Projektbeschreibung
Ribosomale Rasterverschiebungen als Stressregulatoren für den mRNA-Zellpool
Durch die Modulation der Genexpression wird die zelluläre Homöostase gewahrt. Daran sind Transkriptions- und RNA-Abbauprozesse beteiligt, um die Abundanz und Zusammensetzung des mRNA-Pools zu bestimmen. Der Nonsense-mediated-Decay (NMD)-Mechanismus steuert den RNA-Umsatz und beseitigt fehlerhafte Transkripte, die Stopcodone für Frühgeburten (PTC) beinhalten. Neue Studien zeigen, dass ribosomale Rasterverschiebungen (RF), die bei der Translation auftreten, Stopcodone für Frühgeburten induzieren und eine NMD-Reaktion auslösen. Vorläufige Daten legen nahe, dass Stress RF reguliert und einen neuen Mechanismus zur Erfassung von Umweltsignalen und zur Anpassung der mRNA-Abundanz darstellt. Das EU-finanzierte Projekt TERMINATOR erforscht die stressabhängige Regulation von RF und ihre Bedeutung für den RNA-Umsatz, indem eine Analyse im großen Maßstab bei Hefe- und menschlichen Zellen angewandt wird.
Ziel
Modulation of gene expression is key for maintaining cellular homeostasis in the changing environment. It is achieved through controlling the processes of transcription and RNA degradation that ultimately affect abundance and composition of the mRNA pool. Emerging evidence suggests that the pathways of RNA surveillance and degradation are of paramount importance for fast adaptation of gene expression to stress. One of the most studied mechanisms controlling RNA turnover is nonsense-mediated decay (NMD). It eliminates erroneous transcripts containing premature termination codons (PTC), and also regulates expression of functional transcripts in condition-dependent manner. Recently, my host lab has demonstrated existence of widespread coupling between mRNA decay and translation. This opens a new window for translation dependent regulation of RNA turnover. Specifically, recent studies show that ribosomal frameshifts (RF) occurring during translation induce PTCs and fire NMD response. Preliminary evidence from the host lab suggests that RF is regulated upon stress and could serve as a new mechanism to sense environmental signals and adapt mRNA concentrations. It is yet to be tested if such a regulation is of widespread nature in the cell.
The main goal of this project is to investigate stress-dependent regulation of ribosomal frameshifts and their role in RNA turnover. The 5PSeq approach developed in the host lab will allow for performing high-scale analysis in yeast and human cells, and overcoming existing technological challenges previously limiting research in the field. This project will also explore the cross-talk between RNA turnover and telomere maintenance in cellular response to stress and aging. This will expand the accumulated evidence suggesting interconnection of RNA turnover with other processes involved in cellular adaptability. Finally, I will develop a software package for analysis of RNA degradation datasets that can be used by the research community.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
- NaturwissenschaftenInformatik und InformationswissenschaftenSoftware
- NaturwissenschaftenBiowissenschaftenZellbiologie
- NaturwissenschaftenBiowissenschaftenGenetikRNS
- Medizin- und GesundheitswissenschaftenGrundlagenmedizinPhysiologieHomöostase
Sie müssen sich anmelden oder registrieren, um diese Funktion zu nutzen
Programm/Programme
Thema/Themen
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
(öffnet in neuem Fenster) H2020-MSCA-IF-2018
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigenFinanzierungsplan
MSCA-IF-EF-ST - Standard EFKoordinator
17177 Stockholm
Schweden