Multivalent interactions driving RNP dynamics in development and disease

Informazioni relative al progetto

RNPdynamics

ID dell’accordo di sovvenzione: 835300

DOI

10.3030/835300

Progetto chiuso

Data della firma CE 2 Dicembre 2019

Data di avvio 1 Gennaio 2020

Data di completamento 30 Settembre 2025

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 396 261,25

Contributo UE

€ 2 396 261,25

Coordinato da

KEMIJSKI INSTITUT
Slovenia

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (14)

The FXR1 network acts as signaling scaffold for actomyosin remodeling

Autori: Xiuzhen Chen, Mervin M. Fansler, Urška Janjoš, Jernej Ule, Christine Mayr
Pubblicato in: Cell, 2025, ISSN 1097-4172
Editore: Cell press
DOI: 10.1101/2023.11.05.565677

Collective homeostasis of condensation-prone proteins via their mRNAs

Autori: Rupert Faraway, Neve Costello Heaven, Holly Digby, Klara Kuret Hodnik, Jure Rebselj, Oscar G. Wilkins, Anob M. Chakrabarti, Ira A. Iosub, Neža Vadnjal, Rhys Dore, Lea Knez, Stefan L. Ameres, Clemens
Pubblicato in: Nature, Numero 647, 2025, Pagina/e 798-808, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09568-w

TDP-43 loss and ALS-risk SNPs drive mis-splicing and depletion of UNC13A

Autori: Brown AL, Wilkins OG, …, Secrier M, Lashley T, Ule J, Buratti E, Humphrey J, Ward ME, Fratta P
Pubblicato in: Nature, 2022, Pagina/e Mar;603(7899):131-137, ISSN 1476-4687
Editore: Springer
DOI: 10.1038/s41586-022-04436-3

An improved iCLIP protocol

Autori: Flora C. Y. Lee, Anob M. Chakrabarti, Heike Hänel, Elisa Monzón-Casanova, Martina Hallegger, Cristina Militti, Federica Capraro, Christoph Sadée, Patrick Toolan-Kerr, Oscar Wilkins, Martin Turner,
Pubblicato in: bioRxiv, 2021, ISSN 2692-8205
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.08.27.457890

CLIP and complementary methods

Autori: Markus Hafner, Maria Katsantoni, Tino Köster, James Marks, Joyita Mukherjee, Dorothee Staiger, Jernej Ule, Mihaela Zavolan
Pubblicato in: Nature Reviews Methods Primers, Numero 1, 2024, ISSN 2662-8449
Editore: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s43586-021-00018-1

MIR-NATs repress MAPT translation and aid proteostasis in neurodegeneration

Autori: Simone R, Javad F, Emmett W, Wilkins OG, …, Warner TT, Plagnol V, Ule J, de Silva R.
Pubblicato in: Nature, 2021, ISSN 1476-4687
Editore: Springer
DOI: 10.1038/s41586-021-03556-6

TDP-43 condensation properties specify its RNA-binding and regulatory repertoire

Autori: Martina Hallegger; Martina Hallegger; Anob M. Chakrabarti; Flora C.Y. Lee; Flora C.Y. Lee; Bo Lim Lee; Aram G. Amalietti; Aram G. Amalietti; Hana M. Odeh; Katie E. Copley; Jack D. Rubien; Bede Portz; Klara Kuret; Ina Huppertz; Frédérique Rau; Frédérique Rau; Rickie Patani; Rickie Patani; Nicolas L. Fawzi; James Shorter; Nicholas M. Luscombe; Nicholas M. Luscombe; Jernej Ule; Jernej Ule
Pubblicato in: Cell, 2021, Pagina/e vol. 184, no. 18, pp. 4680-4696,e1-e22, ISSN 1097-4172
Editore: Cell
DOI: 10.1016/j.cell.2021.07.018

Interrogation of RNA-protein interaction dynamics in bacterial growth

Autori: Mie Monti, Reyme Herman, Leonardo Mancini, Charlotte Capitanchik, Karen Davey, Charlotte S Dawson, Jernej Ule, Gavin H Thomas, Anne E Willis, Kathryn S Lilley, Eneko Villanueva
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, Numero 20, 2024, Pagina/e 573-589, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00031-y

Towards in silico CLIP-seq: predicting protein-RNA interaction via sequence-to-signal learning

Autori: Marc Horlacher, Nils Wagner, Lambert Moyon, Klara Kuret, Nicolas Goedert, Marco Salvatore, Jernej Ule, Julien Gagneur, Ole Winther, Annalisa Marsico
Pubblicato in: Genome Biology, Numero 24, 2023, ISSN 1474-760X
Editore: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-023-03015-7

NEAT1 modulates the TIRR/53BP1 complex to maintain genome integrity

Autori: Susan Kilgas, Aleem Syed, Patrick Toolan-Kerr, Michelle L. Swift, Shrabasti Roychoudhury, Aniruddha Sarkar, Sarah Wilkins, Mikayla Quigley, Anna R. Poetsch, Maria Victoria Botuyan, Gaofeng Cui, George
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-52862-w

Positional motif analysis reveals the extent of specificity of protein-RNA interactions observed by CLIP

Autori: Klara Kuret; Aram Gustav Amalietti; D. Marc Jones; Charlotte Capitanchik; Jernej Ule
Pubblicato in: Genome biology, Numero vol. 23, no. 1, 2022, Pagina/e 1-34, ISSN 1474-7596
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-022-02755-2

CDK11 regulates pre-mRNA splicing by phosphorylation of SF3B1

Autori: Milan Hluchý, Pavla Gajdušková, Igor Ruiz de los Mozos, Michal Rájecký, Michael Kluge, Benedict-Tilman Berger, Zuzana Slabá, David Potěšil, Elena Weiß, Jernej Ule, Zbyněk Zdráhal, Stefan Kn
Pubblicato in: Nature, Numero 609, 2024, Pagina/e 829-834, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05204-z

Poised PABP-RNA hubs implement signal-dependent mRNA decay in development

Autori: Miha Modic, Klara Kuret, Sebastian Steinhauser, Rupert Faraway, Emiel van Genderen, Flora Lee, Igor Ruiz de Los Mozos, Žiga Vičič, Jona Novljan, Derk ten Berge, Nicholas Luscombe, Jernej Ule
Pubblicato in: Nature Mol Str Biol, 2024, ISSN 1545-9985
Editore: Springer
DOI: 10.21203/rs.3.rs-3227673/v1

Subcytoplasmic location of translation controls protein output

Autori: Ellen L. Horste, Mervin M. Fansler, Ting Cai, Xiuzhen Chen, Sibylle Mitschka, Gang Zhen, Flora C. Y. Lee, Jernej Ule, Christine Mayr
Pubblicato in: Mol Cell, 2024, ISSN 1097-4164
Editore: Cell press
DOI: 10.1101/2022.11.04.515216