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Illuminating Earth’s microbial diversity and origins from metagenomes with deep learning

Descrizione del progetto

Ampliare la nostra conoscenza sulla diversità microbica della Terra

I microbi sono esseri viventi molto piccoli invisibili a occhio nudo. Si trovano tutt’intorno a noi e svolgono un ruolo essenziale nel mantenere l’equilibrio di nutrienti e prodotti di scarto nella biosfera. Sono inoltre importanti per la conservazione dell’ambiente naturale in quanto regolano i cicli biogeochimici. Il progetto ERMADA, finanziato dall’UE, si propone di analizzare e chiarire la diversità microbica della Terra utilizzando la bioinformatica e algoritmi di apprendimento automatico. In particolare, farà luce sulla composizione e sulla struttura del microbioma a diversi livelli e lignaggi e fornirà una registrazione completa dell’attuale impronta della diversità microbica del pianeta.

Obiettivo

The estimated number of microbes on our planet outnumbers the stars of the Milky Way galaxy and their biomass exceeds that of all plants and animals. Out of the 10^12 microbial species, only around 10^4 have been cultured, less than 10^5 species are represented by classified sequences, and a staggering estimated 99% of these microorganisms remain taxonomically unknown. Metagenomic shotgun sequencing has emerged as the most prevalent way of studying and classifying microorganisms from various habitats whereas genome analysis can be used to uncover the functions of genes, enzymes and metabolic pathways in a microbial community. This painstaking effort is crucial to understanding Earth's biodiversity, as microbes play important roles in regulating the planet’s biogeochemical cycles through processes that govern nutrient circulation in both terrestrial and marine environments. In this proposal, we will employ cutting edge bioinformatics and machine learning algorithms to analyze and elucidate Earth’s microbial diversity. We will use deep neural networks trained by large volumes of metagenomic sequences as well as big data methods to process hundreds of terabytes of data and taxonomically classify all uncharacterized metagenomic samples, by identifying their origins and habitats. Going beyond the capacities of conventional sequence similarity and comparison analyses, neural network models can capture higher level, abstract defining features and patterns in metagenomic sequences. The aim of this study is twofold: i) to gain a deeper understanding of the composition and structure of the microbiome at different rank levels and lineages and ii) to provide a complete record of the planet’s present microbial diversity footprint. The latter can serve as a reference dataset for future studies pertaining to microbiome evolution due to climate change or other long-term environmental factors.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Parole chiave

Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).

Programma(i)

Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2018

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Coordinatore

EREVNITIKO KENTRO VIOIATRIKON EPISTIMON ALEXANDROS FLEMINGK
Contributo netto dell'UE

Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.

€ 247 628,16
Indirizzo
FLEMING STREET 34
16 672 VARI-ATHENS
Grecia

Mostra sulla mappa

Regione
Αττική Aττική Ανατολική Αττική
Tipo di attività
Research Organisations
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

€ 247 628,16
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