A set of closely related methyltransferases for site-specific tailoring of anthraquinone pigments

Autoren: Eva M. Huber, Lukas Kreling, Antje K. Heinrich, Maximilian Dünnebacke, Alexander Pöthig, Helge B. Bode, Michael Groll
Veröffentlicht in: Structure, Ausgabe 31 (5), 2023, ISSN 0969-2126
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2023.03.001

Bioengineering of syrbactin megasynthetases for immunoproteasome inhibitor production

Autoren: Leonard Präve, Wolfgang Kuttenlochner, Werner W.A. Tabak, Chiara Langer, Markus Kaiser, Michael Groll, Helge B. Bode
Veröffentlicht in: Chem, Ausgabe 10, 2024, Seite(n) 3212-3223, ISSN 2451-9294
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chempr.2024.07.013

easyPACId, a Simple Method for Induced Production, Isolation, Identification, and Testing of Natural Products from Proteobacteria

Autoren: Edna Bode, Daniela Assmann, Petra Happel, Elmar Meyer, Karin Münch, Nicole Rössel, Helge B. Bode
Veröffentlicht in: bio-protocol, Ausgabe 13(13): e4709, 2023, ISSN 2331-8325
Herausgeber: Bio-Protocol LLC
DOI: 10.21769/bioprotoc.4709

Genetic toolbox for Photorhabdus and Xenorhabdus: pSEVA based heterologous expression systems and CRISPR/Cpf1 based genome editing for rapid natural product profiling

Autoren: Alexander Rill, Lei Zhao, Helge B. Bode
Veröffentlicht in: Microbial Cell Factories, Ausgabe 23 (1), 2024, Seite(n) 98, ISSN 1475-2859
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12934-024-02363-8

Guidelines for Optimizing Type S Nonribosomal Peptide Synthetases

Autoren: Nadya Abbood, Juliana Effert, Kenan A. J. Bozhueyuek, Helge B. Bode
Veröffentlicht in: ACS Synthetic Biology, 2023, ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.3c00295

Investigation of the Odilorhabdin Biosynthetic Gene Cluster Using NRPS Engineering

Autoren: Leonard Präve, Carsten E. Seyfert, Kenan A. J. Bozhüyük, Emilie Racine, Rolf Müller, Helge B. Bode
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, Ausgabe 63, 2024, Seite(n) e202406389, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202406389

Engineering of Specific Single-Module Nonribosomal Peptide Synthetases of the RXP Type for the Production of Defined Peptides

Autoren: Xiaofeng Cai, Lei Zhao, Helge B. Bode
Veröffentlicht in: ACS Synthetic Biology, Ausgabe 12 (1), 2023, Seite(n) 203-212, ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.2c00472

Natural products from Xenorhabdus and Photorhabdus show promise as biolarvicides against Aedes albopictus

Autoren: Mustapha Touray, Derya Ulug, Sebnem Hazal Gulsen, Harun Cimen, Canan Hazir, Helge B. Bode, Selcuk Hazir
Veröffentlicht in: Pest Management Science, 2024, Seite(n) 4231-4242, ISSN 1526-498X
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/ps.8127

Biosynthesis of the multifunctional isopropylstilbene in Photorhabdus laumondii involves cross-talk between specialized and primary metabolism

Autoren: Siyar Kavakli, Gina L.C.Grammbitter, Helge B.Bode
Veröffentlicht in: Tetrahedron, 2022, ISSN 1464-5416
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.tet.2022.133116

Cleavage Off-Loading and Post-assembly-Line Conversions Yield Products with Unusual Termini during Biosynthesis

Autoren: Yi-Ming Shi Merle Hirschmann Yan-Ni Shi Helge B Bode
Veröffentlicht in: ACS Chem Biol, Ausgabe 15548929, 2022, Seite(n) 2221-2228, ISSN 1554-8929
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschembio.2c00367

Synthetic Zippers as an Enabling Tool for Engineering of Non-Ribosomal Peptide Synthetases

Autoren: Kenan A. J. Bozhueyuek; Jonas Watzel; Nadya Abbood; Helge B. Bode
Veröffentlicht in: Angew Chem Int Ed, Ausgabe 1, 2021, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1101/2020.05.06.080655

Genome Mining Enabled by Biosynthetic Characterization Uncovers a Class of Benzoxazolinate-Containing Natural Products in Diverse Bacteria

Autoren: Yi-Ming Shi Jan J Crames Laura Czech Kenan A J Bozhüyük Yan-Ni Shi Merle Hirschmann Stefanie Lamberth Peter Claus Nicole Paczia Christian Rückert Jörn Kalinowski Gert Bange Helge B Bode
Veröffentlicht in: Angew Chem Int Ed, Ausgabe 14337851, 2022, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202206106

Activation, Structure, Biosynthesis and Bioactivity of Glidobactin‐like Proteasome Inhibitors from Photorhabdus laumondii

Autoren: Lei Zhao, Camille Le Chapelain, Alexander O. Brachmann, Marcel Kaiser, Michael Groll, Helge B. Bode
Veröffentlicht in: ChemBioChem, Ausgabe 22/9, 2021, Seite(n) 1582-1588, ISSN 1439-4227
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202100014

Nonribosomal Peptides Produced by Minimal and Engineered Synthetases with Terminal Reductase Domains

Autoren: Andreas Tietze, Yan‐Ni Shi, Max Kronenwerth, Helge B. Bode
Veröffentlicht in: ChemBioChem, Ausgabe 21/19, 2020, Seite(n) 2750-2754, ISSN 1439-4227
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202000176

Integrating genomics and metabolomics for scalable non-ribosomal peptide discovery

Autoren: Bahar Behsaz, Edna Bode, Alexey Gurevich, Yan-Ni Shi, Florian Grundmann, Deepa Acharya, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, Amina Bouslimani, Morgan Panitchpakdi, Annabell Linck, Changhui Guan, Julia Oh, Pieter C. Dorrestein, Helge B. Bode, Pavel A. Pevzner, Hosein Mohimani
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23502-4

Microbial Cationic Peptides as a Natural Defense Mechanism against Insect Antimicrobial Peptides

Autoren: Tien Duy Vo, Christoph Spahn, Mike Heilemann, Helge B. Bode
Veröffentlicht in: ACS Chemical Biology, Ausgabe 16/3, 2021, Seite(n) 447-451, ISSN 1554-8929
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschembio.0c00794

Non-peer reviewed articles (4)

Influence of condensation domains on activity and specificity of adenylation domains

Autoren: Janik Kranz, Sebastian L. Wenski, Alexander A. Dichter, Helge B. Bode, Kenan A. J. Bozhüyük
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2021, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor
DOI: 10.1101/2021.08.23.457306

Polyketide synthase-derived sphingolipids determine microbiota-mediated protection against pathogens in C. elegans

Autoren: Lena Peters, Moritz Drechsler, Barbara Pees, Georgia Angelidou, Liesa Salzer, Karlis Arturs Moors, Nicole Paczia, Hinrich Schulenburg, Yi-Ming Shi, Christoph Kaleta, Michael Witting, Helge B. Bode, Katja Dierking
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2024, ISSN 0362-4331
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.02.06.579051

Synthetische Zipper für die Biosynthese neuer Naturstoffderivate

Autoren: Nadya Abbood Kenan A.J. Bozhüyük Helge B. Bode
Veröffentlicht in: Biospektrum, Ausgabe 09470867, 2022, Seite(n) 446-449, ISSN 0947-0867
Herausgeber: Spektrum Akademischer Verlag GmbH
DOI: 10.1007/s12268-022-1785-7

The Chemical Structure of Widespread Microbial Aryl Polyene Lipids

Autoren: Gina L. C. Grammbitter, Yi-Ming Shi, Yan-Ni Shi, Sahithya P. B. Vemulapalli, Christian Richter, Harald Schwalbe, Mohammad Alanjary, Anja Schüffler, Matthias Witt, Christian Griesinger, Helge B. Bode
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2020, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor
DOI: 10.1101/2020.12.19.423268

Rechte des geistigen Eigentums

Patent (1)

ADAPTER SYSTEM OF ARTIFICIAL NON-RIBOSOMAL PEPTIDE SYNTHETASES AND POLYKETIDE SYNTHASES

Antrags-/Publikationsnummer: 19 208603
Datum: 2019-11-12
Antragsteller: JOHANN WOLFGANG GOETHE-UNIVERSITAET FRANKFURT AM MAIN