Opis projektu
Rybosomalne przesunięcia ramki odczytu jako regulatory stresu puli komórkowego mRNA
Modulacja ekspresji genów podtrzymuje homeostazę komórkową, wykorzystując procesy transkrypcji i degradacji RNA w celu ustalenia ilości oraz składu puli mRNA. Rozpad za pośrednictwem kodonu nonsensownego kontroluje rotację RNA, eliminując błędne transkrypty zawierające przedwczesne kodony terminacji. Niedawne badania wykazały, że rybosomalne przesunięcia ramki odczytu zachodzące w trakcie translacji powodują powstawanie przedwczesnych kodonów terminacji oraz rozpoczynają odpowiedź w formie rozpadu za pośrednictwem kodonu nonsensownego. Wstępne dane sugerują, że stres reguluje takie przesunięcia oraz stanowi nowy mechanizm wyczuwania sygnałów środowiskowych i regulacji ilości mRNA. W związku z tym twórcy finansowanego ze środków UE projektu TERMINATOR analizują zależną od stresu regulację rybosomalnych przesunięć ramki odczytu oraz ich rolę w rotacji RNA. Stosują w tym celu analizę komórek drożdży i ludzkich komórek przeprowadzaną na dużą skalę.
Cel
Modulation of gene expression is key for maintaining cellular homeostasis in the changing environment. It is achieved through controlling the processes of transcription and RNA degradation that ultimately affect abundance and composition of the mRNA pool. Emerging evidence suggests that the pathways of RNA surveillance and degradation are of paramount importance for fast adaptation of gene expression to stress. One of the most studied mechanisms controlling RNA turnover is nonsense-mediated decay (NMD). It eliminates erroneous transcripts containing premature termination codons (PTC), and also regulates expression of functional transcripts in condition-dependent manner. Recently, my host lab has demonstrated existence of widespread coupling between mRNA decay and translation. This opens a new window for translation dependent regulation of RNA turnover. Specifically, recent studies show that ribosomal frameshifts (RF) occurring during translation induce PTCs and fire NMD response. Preliminary evidence from the host lab suggests that RF is regulated upon stress and could serve as a new mechanism to sense environmental signals and adapt mRNA concentrations. It is yet to be tested if such a regulation is of widespread nature in the cell.
The main goal of this project is to investigate stress-dependent regulation of ribosomal frameshifts and their role in RNA turnover. The 5PSeq approach developed in the host lab will allow for performing high-scale analysis in yeast and human cells, and overcoming existing technological challenges previously limiting research in the field. This project will also explore the cross-talk between RNA turnover and telomere maintenance in cellular response to stress and aging. This will expand the accumulated evidence suggesting interconnection of RNA turnover with other processes involved in cellular adaptability. Finally, I will develop a software package for analysis of RNA degradation datasets that can be used by the research community.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
- nauki przyrodniczeinformatykaoprogramowanie
- nauki przyrodniczenauki biologicznebiologia komórki
- nauki przyrodniczenauki biologicznegenetykaRNA
- medycyna i nauki o zdrowiumedycyna klinicznafizjologiahomeostaza
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
MSCA-IF-EF-ST - Standard EFKoordynator
17177 Stockholm
Szwecja