Multivalent interactions driving RNP dynamics in development and disease

Projektinformationen

RNPdynamics

ID Finanzhilfevereinbarung: 835300

DOI

10.3030/835300

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 2 Dezember 2019

Startdatum 1 Januar 2020

Enddatum 30 September 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 396 261,25

EU-Beitrag

€ 2 396 261,25

Koordiniert durch

KEMIJSKI INSTITUT
Slovenia

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Leistungen

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (14)

The FXR1 network acts as signaling scaffold for actomyosin remodeling

Autoren: Xiuzhen Chen, Mervin M. Fansler, Urška Janjoš, Jernej Ule, Christine Mayr
Veröffentlicht in: Cell, 2025, ISSN 1097-4172
Herausgeber: Cell press
DOI: 10.1101/2023.11.05.565677

Collective homeostasis of condensation-prone proteins via their mRNAs

Autoren: Rupert Faraway, Neve Costello Heaven, Holly Digby, Klara Kuret Hodnik, Jure Rebselj, Oscar G. Wilkins, Anob M. Chakrabarti, Ira A. Iosub, Neža Vadnjal, Rhys Dore, Lea Knez, Stefan L. Ameres, Clemens
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 647, 2025, Seite(n) 798-808, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09568-w

TDP-43 loss and ALS-risk SNPs drive mis-splicing and depletion of UNC13A

Autoren: Brown AL, Wilkins OG, …, Secrier M, Lashley T, Ule J, Buratti E, Humphrey J, Ward ME, Fratta P
Veröffentlicht in: Nature, 2022, Seite(n) Mar;603(7899):131-137, ISSN 1476-4687
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s41586-022-04436-3

An improved iCLIP protocol

Autoren: Flora C. Y. Lee, Anob M. Chakrabarti, Heike Hänel, Elisa Monzón-Casanova, Martina Hallegger, Cristina Militti, Federica Capraro, Christoph Sadée, Patrick Toolan-Kerr, Oscar Wilkins, Martin Turner,
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2021, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.08.27.457890

CLIP and complementary methods

Autoren: Markus Hafner, Maria Katsantoni, Tino Köster, James Marks, Joyita Mukherjee, Dorothee Staiger, Jernej Ule, Mihaela Zavolan
Veröffentlicht in: Nature Reviews Methods Primers, Ausgabe 1, 2024, ISSN 2662-8449
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s43586-021-00018-1

MIR-NATs repress MAPT translation and aid proteostasis in neurodegeneration

Autoren: Simone R, Javad F, Emmett W, Wilkins OG, …, Warner TT, Plagnol V, Ule J, de Silva R.
Veröffentlicht in: Nature, 2021, ISSN 1476-4687
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s41586-021-03556-6

TDP-43 condensation properties specify its RNA-binding and regulatory repertoire

Autoren: Martina Hallegger; Martina Hallegger; Anob M. Chakrabarti; Flora C.Y. Lee; Flora C.Y. Lee; Bo Lim Lee; Aram G. Amalietti; Aram G. Amalietti; Hana M. Odeh; Katie E. Copley; Jack D. Rubien; Bede Portz; Klara Kuret; Ina Huppertz; Frédérique Rau; Frédérique Rau; Rickie Patani; Rickie Patani; Nicolas L. Fawzi; James Shorter; Nicholas M. Luscombe; Nicholas M. Luscombe; Jernej Ule; Jernej Ule
Veröffentlicht in: Cell, 2021, Seite(n) vol. 184, no. 18, pp. 4680-4696,e1-e22, ISSN 1097-4172
Herausgeber: Cell
DOI: 10.1016/j.cell.2021.07.018

Interrogation of RNA-protein interaction dynamics in bacterial growth

Autoren: Mie Monti, Reyme Herman, Leonardo Mancini, Charlotte Capitanchik, Karen Davey, Charlotte S Dawson, Jernej Ule, Gavin H Thomas, Anne E Willis, Kathryn S Lilley, Eneko Villanueva
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 20, 2024, Seite(n) 573-589, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00031-y

Towards in silico CLIP-seq: predicting protein-RNA interaction via sequence-to-signal learning

Autoren: Marc Horlacher, Nils Wagner, Lambert Moyon, Klara Kuret, Nicolas Goedert, Marco Salvatore, Jernej Ule, Julien Gagneur, Ole Winther, Annalisa Marsico
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 24, 2023, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-023-03015-7

NEAT1 modulates the TIRR/53BP1 complex to maintain genome integrity

Autoren: Susan Kilgas, Aleem Syed, Patrick Toolan-Kerr, Michelle L. Swift, Shrabasti Roychoudhury, Aniruddha Sarkar, Sarah Wilkins, Mikayla Quigley, Anna R. Poetsch, Maria Victoria Botuyan, Gaofeng Cui, George
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-52862-w

Positional motif analysis reveals the extent of specificity of protein-RNA interactions observed by CLIP

Autoren: Klara Kuret; Aram Gustav Amalietti; D. Marc Jones; Charlotte Capitanchik; Jernej Ule
Veröffentlicht in: Genome biology, Ausgabe vol. 23, no. 1, 2022, Seite(n) 1-34, ISSN 1474-7596
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-022-02755-2

CDK11 regulates pre-mRNA splicing by phosphorylation of SF3B1

Autoren: Milan Hluchý, Pavla Gajdušková, Igor Ruiz de los Mozos, Michal Rájecký, Michael Kluge, Benedict-Tilman Berger, Zuzana Slabá, David Potěšil, Elena Weiß, Jernej Ule, Zbyněk Zdráhal, Stefan Kn
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 609, 2024, Seite(n) 829-834, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05204-z

Poised PABP-RNA hubs implement signal-dependent mRNA decay in development

Autoren: Miha Modic, Klara Kuret, Sebastian Steinhauser, Rupert Faraway, Emiel van Genderen, Flora Lee, Igor Ruiz de Los Mozos, Žiga Vičič, Jona Novljan, Derk ten Berge, Nicholas Luscombe, Jernej Ule
Veröffentlicht in: Nature Mol Str Biol, 2024, ISSN 1545-9985
Herausgeber: Springer
DOI: 10.21203/rs.3.rs-3227673/v1

Subcytoplasmic location of translation controls protein output

Autoren: Ellen L. Horste, Mervin M. Fansler, Ting Cai, Xiuzhen Chen, Sibylle Mitschka, Gang Zhen, Flora C. Y. Lee, Jernej Ule, Christine Mayr
Veröffentlicht in: Mol Cell, 2024, ISSN 1097-4164
Herausgeber: Cell press
DOI: 10.1101/2022.11.04.515216