Dna Damage REsponse: Actionabilities, Maps and Mechanisms

Projektinformationen

DDREAMM

ID Finanzhilfevereinbarung: 855741

DOI

10.3030/855741

EK-Unterschriftsdatum 16 Dezember 2019

Startdatum 1 März 2020

Enddatum 31 Juli 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 8 865 965,00

EU-Beitrag

€ 8 865 965,00

Koordiniert durch

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Switzerland

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (24)

Removal of TREX1 activity enhances CRISPR–Cas9-mediated homologous recombination

Autoren: Mehmet E. Karasu, Eléonore Toufektchan, Yanyang Chen, Alessandra Albertelli, Grégoire Cullot, John Maciejowski, Jacob E. Corn
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, 2024, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-024-02356-3

Transcription-coupled repair of DNA-protein cross-links depends on CSA and CSB

Autoren: Christopher J Carnie, Aleida C Acampora, Aldo S Bader, Chimeg Erdenebat, Shubo Zhao, Elnatan Bitensky, Diana van den Heuvel, Avital Parnas, Vipul Gupta, Giuseppina D'Alessandro, Matylda Sczaniecka-Clift, Pedro Weickart, Fatih Aygenli, Maximilian J Gotz, Jacqueline Cordes, Isabel Esain-Garcia, Larry Melidis, Annelotte P Wondergem, Simon Lam, Maria S Robles, Shankar Balasubramanian, Sheera Adar, Mar
Veröffentlicht in: Nature Cell Biology, Ausgabe 26, 2024, Seite(n) 797–810, ISSN 1465-7392
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-024-01391-1

RNF25 confers mRNA damage tolerance by curbing activation of the integrated stress response

Autoren: Shubo Zhao, Chloe S. Palma-Chaundler, Carla M. Engel, Jacqueline Cordes, Daniel Nixdorf, Michael Y. Luo, Selay Kaya, Aldwin Suryo Rahmanto, Diana van den Heuvel, Timur Mackens-Kiani, Pedro Weickert, Simon Lam, Vipul Gupta, Julia Philippou-Massier, Ivan Bagarić, Jonathan Bohlen, Graeme Hewitt, Martijn S. Luijsterburg, Roland Beckmann, Petra Beli, Danny D. Nedialkova, Christopher J. Carnie, Marion
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 86, 2026, Seite(n) 1275-1292.e12, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2026.02.024

PnB Designer: a web application to design prime and base editor guide RNAs for animals and plants

Autoren: Siegner SM, Karasu ME, Schröder MS, Kontarakis Z, Corn JE
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe Mar 2;22(1):101, 2021, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-021-04034-6

CCAR1 promotes DNA repair via alternative splicing

Autoren: Mehmet E. Karasu, Leonard Jahnke, Brian J. Joseph, Yerkezhan Amerzhanova, Aleksei Mironov, Xuan Shu, Markus S. Schröder, Ana Gvozdenovic, Irene Sala, Mihaela Zavolan, Stefanie Jonas, Jacob E. Corn
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 84, 2024, Seite(n) 2634-2647.e9, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.06.011

An SP110–SP100 axis is a critical regulator of promyelocytic leukaemia body dynamics and mitotic fidelity

Autoren: Eric J. Aird, Julius Rabl, Tabea Knuesel, Kevin Groen, Samah W. Awwad, Boris Korablev, Lynn Scherpe, Waleed Al-Herz, Robin Hupfer, Mike Recher, Stephen P. Jackson, Benjamin G. Hale, Jacob E. Corn
Veröffentlicht in: Nature Cell Biology, Ausgabe 28, 2026, Seite(n) 684-695, ISSN 1465-7392
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-026-01916-w

Recursive Editing improves homology-directed repair through retargeting of undesired outcomes

Autoren: Möller, Lukas; Aird, Eric Jackson; id_orcid0000-0002-4873-042X; Schröder, Markus; id_orcid0000-0001-5942-1254; Kobel, Lena; id_orcid0000-0001-7949-141X; Kissling, Lucas; van de Venn, Lilly; Corn, Jacob; id_orcid0000-0002-7798-5309
Veröffentlicht in: Nature Communications, 13 (1), Ausgabe 3, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31944-7

Decitabine cytotoxicity is promoted by dCMP deaminase DCTD and mitigated by SUMO-dependent E3 ligase TOPORS

Autoren: Christopher J Carnie, Maximilian J Götz, Chloe S Palma-Chaundler, Pedro Weickert, Amy Wanders, Almudena Serrano-Benitez, Hao-Yi Li, Vipul Gupta, Samah W Awwad, Christian J Blum, Matylda Sczaniecka-Clift, Jacqueline Cordes, Guido Zagnoli-Vieira, Giuseppina D’Alessandro, Sean L Richards, Nadia Gueorguieva, Simon Lam, Petra Beli, Julian Stingele, Stephen P Jackson
Veröffentlicht in: The EMBO Journal, Ausgabe 43, 2024, Seite(n) 2397-2423, ISSN 1460-2075
Herausgeber: European Molecular Biology Organization, Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s44318-024-00108-2

ERCC6L2 ensures repair fidelity for staggered-end DNA double-strand breaks

Autoren: Eric J. Aird, Almudena Serrano-Benitez, Sebastian M. Siegner, Elda Cannavo, Rimma Belotserkovskaya, Nadia Gueorguieva, John Fielden, Grégoire Cullot, Sandra Ammann, Aldo S. Bader, Vipul Gupta, Geoffroy Andrieux, Rebecca Raab, Mónica Del Rey González, Toni Cathomen, Petr Cejka, Jacob E. Corn, Stephen P. Jackson
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 17, 2026, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-026-69843-w

Loss of CTLH component MAEA impairs DNA repair and replication and leads to developmental delay

Autoren: Søren H Hough, Satpal S Jhujh, Samah W Awwad, Oliver E Lewis, Simon Lam, John C Thomas, Thorsten Mosler, Aldo Bader, Lauren Bartik, Shane McKee, Shivarajan Amudhavalli, Estelle Colin, Nadirah Damseh, Emma Clement, Pilar Cacheiro, Anirban Majumdar, Damian Smedley, Joël Fluss, Rosalinda Giannini, Isabelle Thiffault, Guido Zagnoli Vieira, Rimma Belotserkovskaya, Stephen J Smerdon, Petra Beli, Yaron
Veröffentlicht in: EMBO Molecular Medicine, Ausgabe 18, 2026, Seite(n) 492-513, ISSN 1757-4684
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s44321-025-00352-x

RAD54L2 counters TOP2-DNA adducts to promote genome stability.

Autoren: D'Alessandro G, Morales-Juarez DA, Richards SL, Nitiss KC, Serrano-Benitez A, Wang J, Thomas JC, Gupta V, Voigt A, Belotserkovskaya R, Goh CG, Bowden AR, Galanty Y, Beli P, Nitiss JL, Zagnoli-Vieira G, Jackson SP.
Veröffentlicht in: Science advances, Ausgabe eadl2108, 2023, Seite(n) 9 (49), ISSN 2375-2548
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.adl2108

USP37 prevents premature disassembly of stressed replisomes by TRAIP

Autoren: Olga V. Kochenova, Giuseppina D’Alessandro, Domenic Pilger, Ernst Schmid, Sean L. Richards, Marcos Rios Garcia, Satpal S. Jhujh, Andrea Voigt, Vipul Gupta, Christopher J. Carnie, R. Alex Wu, Nadia Gueorguieva, Simon Lam, Grant S. Stewart, Johannes C. Walter, Stephen P. Jackson
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, Seite(n) 5333, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-60139-z

Clickable Cisplatin Derivatives as Versatile Tools to Probe the DNA Damage Response to Chemotherapy

Autoren: Moretton A, Slyskova J, Simaan ME, Arasa-Verge EA, Meyenberg M, Cerrón-Infantes DA, Unterlass MM, Loizou JI
Veröffentlicht in: Frontiers in Oncology, 2022, ISSN 2234-943X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fonc.2022.874201

Tissue specificity of DNA repair: the CRISPR compass

Autoren: Joana Ferreira da Silva, Mathilde Meyenberg, Joanna I. Loizou
Veröffentlicht in: Trends in Genetics, Ausgabe 37/11, 2021, Seite(n) 958-962, ISSN 0168-9525
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2021.07.010

Genome-aware annotation of CRISPR guides validates targets in variant cell lines and enhances discovery in screens

Autoren: Simon Lam, John C. Thomas, Stephen P. Jackson
Veröffentlicht in: Genome Medicine, Ausgabe 16, 2024, Seite(n) 139, ISSN 1756-994X
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13073-024-01414-4

POLθ processes ssDNA gaps and promotes replication fork progression in BRCA1-deficient cells

Autoren: Schrempf A, Bernardo S, Arasa-Verge EA, Ramirez Otero MA, Wilson J, Kirchofer D, Timelthaler G, Ambros AM, Kaya A, Wieder M, Ecker GF, Winter GE, Costanzo V, Loizou JI
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 41(9), 2022, Seite(n) 111716, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2022.111716

Exploring the genetic space of the <scp>DNA</scp> damage response for cancer therapy through <scp>CRISPR</scp>‐based screens

Autoren: Jordan Wilson; Joanna I. Loizou
Veröffentlicht in: Molecular Oncology, Ausgabe 16(21), 2022, Seite(n) 3778-3791, ISSN 1878-0261
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1002/1878-0261.13272

Prime editing efficiency and fidelity are enhanced in the absence of mismatch repair

Autoren: J. Ferreira da Silva; G. P. Oliveira; E. A. Arasa-Verge; C. Kagiou; A. Moretton; G. Timelthaler; J. Jiricny; J. I. Loizou
Veröffentlicht in: Nature Communications, Vol 13, Iss 1, Pp 1-11 (2022), Ausgabe 2, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.3929/ethz-b-000533332

Clinical prospects of WRN inhibition as a treatment for MSI tumours.

Autoren: Morales-Juarez, D.A., Jackson, S.P.
Veröffentlicht in: npj Precision Oncology, Ausgabe 6, 2022, Seite(n) 85, ISSN 2397-768X
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41698-022-00319-y

Nurturing a revolution in DNA repair and cancer therapy through CRISPR–Cas screens

Autoren: Samah W. Awwad, Almudena Serrano-Benitez, John C. Thomas, Vipul Gupta, Stephen P. Jackson
Veröffentlicht in: Nature Reviews Molecular Cell Biology, Ausgabe Published: 13 February 2023, 2023, ISSN 1471-0072
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41580-022-00571-x

Tissue Specific DNA Repair Outcomes Shape the Landscape of Genome Editing

Autoren: Mathilde Meyenberg, Joana Ferreira da Silva, Joanna I. Loizou
Veröffentlicht in: Frontiers in Genetics, Ausgabe 12, 2021, Seite(n) 728520, ISSN 1664-8021
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2021.728520

WEE1 inhibitors synergise with mRNA translation defects via activation of the kinase GCN2

Autoren: Jordan C. J. Wilson, JiaYi Zhu, Vanesa Vinciauskaite, Eloise G. Lloyd, Simon Lam, Alexandra Hart, Chen Gang Goh, Fadia Bou-Dagher, Hlib Razumkov, Lena Kobel, Zacharias Kontarakis, John Fielden, Moritz F. Schlapansky, Joanna I. Loizou, Andreas Villunger, Jacob E. Corn, Giulia Biffi, Glenn R. Masson, Stefan J. Marciniak, Aldo S. Bader, Stephen P. Jackson
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-64050-5

Unrepaired base excision repair intermediates in template <scp>DNA</scp> strands trigger replication fork collapse and <scp>PARP</scp> inhibitor sensitivity

Autoren: Serrano-Benitez, Almudena; Wells, Sophie E; Drummond-Clarke, Lylah; Russo, Lilian C; Thomas, John Christopher; Leal, Giovanna A; Farrow, Mark; Edgerton, James Michael; Balasubramanian, Shankar; Yang, Ming; Frezza, Christian; Gautam, Amit; Brazina, Jan; Burdova, Kamila; Hoch, Nicolas C; Jackson, Stephen P; Caldecott, Keith W
Veröffentlicht in: EMBO Journal, Ausgabe 42 (18), 2023, Seite(n) e113190, ISSN 1460-2075
Herausgeber: European Molecular Biology Organization, Nature Portfolio
DOI: 10.15252/embj.2022113190

Targeting the DNA Repair Enzyme Polymerase θ in Cancer Therapy

Autoren: Anna Schrempf, Jana Slyskova, Joanna I. Loizou
Veröffentlicht in: Trends in Cancer, Ausgabe VOLUME 7, ISSUE 2, FEBRUARY 01, 2021, 2020, Seite(n) 98-111, ISSN 2405-8033
Herausgeber: ELSEVIER BV
DOI: 10.1016/j.trecan.2020.09.007

Non-peer reviewed articles (1)

Decomposing the mutational landscape of cancer genomes with RepairSig

Autoren: SaraBernardo, Mathilde Meyenberg, Joanna I.Loizou
Veröffentlicht in: Cell Systems, Ausgabe Volume 12, Ausgabe 10, 20 October 2021, 2021, Seite(n) 953-955, ISSN 2405-4720
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cels.2021.09.009

Other (5)

A GCN1-independent activator of the kinase GCN2

Autoren: JiaYi Zhu, Giulia Emanuelli, Glenn R Masson, Vanesa Vinciauskaite, Henriette Willems, Andrew Lim, Christopher Alan Brown, David Winpenny, Murray Clarke, Rebecca Gilley, Fergus Preston, Jordan Wilson, Aldo Bader, Taufiq Rahman, Joseph E Chambers, John Skidmore, Nicholas W Morrell, Stefan J Marciniak
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2026
Herausgeber: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.06.29.662197

Comprehensive Interrogation of Synthetic Relationships in the Human DNA Damage Response

Autoren: John Fielden, Sebastian M Siegner, Danielle N Gallagher, Markus S Schröder, Maria Rosaria Dello Stritto, Simon Lam, Lena Kobel, Moritz F Schlapansky, Stephen P. Jackson, Petr Cejka, Marco Jost, Jacob E Corn
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.08.18.553865

SP110 sequestration of SP100 protects against toxic filaments during innate immune signaling

Autoren: Eric J. Aird, Julius Rabl, Tabea Knuesel, Lynn Scherpe, Daniel Boehringer, Jacob E. Corn
Veröffentlicht in: 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.04.03.587867

TREX1 restricts CRISPR-Cas9 genome editing in human cells

Autoren: Mehmet E. Karasu; Eléonore Toufektchan; John Maciejowski; Jacob E. Corn
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 3, 2022
Herausgeber: Biorxiv
DOI: 10.1101/2022.12.12.520063

Cell-stereotyped DNA repair outcomes are widespread during genome editing

Autoren: Moritz F. Schlapansky, Markus S. Schröder, Antonio J. Santinha, Tanja Rothgangl, Eleonora I. Ioannidi, Grégoire Cullot, Bohdan Lewkow, German Camargo Ortega, Ahmed Nouraiz, Dominic Mailänder, Louisa Selbert, Simon Lam, Aitana Egea, Jiyung J. Shin, Matteo Bordi, Mark DeWitt, Ana Gvozdenovic, Stephen P. Jackson, Timm Schroeder, Helmuth Gehart, Gerald Schwank, Randall J. Platt, Jacob E. Corn
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2026
Herausgeber: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.10.23.684114