Multivalent interactions driving RNP dynamics in development and disease

Informations projet

RNPdynamics

N° de convention de subvention: 835300

DOI

10.3030/835300

Projet clôturé

Date de signature de la CE 2 Decembre 2019

Date de début 1 Janvier 2020

Date de fin 30 Septembre 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 396 261,25

Contribution de l’UE

€ 2 396 261,25

Coordonné par

KEMIJSKI INSTITUT
Slovenia

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Livrables

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Publications

Peer reviewed articles (14)

The FXR1 network acts as signaling scaffold for actomyosin remodeling

Auteurs: Xiuzhen Chen, Mervin M. Fansler, Urška Janjoš, Jernej Ule, Christine Mayr
Publié dans: Cell, 2025, ISSN 1097-4172
Éditeur: Cell press
DOI: 10.1101/2023.11.05.565677

Collective homeostasis of condensation-prone proteins via their mRNAs

Auteurs: Rupert Faraway, Neve Costello Heaven, Holly Digby, Klara Kuret Hodnik, Jure Rebselj, Oscar G. Wilkins, Anob M. Chakrabarti, Ira A. Iosub, Neža Vadnjal, Rhys Dore, Lea Knez, Stefan L. Ameres, Clemens
Publié dans: Nature, Numéro 647, 2025, Page(s) 798-808, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09568-w

TDP-43 loss and ALS-risk SNPs drive mis-splicing and depletion of UNC13A

Auteurs: Brown AL, Wilkins OG, …, Secrier M, Lashley T, Ule J, Buratti E, Humphrey J, Ward ME, Fratta P
Publié dans: Nature, 2022, Page(s) Mar;603(7899):131-137, ISSN 1476-4687
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s41586-022-04436-3

An improved iCLIP protocol

Auteurs: Flora C. Y. Lee, Anob M. Chakrabarti, Heike Hänel, Elisa Monzón-Casanova, Martina Hallegger, Cristina Militti, Federica Capraro, Christoph Sadée, Patrick Toolan-Kerr, Oscar Wilkins, Martin Turner,
Publié dans: bioRxiv, 2021, ISSN 2692-8205
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.08.27.457890

CLIP and complementary methods

Auteurs: Markus Hafner, Maria Katsantoni, Tino Köster, James Marks, Joyita Mukherjee, Dorothee Staiger, Jernej Ule, Mihaela Zavolan
Publié dans: Nature Reviews Methods Primers, Numéro 1, 2024, ISSN 2662-8449
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s43586-021-00018-1

MIR-NATs repress MAPT translation and aid proteostasis in neurodegeneration

Auteurs: Simone R, Javad F, Emmett W, Wilkins OG, …, Warner TT, Plagnol V, Ule J, de Silva R.
Publié dans: Nature, 2021, ISSN 1476-4687
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s41586-021-03556-6

TDP-43 condensation properties specify its RNA-binding and regulatory repertoire

Auteurs: Martina Hallegger; Martina Hallegger; Anob M. Chakrabarti; Flora C.Y. Lee; Flora C.Y. Lee; Bo Lim Lee; Aram G. Amalietti; Aram G. Amalietti; Hana M. Odeh; Katie E. Copley; Jack D. Rubien; Bede Portz; Klara Kuret; Ina Huppertz; Frédérique Rau; Frédérique Rau; Rickie Patani; Rickie Patani; Nicolas L. Fawzi; James Shorter; Nicholas M. Luscombe; Nicholas M. Luscombe; Jernej Ule; Jernej Ule
Publié dans: Cell, 2021, Page(s) vol. 184, no. 18, pp. 4680-4696,e1-e22, ISSN 1097-4172
Éditeur: Cell
DOI: 10.1016/j.cell.2021.07.018

Interrogation of RNA-protein interaction dynamics in bacterial growth

Auteurs: Mie Monti, Reyme Herman, Leonardo Mancini, Charlotte Capitanchik, Karen Davey, Charlotte S Dawson, Jernej Ule, Gavin H Thomas, Anne E Willis, Kathryn S Lilley, Eneko Villanueva
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 20, 2024, Page(s) 573-589, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00031-y

Towards in silico CLIP-seq: predicting protein-RNA interaction via sequence-to-signal learning

Auteurs: Marc Horlacher, Nils Wagner, Lambert Moyon, Klara Kuret, Nicolas Goedert, Marco Salvatore, Jernej Ule, Julien Gagneur, Ole Winther, Annalisa Marsico
Publié dans: Genome Biology, Numéro 24, 2023, ISSN 1474-760X
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-023-03015-7

NEAT1 modulates the TIRR/53BP1 complex to maintain genome integrity

Auteurs: Susan Kilgas, Aleem Syed, Patrick Toolan-Kerr, Michelle L. Swift, Shrabasti Roychoudhury, Aniruddha Sarkar, Sarah Wilkins, Mikayla Quigley, Anna R. Poetsch, Maria Victoria Botuyan, Gaofeng Cui, George
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-52862-w

Positional motif analysis reveals the extent of specificity of protein-RNA interactions observed by CLIP

Auteurs: Klara Kuret; Aram Gustav Amalietti; D. Marc Jones; Charlotte Capitanchik; Jernej Ule
Publié dans: Genome biology, Numéro vol. 23, no. 1, 2022, Page(s) 1-34, ISSN 1474-7596
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-022-02755-2

CDK11 regulates pre-mRNA splicing by phosphorylation of SF3B1

Auteurs: Milan Hluchý, Pavla Gajdušková, Igor Ruiz de los Mozos, Michal Rájecký, Michael Kluge, Benedict-Tilman Berger, Zuzana Slabá, David Potěšil, Elena Weiß, Jernej Ule, Zbyněk Zdráhal, Stefan Kn
Publié dans: Nature, Numéro 609, 2024, Page(s) 829-834, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05204-z

Poised PABP-RNA hubs implement signal-dependent mRNA decay in development

Auteurs: Miha Modic, Klara Kuret, Sebastian Steinhauser, Rupert Faraway, Emiel van Genderen, Flora Lee, Igor Ruiz de Los Mozos, Žiga Vičič, Jona Novljan, Derk ten Berge, Nicholas Luscombe, Jernej Ule
Publié dans: Nature Mol Str Biol, 2024, ISSN 1545-9985
Éditeur: Springer
DOI: 10.21203/rs.3.rs-3227673/v1

Subcytoplasmic location of translation controls protein output

Auteurs: Ellen L. Horste, Mervin M. Fansler, Ting Cai, Xiuzhen Chen, Sibylle Mitschka, Gang Zhen, Flora C. Y. Lee, Jernej Ule, Christine Mayr
Publié dans: Mol Cell, 2024, ISSN 1097-4164
Éditeur: Cell press
DOI: 10.1101/2022.11.04.515216