Non-Markovian Memory-Based Modelling of Near- and Far-From-Equilibrium Dynamical Systems

Informacje na temat projektu

NoMaMemo

Identyfikator umowy o grant: 835117

DOI

10.3030/835117

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 26 Lipca 2019

Data rozpoczęcia 1 Grudnia 2019

Data zakończenia 31 Sierpnia 2025

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 983 744,00

Wkład UE

€ 1 983 744,00

Koordynowany przez

FREIE UNIVERSITAET BERLIN
Germany

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (42)

Derivation of the nonequilibrium generalized Langevin equation from a time-dependent many-body Hamiltonian

Autorzy: Roland R. Netz
Opublikowane w: Physical Review E, Numer 110, 2024, Strona(/y) 014123, ISSN 2470-0045
Wydawca: American Physical Society
DOI: 10.1103/physreve.110.014123

Frequency-dependent hydrodynamic finite size correction in molecular simulations reveals the long-time hydrodynamic tail

Autorzy: Laura Scalfi Domenico Vitali Henrik Kiefer Roland R. Netz
Opublikowane w: The Journal of Chemical Physics, Numer 158, 2023, Strona(/y) 191101, ISSN 0021-9606
Wydawca: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0151406

Pair-Reaction Dynamics in Water: Competition of Memory, Potential Shape, and Inertial Effects

Autorzy: Florian N. Brünig; Jan O. Daldrop; Roland R. Netz
Opublikowane w: The Journal of Physical Chemistry B, Numer 126/49, 2022, Strona(/y) 10295-10304, ISSN 1520-6106
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.2c05923

pH Modulates Friction Memory Effects in Protein Folding

Autorzy: Benjamin A. Dalton, Roland R. Netz
Opublikowane w: Physical Review Letters, Numer 133, 2025, Strona(/y) 188401, ISSN 0031-9007
Wydawca: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevlett.133.188401

Spectral signatures of excess-proton waiting and transfer-path dynamics in aqueous hydrochloric acid solutions

Autorzy: Florian Brünig, Manuel Rammler, Ellen M Adams, Martina Havenith, Roland R Netz
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 13/1, 2022, Strona(/y) 4210, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31700-x

Accurate Memory Kernel Extraction from Discretized Time-Series Data

Autorzy: Lucas Tepper Benjamin A. Dalton Roland R. Netz
Opublikowane w: J. Chem. Theory Comput., Numer 20, 8, 2024, Strona(/y) 3061–3068, ISSN 1520-6106
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c01289

Rapid state-recrossing kinetics and slow escape kinetics in non-Markovian systems

Autorzy: Qingyuan Zhou, Artur Bakaev, Laura Lavacchi, Roland R. Netz, Benjamin A. Dalton
Opublikowane w: Physical Review E, Numer 111, 2025, ISSN 2470-0045
Wydawca: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/physreve.111.064110

Mechanisms of Airborne Infection via Evaporating and Sedimenting Droplets Produced by Speaking

Autorzy: Roland R. Netz
Opublikowane w: The Journal of Physical Chemistry B, Numer 124/33, 2020, Strona(/y) 7093-7101, ISSN 1520-6106
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.0c05229

Effects of surface rigidity and metallicity on dielectric properties and ion interactions at aqueous hydrophobic interfaces

Autorzy: Philip Loche; Laura Scalfi; Mustakim Ali Amu; Otto Schullian; Douwe J. Bonthuis; Benjamin Rotenberg; Roland R. Netz
Opublikowane w: The Journal of Chemical Physics, Numer 157, 2022, Strona(/y) 094707, ISSN 0021-9606
Wydawca: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0101509

Data-driven classification of individual cells by their non-Markovian motion

Autorzy: Anton Klimek; Debasmita Mondal; Stephan Block; Prerna Sharma; Roland R. Netz
Opublikowane w: Biophysical Journal, Numer 123, 10, 2024, Strona(/y) 173-1183, ISSN 0006-3495
Wydawca: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2024.03.023

Non-Arrhenius barrier crossing dynamics of non-equilibrium non-Markovian systems

Autorzy: Laura Lavacchi; Jan Daldrop; Roland R Netz
Opublikowane w: Europhysics Letters, Numer 139/5, 2022, Strona(/y) 51001, ISSN 0295-5075
Wydawca: EDP Sciences
DOI: 10.1209/0295-5075/ac85d6

Barrier-crossing transition-path times for non-Markovian systems

Autorzy: L. Lavacchi, R. R. Netz
Opublikowane w: The Journal of Chemical Physics, Numer 161, 2025, ISSN 0021-9606
Wydawca: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0225742

Temporal coarse graining and elimination of slow and periodic dynamics with the generalized Langevin equation for convolution-time-filtered observables

Autorzy: Roland R. Netz
Opublikowane w: Physical Review E, Numer 111, 2025, ISSN 2470-0045
Wydawca: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/physreve.111.054132

Airborne virus transmission via respiratory droplets: Effects of droplet evaporation and sedimentation

Autorzy: Majid Rezaei, Roland R. Netz
Opublikowane w: Current Opinion in Colloid & Interface Science, Numer 55, 2021, Strona(/y) 101471, ISSN 1359-0294
Wydawca: Pergamon Press
DOI: 10.1016/j.cocis.2021.101471

Negative friction memory induces persistent motion

Autorzy: Bernhard G. Mitterwallner, Laura Lavacchi, Roland R. Netz
Opublikowane w: The European Physical Journal E, Numer 43/10, 2020, ISSN 1292-8941
Wydawca: Springer Verlag
DOI: 10.1140/epje/i2020-11992-5

Quantitative Prediction of Protein–Polyelectrolyte Binding Thermodynamics: Adsorption of Heparin-Analog Polysulfates to the SARS-CoV-2 Spike Protein RBD

Autorzy: Lenard Neander, Cedric Hannemann, Roland R. Netz, Anil Kumar Sahoo
Opublikowane w: JACS Au, Numer 5, 2025, Strona(/y) 204-216, ISSN 2691-3704
Wydawca: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/jacsau.4c00886

Non-Markovian data-driven modeling of single-cell motility

Autorzy: Bernhard G. Mitterwallner, Christoph Schreiber, Jan O. Daldrop, Joachim O. Rädler, Roland R. Netz
Opublikowane w: Physical Review E, Numer 101/3, 2020, ISSN 2470-0045
Wydawca: American Physical Society
DOI: 10.1103/physreve.101.032408

Markovian embedding of generalized Langevin equations with a nonlinear friction kernel and configuration-dependent mass

Autorzy: Cihan Ayaz; Lucas Tepper; Roland R. Netz
Opublikowane w: Turkish Journal of Phys cs, Numer 46, 2022, Strona(/y) 194 – 205, ISSN 1303-6122
Wydawca: TUBITAK
DOI: 10.55730/1300-0101.2726

Barrier-crossing times for different non-Markovian friction in well and barrier: A numerical study

Autorzy: Florian N. Brünig, Roland R. Netz, and Julian Kappler
Opublikowane w: Physical Review E, Numer 106, 2022, Strona(/y) 044133, ISSN 2470-0045
Wydawca: American Physical Society
DOI: 10.1103/physreve.106.044133

Non-Markovian Modeling of Nonequilibrium Fluctuations and Dissipation in Active Viscoelastic Biomatter

Autorzy: Amir Abbasi; Roland R. Netz; Ali Naji
Opublikowane w: Physical Review Letters, Numer 131, 2023, Strona(/y) 228202, ISSN 2470-0045
Wydawca: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevlett.131.228202

Enhanced interfacial water dissociation on a hydrated iron porphyrin single-atom catalyst in graphene

Autorzy: Laura Scalfi, Maximilian R. Becker, Roland R. Netz, and Marie-Laure Bocquet
Opublikowane w: Communications Chemistry, Numer 236, 2023, Strona(/y) -, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s42004-023-01027-9

Rapid onset of molecular friction in liquids bridging between the atomistic and hydrodynamic pictures

Autorzy: Arthur V. Straube, Bartosz G. Kowalik, Roland R. Netz, Felix Höfling
Opublikowane w: Communications Physics, Numer 3/1, 2020, ISSN 2399-3650
Wydawca: Nature Publishing
DOI: 10.1038/s42005-020-0389-0

Barrier-crossing times for different non-Markovian friction in well and barrier $-$ A numerical study

Autorzy: Florian N. Brünig; Roland R. Netz; Julian Kappler
Opublikowane w: Physical Review E, Numer 106/4, 2022, Strona(/y) 044133, ISSN 2470-0045
Wydawca: American Physical Society

The role of memory-dependent friction and solvent viscosity in isomerization kinetics in viscogenic media

Autorzy: Benjamin A. Dalton Henrik Kiefer Roland R. Netz
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 15, 2024, Strona(/y) 3761, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-48016-7

Approach to equilibrium and nonequilibrium stationary distributions of interacting many-particle systems that are coupled to different heat baths

Autorzy: Roland R. Netz
Opublikowane w: Physical Review E, Numer 101/2, 2020, ISSN 2470-0045
Wydawca: American Physical Society
DOI: 10.1103/physreve.101.022120

Nanoscopic Interfacial Hydrogel Viscoelasticity Revealed from Comparison of Macroscopic and Microscopic Rheology

Autorzy: Robert F. Schmidt, Henrik Kiefer, Robert Dalgliesh, Michael Gradzielski, and Roland R. Netz
Opublikowane w: Nano Letters, Numer 24,16, 2024, Strona(/y) 4758–4765, ISSN 1520-6106
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.3c04884

Memory and Friction: From the Nanoscale to the Macroscale

Autorzy: Benjamin A. Dalton, Anton Klimek, Henrik Kiefer, Florian N. Brünig, Hélène Colinet, Lucas Tepper, Amir Abbasi, Roland R. Netz
Opublikowane w: Annual Review of Physical Chemistry, Numer 76, 2025, Strona(/y) 431-454, ISSN 0066-426X
Wydawca: Annual Reviews, Inc.
DOI: 10.1146/annurev-physchem-082423-031037

Generalized Langevin equation with a nonlinear potential of mean force and nonlinear memory friction from a hybrid projection scheme

Autorzy: Ayaz, Cihan and Scalfi, Laura and Dalton, Benjamin A. and Netz, Roland R.
Opublikowane w: Physical Review E, Numer 105/5, 2022, Strona(/y) 054138, ISSN 2470-0045
Wydawca: American Physical Society
DOI: 10.1103/physreve.105.054138

Force field for halide and alkali ions in water based on single-ion and ion-pair thermodynamic properties for a wide range of concentrations

Autorzy: Maria Duenas-Herrera, Douwe Jan Bonthuis, Philip Loche, Roland R. Netz, Laura Scalfi
Opublikowane w: The Journal of Chemical Physics, Numer 161, 2025, Strona(/y) 074506, ISSN 0021-9606
Wydawca: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0217998

Propensity of hydroxide and hydronium ions for the air–water and graphene–water interfaces from <i>ab initio</i> and force field simulations

Autorzy: Laura Scalfi, Louis Lehmann, Alexandre P. dos Santos, Maximilian R. Becker, Roland R. Netz
Opublikowane w: The Journal of Chemical Physics, Numer 161, 2025, Strona(/y) 144701, ISSN 0021-9606
Wydawca: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0226966

Water evaporation from solute-containing aerosol droplets: Effects of internal concentration and diffusivity profiles and onset of crust formation

Autorzy: Majid Rezaei; Roland R. Netz
Opublikowane w: Physics of Fluids, Numer 33/9, 2021, Strona(/y) 091901, ISSN 1070-6631
Wydawca: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0060080

Transition-path probability depends non-monotonically on memory time for non-Markovian systems

Autorzy: F. N. Brünig, B. A. Dalton, J. O. Daldrop, R. R. Netz
Opublikowane w: Europhysics Letters, Numer 150, 2025, Strona(/y) 51003, ISSN 0295-5075
Wydawca: EDP Sciences
DOI: 10.1209/0295-5075/adda75

Fast protein folding is governed by memory-dependent friction

Autorzy: Benjamin A. Dalton; Cihan Ayaz; Henrik Kiefer; Anton Klimek; Lucas Tepper; Roland R. Netz
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 120, 2023, Strona(/y) e2220068120, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2220068120

Modeling Water Interactions with Graphene and Graphite via Force Fields Consistent with Experimental Contact Angles

Autorzy: Shane R. Carlson, Otto Schullian, Maximilian R. Becker, and Roland R. Netz
Opublikowane w: J. Phys. Chem. Lett., Numer 15, 24, 2024, Strona(/y) 6325, ISSN 1520-6106
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.4c01143

Time-dependent trajectory of a one-dimensional Gaussian non-Markovian observable does not reveal its nonequilibrium character

Autorzy: Roland R. Netz
Opublikowane w: Physical Review E, Numer 112, 2025, Strona(/y) 014132, ISSN 2470-0045
Wydawca: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/4rd5-7123

Prediction of weather and financial time-series data via a Hamiltonian-based filter-projection approach

Autorzy: Henrik Kiefer, Denis Furtel, Cihan Ayaz, Anton Klimek, Jan O. Daldrop, Roland R. Netz
Opublikowane w: Newton, Numer 1, 2025, Strona(/y) 100138, ISSN 2950-6360
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.newton.2025.100138

Physics of virus transmission by speaking droplets

Autorzy: Roland R. Netz, William A. Eaton
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 117/41, 2020, Strona(/y) 25209-25211, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2011889117

Time-Dependent Friction Effects on Vibrational Infrared Frequencies and Line Shapes of Liquid Water

Autorzy: Florian N. Brünig; Otto Geburtig; Alexander von Canal; Julian Kappler; Roland R. Netz
Opublikowane w: The Journal of Physical Chemistry B, Numer 126/7, 2022, Strona(/y) 1579, ISSN 1520-6106
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.1c09481

Non-Markovian modeling of protein folding

Autorzy: Cihan Ayaz, Lucas Tepper, Florian N. Brünig, Julian Kappler, Jan O. Daldrop, Roland R. Netz
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 118/31, 2021, Strona(/y) e2023856118, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2023856118

Estimating computational limits on theoretical descriptions of biological cells

Autorzy: Roland R. Netz, William A. Eaton
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 118/6, 2021, Strona(/y) e2022753118, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2022753118

Optimal non-Markovian composite search algorithms for spatially correlated targets

Autorzy: Anton Klimek, Roland. R. Netz
Opublikowane w: IOP Publishing, 2022, ISSN 0295-5075
Wydawca: EDP Sciences
DOI: 10.1209/0295-5075/ac4e2b

Non-Markovian equilibrium and non-equilibrium barrier-crossing kinetics in asymmetric double-well potentials

Autorzy: Laura Lavacchi, Benjamin A. Dalton, Roland R. Netz
Opublikowane w: The European Physical Journal E, Numer 48, 2025, ISSN 1292-8941
Wydawca: Springer Verlag
DOI: 10.1140/epje/s10189-025-00488-1

Other (7)

Multi-point distribution for Gaussian non-equilibrium non-Markovian observables

Autorzy: Netz, Roland R
Opublikowane w: arXiv, Numer -, 2024, Strona(/y) -
Wydawca: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2310.08886

Analysis and Simulation of Generalized Langevin Equations with Non-Gaussian Orthogonal Forces

Autorzy: Henrik Kiefer, Benjamin J. A. Héry, Lucas Tepper, Benjamin A. Dalton, Cihan Ayaz, Roland R. Netz
Opublikowane w: arXiv, Numer 21 May 2025, 2025
Wydawca: arXiv

pH modulates friction memory effects in protein folding

Autorzy: Dalton, Benjamin A.; Netz, Roland R.
Opublikowane w: arXiv, 2024
Wydawca: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2401.12027

Robust cytoplasmic partitioning by solving an intrinsic cytoskeletal instability

Autorzy: Melissa Rinaldin, Alison Kickuth, Benjamin Dalton, Yitong Xu, Stefano Di Talia, Jan Brugués
Opublikowane w: bioXiv, Numer -, 2024, Strona(/y) -
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.03.12.584684

Rapid state-recrossing kinetics in non-Markovian systems

Autorzy: Qingyuan Zhou, Roland R. Netz, Benjamin A. Dalton
Opublikowane w: arXiv, Numer -, 2024, Strona(/y) -
Wydawca: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2403.06604

The influence of multi-dimensionality and off-diagonal non-Markovian friction coupling on coarse-grained dynamics

Autorzy: Henrik Kiefer, Cihan Ayaz, Benjamin A. Dalton, Roland R. Netz
Opublikowane w: arXiv, Numer 6 Jun 2025, 2025
Wydawca: arXiv

Quantifying the efficiency of principal signal transmission modes in proteins

Autorzy: Anil Kumar Sahoo, Richard Schwarzl, Markus S. Miettinen, Roland R. Netz
Opublikowane w: arXiv, Numer -, 2024, Strona(/y) -
Wydawca: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2403.12312