Multivalent interactions driving RNP dynamics in development and disease

Información del proyecto

RNPdynamics

Identificador del acuerdo de subvención: 835300

DOI

10.3030/835300

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 2 Diciembre 2019

Fecha de inicio 1 Enero 2020

Fecha de finalización 30 Septiembre 2025

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 396 261,25

Aportación de la UE

€ 2 396 261,25

Coordinado por

KEMIJSKI INSTITUT
Slovenia

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Resultado final

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Publicaciones

Peer reviewed articles (14)

The FXR1 network acts as signaling scaffold for actomyosin remodeling

Autores: Xiuzhen Chen, Mervin M. Fansler, Urška Janjoš, Jernej Ule, Christine Mayr
Publicado en: Cell, 2025, ISSN 1097-4172
Editor: Cell press
DOI: 10.1101/2023.11.05.565677

Collective homeostasis of condensation-prone proteins via their mRNAs

Autores: Rupert Faraway, Neve Costello Heaven, Holly Digby, Klara Kuret Hodnik, Jure Rebselj, Oscar G. Wilkins, Anob M. Chakrabarti, Ira A. Iosub, Neža Vadnjal, Rhys Dore, Lea Knez, Stefan L. Ameres, Clemens
Publicado en: Nature, Edición 647, 2025, Página(s) 798-808, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09568-w

TDP-43 loss and ALS-risk SNPs drive mis-splicing and depletion of UNC13A

Autores: Brown AL, Wilkins OG, …, Secrier M, Lashley T, Ule J, Buratti E, Humphrey J, Ward ME, Fratta P
Publicado en: Nature, 2022, Página(s) Mar;603(7899):131-137, ISSN 1476-4687
Editor: Springer
DOI: 10.1038/s41586-022-04436-3

An improved iCLIP protocol

Autores: Flora C. Y. Lee, Anob M. Chakrabarti, Heike Hänel, Elisa Monzón-Casanova, Martina Hallegger, Cristina Militti, Federica Capraro, Christoph Sadée, Patrick Toolan-Kerr, Oscar Wilkins, Martin Turner,
Publicado en: bioRxiv, 2021, ISSN 2692-8205
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.08.27.457890

CLIP and complementary methods

Autores: Markus Hafner, Maria Katsantoni, Tino Köster, James Marks, Joyita Mukherjee, Dorothee Staiger, Jernej Ule, Mihaela Zavolan
Publicado en: Nature Reviews Methods Primers, Edición 1, 2024, ISSN 2662-8449
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s43586-021-00018-1

MIR-NATs repress MAPT translation and aid proteostasis in neurodegeneration

Autores: Simone R, Javad F, Emmett W, Wilkins OG, …, Warner TT, Plagnol V, Ule J, de Silva R.
Publicado en: Nature, 2021, ISSN 1476-4687
Editor: Springer
DOI: 10.1038/s41586-021-03556-6

TDP-43 condensation properties specify its RNA-binding and regulatory repertoire

Autores: Martina Hallegger; Martina Hallegger; Anob M. Chakrabarti; Flora C.Y. Lee; Flora C.Y. Lee; Bo Lim Lee; Aram G. Amalietti; Aram G. Amalietti; Hana M. Odeh; Katie E. Copley; Jack D. Rubien; Bede Portz; Klara Kuret; Ina Huppertz; Frédérique Rau; Frédérique Rau; Rickie Patani; Rickie Patani; Nicolas L. Fawzi; James Shorter; Nicholas M. Luscombe; Nicholas M. Luscombe; Jernej Ule; Jernej Ule
Publicado en: Cell, 2021, Página(s) vol. 184, no. 18, pp. 4680-4696,e1-e22, ISSN 1097-4172
Editor: Cell
DOI: 10.1016/j.cell.2021.07.018

Interrogation of RNA-protein interaction dynamics in bacterial growth

Autores: Mie Monti, Reyme Herman, Leonardo Mancini, Charlotte Capitanchik, Karen Davey, Charlotte S Dawson, Jernej Ule, Gavin H Thomas, Anne E Willis, Kathryn S Lilley, Eneko Villanueva
Publicado en: Molecular Systems Biology, Edición 20, 2024, Página(s) 573-589, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00031-y

Towards in silico CLIP-seq: predicting protein-RNA interaction via sequence-to-signal learning

Autores: Marc Horlacher, Nils Wagner, Lambert Moyon, Klara Kuret, Nicolas Goedert, Marco Salvatore, Jernej Ule, Julien Gagneur, Ole Winther, Annalisa Marsico
Publicado en: Genome Biology, Edición 24, 2023, ISSN 1474-760X
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-023-03015-7

NEAT1 modulates the TIRR/53BP1 complex to maintain genome integrity

Autores: Susan Kilgas, Aleem Syed, Patrick Toolan-Kerr, Michelle L. Swift, Shrabasti Roychoudhury, Aniruddha Sarkar, Sarah Wilkins, Mikayla Quigley, Anna R. Poetsch, Maria Victoria Botuyan, Gaofeng Cui, George
Publicado en: Nature Communications, Edición 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-52862-w

Positional motif analysis reveals the extent of specificity of protein-RNA interactions observed by CLIP

Autores: Klara Kuret; Aram Gustav Amalietti; D. Marc Jones; Charlotte Capitanchik; Jernej Ule
Publicado en: Genome biology, Edición vol. 23, no. 1, 2022, Página(s) 1-34, ISSN 1474-7596
Editor: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-022-02755-2

CDK11 regulates pre-mRNA splicing by phosphorylation of SF3B1

Autores: Milan Hluchý, Pavla Gajdušková, Igor Ruiz de los Mozos, Michal Rájecký, Michael Kluge, Benedict-Tilman Berger, Zuzana Slabá, David Potěšil, Elena Weiß, Jernej Ule, Zbyněk Zdráhal, Stefan Kn
Publicado en: Nature, Edición 609, 2024, Página(s) 829-834, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05204-z

Poised PABP-RNA hubs implement signal-dependent mRNA decay in development

Autores: Miha Modic, Klara Kuret, Sebastian Steinhauser, Rupert Faraway, Emiel van Genderen, Flora Lee, Igor Ruiz de Los Mozos, Žiga Vičič, Jona Novljan, Derk ten Berge, Nicholas Luscombe, Jernej Ule
Publicado en: Nature Mol Str Biol, 2024, ISSN 1545-9985
Editor: Springer
DOI: 10.21203/rs.3.rs-3227673/v1

Subcytoplasmic location of translation controls protein output

Autores: Ellen L. Horste, Mervin M. Fansler, Ting Cai, Xiuzhen Chen, Sibylle Mitschka, Gang Zhen, Flora C. Y. Lee, Jernej Ule, Christine Mayr
Publicado en: Mol Cell, 2024, ISSN 1097-4164
Editor: Cell press
DOI: 10.1101/2022.11.04.515216