Multivalent interactions driving RNP dynamics in development and disease

Informacje na temat projektu

RNPdynamics

Identyfikator umowy o grant: 835300

DOI

10.3030/835300

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 2 Grudnia 2019

Data rozpoczęcia 1 Stycznia 2020

Data zakończenia 30 Września 2025

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 2 396 261,25

Wkład UE

€ 2 396 261,25

Koordynowany przez

KEMIJSKI INSTITUT
Slovenia

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Publikacje

Peer reviewed articles (14)

The FXR1 network acts as signaling scaffold for actomyosin remodeling

Autorzy: Xiuzhen Chen, Mervin M. Fansler, Urška Janjoš, Jernej Ule, Christine Mayr
Opublikowane w: Cell, 2025, ISSN 1097-4172
Wydawca: Cell press
DOI: 10.1101/2023.11.05.565677

Collective homeostasis of condensation-prone proteins via their mRNAs

Autorzy: Rupert Faraway, Neve Costello Heaven, Holly Digby, Klara Kuret Hodnik, Jure Rebselj, Oscar G. Wilkins, Anob M. Chakrabarti, Ira A. Iosub, Neža Vadnjal, Rhys Dore, Lea Knez, Stefan L. Ameres, Clemens
Opublikowane w: Nature, Numer 647, 2025, Strona(/y) 798-808, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09568-w

TDP-43 loss and ALS-risk SNPs drive mis-splicing and depletion of UNC13A

Autorzy: Brown AL, Wilkins OG, …, Secrier M, Lashley T, Ule J, Buratti E, Humphrey J, Ward ME, Fratta P
Opublikowane w: Nature, 2022, Strona(/y) Mar;603(7899):131-137, ISSN 1476-4687
Wydawca: Springer
DOI: 10.1038/s41586-022-04436-3

An improved iCLIP protocol

Autorzy: Flora C. Y. Lee, Anob M. Chakrabarti, Heike Hänel, Elisa Monzón-Casanova, Martina Hallegger, Cristina Militti, Federica Capraro, Christoph Sadée, Patrick Toolan-Kerr, Oscar Wilkins, Martin Turner,
Opublikowane w: bioRxiv, 2021, ISSN 2692-8205
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.08.27.457890

CLIP and complementary methods

Autorzy: Markus Hafner, Maria Katsantoni, Tino Köster, James Marks, Joyita Mukherjee, Dorothee Staiger, Jernej Ule, Mihaela Zavolan
Opublikowane w: Nature Reviews Methods Primers, Numer 1, 2024, ISSN 2662-8449
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s43586-021-00018-1

MIR-NATs repress MAPT translation and aid proteostasis in neurodegeneration

Autorzy: Simone R, Javad F, Emmett W, Wilkins OG, …, Warner TT, Plagnol V, Ule J, de Silva R.
Opublikowane w: Nature, 2021, ISSN 1476-4687
Wydawca: Springer
DOI: 10.1038/s41586-021-03556-6

TDP-43 condensation properties specify its RNA-binding and regulatory repertoire

Autorzy: Martina Hallegger; Martina Hallegger; Anob M. Chakrabarti; Flora C.Y. Lee; Flora C.Y. Lee; Bo Lim Lee; Aram G. Amalietti; Aram G. Amalietti; Hana M. Odeh; Katie E. Copley; Jack D. Rubien; Bede Portz; Klara Kuret; Ina Huppertz; Frédérique Rau; Frédérique Rau; Rickie Patani; Rickie Patani; Nicolas L. Fawzi; James Shorter; Nicholas M. Luscombe; Nicholas M. Luscombe; Jernej Ule; Jernej Ule
Opublikowane w: Cell, 2021, Strona(/y) vol. 184, no. 18, pp. 4680-4696,e1-e22, ISSN 1097-4172
Wydawca: Cell
DOI: 10.1016/j.cell.2021.07.018

Interrogation of RNA-protein interaction dynamics in bacterial growth

Autorzy: Mie Monti, Reyme Herman, Leonardo Mancini, Charlotte Capitanchik, Karen Davey, Charlotte S Dawson, Jernej Ule, Gavin H Thomas, Anne E Willis, Kathryn S Lilley, Eneko Villanueva
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, Numer 20, 2024, Strona(/y) 573-589, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00031-y

Towards in silico CLIP-seq: predicting protein-RNA interaction via sequence-to-signal learning

Autorzy: Marc Horlacher, Nils Wagner, Lambert Moyon, Klara Kuret, Nicolas Goedert, Marco Salvatore, Jernej Ule, Julien Gagneur, Ole Winther, Annalisa Marsico
Opublikowane w: Genome Biology, Numer 24, 2023, ISSN 1474-760X
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-023-03015-7

NEAT1 modulates the TIRR/53BP1 complex to maintain genome integrity

Autorzy: Susan Kilgas, Aleem Syed, Patrick Toolan-Kerr, Michelle L. Swift, Shrabasti Roychoudhury, Aniruddha Sarkar, Sarah Wilkins, Mikayla Quigley, Anna R. Poetsch, Maria Victoria Botuyan, Gaofeng Cui, George
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 15, 2024, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-52862-w

Positional motif analysis reveals the extent of specificity of protein-RNA interactions observed by CLIP

Autorzy: Klara Kuret; Aram Gustav Amalietti; D. Marc Jones; Charlotte Capitanchik; Jernej Ule
Opublikowane w: Genome biology, Numer vol. 23, no. 1, 2022, Strona(/y) 1-34, ISSN 1474-7596
Wydawca: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-022-02755-2

CDK11 regulates pre-mRNA splicing by phosphorylation of SF3B1

Autorzy: Milan Hluchý, Pavla Gajdušková, Igor Ruiz de los Mozos, Michal Rájecký, Michael Kluge, Benedict-Tilman Berger, Zuzana Slabá, David Potěšil, Elena Weiß, Jernej Ule, Zbyněk Zdráhal, Stefan Kn
Opublikowane w: Nature, Numer 609, 2024, Strona(/y) 829-834, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05204-z

Poised PABP-RNA hubs implement signal-dependent mRNA decay in development

Autorzy: Miha Modic, Klara Kuret, Sebastian Steinhauser, Rupert Faraway, Emiel van Genderen, Flora Lee, Igor Ruiz de Los Mozos, Žiga Vičič, Jona Novljan, Derk ten Berge, Nicholas Luscombe, Jernej Ule
Opublikowane w: Nature Mol Str Biol, 2024, ISSN 1545-9985
Wydawca: Springer
DOI: 10.21203/rs.3.rs-3227673/v1

Subcytoplasmic location of translation controls protein output

Autorzy: Ellen L. Horste, Mervin M. Fansler, Ting Cai, Xiuzhen Chen, Sibylle Mitschka, Gang Zhen, Flora C. Y. Lee, Jernej Ule, Christine Mayr
Opublikowane w: Mol Cell, 2024, ISSN 1097-4164
Wydawca: Cell press
DOI: 10.1101/2022.11.04.515216