Dna Damage REsponse: Actionabilities, Maps and Mechanisms

Informations projet

DDREAMM

N° de convention de subvention: 855741

DOI

10.3030/855741

Date de signature de la CE 16 Decembre 2019

Date de début 1 Mars 2020

Date de fin 31 Juillet 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 8 865 965,00

Contribution de l’UE

€ 8 865 965,00

Coordonné par

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Switzerland

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Publications

Peer reviewed articles (24)

Removal of TREX1 activity enhances CRISPR–Cas9-mediated homologous recombination

Auteurs: Mehmet E. Karasu, Eléonore Toufektchan, Yanyang Chen, Alessandra Albertelli, Grégoire Cullot, John Maciejowski, Jacob E. Corn
Publié dans: Nature Biotechnology, 2024, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-024-02356-3

Transcription-coupled repair of DNA-protein cross-links depends on CSA and CSB

Auteurs: Christopher J Carnie, Aleida C Acampora, Aldo S Bader, Chimeg Erdenebat, Shubo Zhao, Elnatan Bitensky, Diana van den Heuvel, Avital Parnas, Vipul Gupta, Giuseppina D'Alessandro, Matylda Sczaniecka-Clift, Pedro Weickart, Fatih Aygenli, Maximilian J Gotz, Jacqueline Cordes, Isabel Esain-Garcia, Larry Melidis, Annelotte P Wondergem, Simon Lam, Maria S Robles, Shankar Balasubramanian, Sheera Adar, Mar
Publié dans: Nature Cell Biology, Numéro 26, 2024, Page(s) 797–810, ISSN 1465-7392
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-024-01391-1

RNF25 confers mRNA damage tolerance by curbing activation of the integrated stress response

Auteurs: Shubo Zhao, Chloe S. Palma-Chaundler, Carla M. Engel, Jacqueline Cordes, Daniel Nixdorf, Michael Y. Luo, Selay Kaya, Aldwin Suryo Rahmanto, Diana van den Heuvel, Timur Mackens-Kiani, Pedro Weickert, Simon Lam, Vipul Gupta, Julia Philippou-Massier, Ivan Bagarić, Jonathan Bohlen, Graeme Hewitt, Martijn S. Luijsterburg, Roland Beckmann, Petra Beli, Danny D. Nedialkova, Christopher J. Carnie, Marion
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 86, 2026, Page(s) 1275-1292.e12, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2026.02.024

PnB Designer: a web application to design prime and base editor guide RNAs for animals and plants

Auteurs: Siegner SM, Karasu ME, Schröder MS, Kontarakis Z, Corn JE
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro Mar 2;22(1):101, 2021, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-021-04034-6

CCAR1 promotes DNA repair via alternative splicing

Auteurs: Mehmet E. Karasu, Leonard Jahnke, Brian J. Joseph, Yerkezhan Amerzhanova, Aleksei Mironov, Xuan Shu, Markus S. Schröder, Ana Gvozdenovic, Irene Sala, Mihaela Zavolan, Stefanie Jonas, Jacob E. Corn
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 84, 2024, Page(s) 2634-2647.e9, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.06.011

An SP110–SP100 axis is a critical regulator of promyelocytic leukaemia body dynamics and mitotic fidelity

Auteurs: Eric J. Aird, Julius Rabl, Tabea Knuesel, Kevin Groen, Samah W. Awwad, Boris Korablev, Lynn Scherpe, Waleed Al-Herz, Robin Hupfer, Mike Recher, Stephen P. Jackson, Benjamin G. Hale, Jacob E. Corn
Publié dans: Nature Cell Biology, Numéro 28, 2026, Page(s) 684-695, ISSN 1465-7392
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-026-01916-w

Recursive Editing improves homology-directed repair through retargeting of undesired outcomes

Auteurs: Möller, Lukas; Aird, Eric Jackson; id_orcid0000-0002-4873-042X; Schröder, Markus; id_orcid0000-0001-5942-1254; Kobel, Lena; id_orcid0000-0001-7949-141X; Kissling, Lucas; van de Venn, Lilly; Corn, Jacob; id_orcid0000-0002-7798-5309
Publié dans: Nature Communications, 13 (1), Numéro 3, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31944-7

Decitabine cytotoxicity is promoted by dCMP deaminase DCTD and mitigated by SUMO-dependent E3 ligase TOPORS

Auteurs: Christopher J Carnie, Maximilian J Götz, Chloe S Palma-Chaundler, Pedro Weickert, Amy Wanders, Almudena Serrano-Benitez, Hao-Yi Li, Vipul Gupta, Samah W Awwad, Christian J Blum, Matylda Sczaniecka-Clift, Jacqueline Cordes, Guido Zagnoli-Vieira, Giuseppina D’Alessandro, Sean L Richards, Nadia Gueorguieva, Simon Lam, Petra Beli, Julian Stingele, Stephen P Jackson
Publié dans: The EMBO Journal, Numéro 43, 2024, Page(s) 2397-2423, ISSN 1460-2075
Éditeur: European Molecular Biology Organization, Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s44318-024-00108-2

ERCC6L2 ensures repair fidelity for staggered-end DNA double-strand breaks

Auteurs: Eric J. Aird, Almudena Serrano-Benitez, Sebastian M. Siegner, Elda Cannavo, Rimma Belotserkovskaya, Nadia Gueorguieva, John Fielden, Grégoire Cullot, Sandra Ammann, Aldo S. Bader, Vipul Gupta, Geoffroy Andrieux, Rebecca Raab, Mónica Del Rey González, Toni Cathomen, Petr Cejka, Jacob E. Corn, Stephen P. Jackson
Publié dans: Nature Communications, Numéro 17, 2026, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-026-69843-w

Loss of CTLH component MAEA impairs DNA repair and replication and leads to developmental delay

Auteurs: Søren H Hough, Satpal S Jhujh, Samah W Awwad, Oliver E Lewis, Simon Lam, John C Thomas, Thorsten Mosler, Aldo Bader, Lauren Bartik, Shane McKee, Shivarajan Amudhavalli, Estelle Colin, Nadirah Damseh, Emma Clement, Pilar Cacheiro, Anirban Majumdar, Damian Smedley, Joël Fluss, Rosalinda Giannini, Isabelle Thiffault, Guido Zagnoli Vieira, Rimma Belotserkovskaya, Stephen J Smerdon, Petra Beli, Yaron
Publié dans: EMBO Molecular Medicine, Numéro 18, 2026, Page(s) 492-513, ISSN 1757-4684
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s44321-025-00352-x

RAD54L2 counters TOP2-DNA adducts to promote genome stability.

Auteurs: D'Alessandro G, Morales-Juarez DA, Richards SL, Nitiss KC, Serrano-Benitez A, Wang J, Thomas JC, Gupta V, Voigt A, Belotserkovskaya R, Goh CG, Bowden AR, Galanty Y, Beli P, Nitiss JL, Zagnoli-Vieira G, Jackson SP.
Publié dans: Science advances, Numéro eadl2108, 2023, Page(s) 9 (49), ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.adl2108

USP37 prevents premature disassembly of stressed replisomes by TRAIP

Auteurs: Olga V. Kochenova, Giuseppina D’Alessandro, Domenic Pilger, Ernst Schmid, Sean L. Richards, Marcos Rios Garcia, Satpal S. Jhujh, Andrea Voigt, Vipul Gupta, Christopher J. Carnie, R. Alex Wu, Nadia Gueorguieva, Simon Lam, Grant S. Stewart, Johannes C. Walter, Stephen P. Jackson
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, Page(s) 5333, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-60139-z

Clickable Cisplatin Derivatives as Versatile Tools to Probe the DNA Damage Response to Chemotherapy

Auteurs: Moretton A, Slyskova J, Simaan ME, Arasa-Verge EA, Meyenberg M, Cerrón-Infantes DA, Unterlass MM, Loizou JI
Publié dans: Frontiers in Oncology, 2022, ISSN 2234-943X
Éditeur: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fonc.2022.874201

Tissue specificity of DNA repair: the CRISPR compass

Auteurs: Joana Ferreira da Silva, Mathilde Meyenberg, Joanna I. Loizou
Publié dans: Trends in Genetics, Numéro 37/11, 2021, Page(s) 958-962, ISSN 0168-9525
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2021.07.010

Genome-aware annotation of CRISPR guides validates targets in variant cell lines and enhances discovery in screens

Auteurs: Simon Lam, John C. Thomas, Stephen P. Jackson
Publié dans: Genome Medicine, Numéro 16, 2024, Page(s) 139, ISSN 1756-994X
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13073-024-01414-4

POLθ processes ssDNA gaps and promotes replication fork progression in BRCA1-deficient cells

Auteurs: Schrempf A, Bernardo S, Arasa-Verge EA, Ramirez Otero MA, Wilson J, Kirchofer D, Timelthaler G, Ambros AM, Kaya A, Wieder M, Ecker GF, Winter GE, Costanzo V, Loizou JI
Publié dans: Cell Reports, Numéro 41(9), 2022, Page(s) 111716, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2022.111716

Exploring the genetic space of the <scp>DNA</scp> damage response for cancer therapy through <scp>CRISPR</scp>‐based screens

Auteurs: Jordan Wilson; Joanna I. Loizou
Publié dans: Molecular Oncology, Numéro 16(21), 2022, Page(s) 3778-3791, ISSN 1878-0261
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1002/1878-0261.13272

Prime editing efficiency and fidelity are enhanced in the absence of mismatch repair

Auteurs: J. Ferreira da Silva; G. P. Oliveira; E. A. Arasa-Verge; C. Kagiou; A. Moretton; G. Timelthaler; J. Jiricny; J. I. Loizou
Publié dans: Nature Communications, Vol 13, Iss 1, Pp 1-11 (2022), Numéro 2, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.3929/ethz-b-000533332

Clinical prospects of WRN inhibition as a treatment for MSI tumours.

Auteurs: Morales-Juarez, D.A., Jackson, S.P.
Publié dans: npj Precision Oncology, Numéro 6, 2022, Page(s) 85, ISSN 2397-768X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41698-022-00319-y

Nurturing a revolution in DNA repair and cancer therapy through CRISPR–Cas screens

Auteurs: Samah W. Awwad, Almudena Serrano-Benitez, John C. Thomas, Vipul Gupta, Stephen P. Jackson
Publié dans: Nature Reviews Molecular Cell Biology, Numéro Published: 13 February 2023, 2023, ISSN 1471-0072
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41580-022-00571-x

Tissue Specific DNA Repair Outcomes Shape the Landscape of Genome Editing

Auteurs: Mathilde Meyenberg, Joana Ferreira da Silva, Joanna I. Loizou
Publié dans: Frontiers in Genetics, Numéro 12, 2021, Page(s) 728520, ISSN 1664-8021
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2021.728520

WEE1 inhibitors synergise with mRNA translation defects via activation of the kinase GCN2

Auteurs: Jordan C. J. Wilson, JiaYi Zhu, Vanesa Vinciauskaite, Eloise G. Lloyd, Simon Lam, Alexandra Hart, Chen Gang Goh, Fadia Bou-Dagher, Hlib Razumkov, Lena Kobel, Zacharias Kontarakis, John Fielden, Moritz F. Schlapansky, Joanna I. Loizou, Andreas Villunger, Jacob E. Corn, Giulia Biffi, Glenn R. Masson, Stefan J. Marciniak, Aldo S. Bader, Stephen P. Jackson
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-64050-5

Unrepaired base excision repair intermediates in template <scp>DNA</scp> strands trigger replication fork collapse and <scp>PARP</scp> inhibitor sensitivity

Auteurs: Serrano-Benitez, Almudena; Wells, Sophie E; Drummond-Clarke, Lylah; Russo, Lilian C; Thomas, John Christopher; Leal, Giovanna A; Farrow, Mark; Edgerton, James Michael; Balasubramanian, Shankar; Yang, Ming; Frezza, Christian; Gautam, Amit; Brazina, Jan; Burdova, Kamila; Hoch, Nicolas C; Jackson, Stephen P; Caldecott, Keith W
Publié dans: EMBO Journal, Numéro 42 (18), 2023, Page(s) e113190, ISSN 1460-2075
Éditeur: European Molecular Biology Organization, Nature Portfolio
DOI: 10.15252/embj.2022113190

Targeting the DNA Repair Enzyme Polymerase θ in Cancer Therapy

Auteurs: Anna Schrempf, Jana Slyskova, Joanna I. Loizou
Publié dans: Trends in Cancer, Numéro VOLUME 7, ISSUE 2, FEBRUARY 01, 2021, 2020, Page(s) 98-111, ISSN 2405-8033
Éditeur: ELSEVIER BV
DOI: 10.1016/j.trecan.2020.09.007

Non-peer reviewed articles (1)

Decomposing the mutational landscape of cancer genomes with RepairSig

Auteurs: SaraBernardo, Mathilde Meyenberg, Joanna I.Loizou
Publié dans: Cell Systems, Numéro Volume 12, Numéro 10, 20 October 2021, 2021, Page(s) 953-955, ISSN 2405-4720
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cels.2021.09.009

Other (5)

A GCN1-independent activator of the kinase GCN2

Auteurs: JiaYi Zhu, Giulia Emanuelli, Glenn R Masson, Vanesa Vinciauskaite, Henriette Willems, Andrew Lim, Christopher Alan Brown, David Winpenny, Murray Clarke, Rebecca Gilley, Fergus Preston, Jordan Wilson, Aldo Bader, Taufiq Rahman, Joseph E Chambers, John Skidmore, Nicholas W Morrell, Stefan J Marciniak
Publié dans: bioRxiv, 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.06.29.662197

Comprehensive Interrogation of Synthetic Relationships in the Human DNA Damage Response

Auteurs: John Fielden, Sebastian M Siegner, Danielle N Gallagher, Markus S Schröder, Maria Rosaria Dello Stritto, Simon Lam, Lena Kobel, Moritz F Schlapansky, Stephen P. Jackson, Petr Cejka, Marco Jost, Jacob E Corn
Publié dans: 2023
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.08.18.553865

SP110 sequestration of SP100 protects against toxic filaments during innate immune signaling

Auteurs: Eric J. Aird, Julius Rabl, Tabea Knuesel, Lynn Scherpe, Daniel Boehringer, Jacob E. Corn
Publié dans: 2024
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.04.03.587867

TREX1 restricts CRISPR-Cas9 genome editing in human cells

Auteurs: Mehmet E. Karasu; Eléonore Toufektchan; John Maciejowski; Jacob E. Corn
Publié dans: Crossref, Numéro 3, 2022
Éditeur: Biorxiv
DOI: 10.1101/2022.12.12.520063

Cell-stereotyped DNA repair outcomes are widespread during genome editing

Auteurs: Moritz F. Schlapansky, Markus S. Schröder, Antonio J. Santinha, Tanja Rothgangl, Eleonora I. Ioannidi, Grégoire Cullot, Bohdan Lewkow, German Camargo Ortega, Ahmed Nouraiz, Dominic Mailänder, Louisa Selbert, Simon Lam, Aitana Egea, Jiyung J. Shin, Matteo Bordi, Mark DeWitt, Ana Gvozdenovic, Stephen P. Jackson, Timm Schroeder, Helmuth Gehart, Gerald Schwank, Randall J. Platt, Jacob E. Corn
Publié dans: BioRxiv, 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.10.23.684114