Analysis, control, and engineering of spatiotemporal pattern formation

Projektinformationen

ACE-OF-SPACE

ID Finanzhilfevereinbarung: 863952

DOI

10.3030/863952

EK-Unterschriftsdatum 18 Februar 2020

Startdatum 1 Juli 2020

Enddatum 30 Juni 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 997 750,00

EU-Beitrag

€ 1 997 750,00

Koordiniert durch

UNIVERSITAT KONSTANZ
Germany

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (9)

EmbryoNet: using deep learning to link embryonic phenotypes to signaling pathways.

Autoren: Daniel Čapek, Matvey Safroshkin, Hernán Morales-Navarrete, Nikan Toulany, Grigory Arutyunov, Anica Kurzbach, Johanna Bihler, Julia Hagauer, Sebastian Kick, Felicity Jones, Ben Jordan, Patrick Müller
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 20, 2023, Seite(n) 815-823, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01873-4

The design of functional proteins using tensorized energy calculations

Autoren: Kateryna Maksymenko, Andreas Maurer, Narges Aghaallaei, Caroline Barry, Natalia Borbarán-Bravo, Timo Ullrich, Tjeerd M.H. Dijkstra, Birte Hernandez Alvarez, Patrick Müller, Andrei N. Lupas, Julia Skokowa, Mohammad ElGamacy
Veröffentlicht in: Cell Reports Methods, Ausgabe 3, 2023, Seite(n) 100560, ISSN 2667-2375
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.crmeth.2023.100560

Wie Tiere sich selbst konstruieren

Autoren: Daniel Čapek, Murat Ünalan, Patrick Müller
Veröffentlicht in: BIOspektrum, Ausgabe 27, 2021, Seite(n) 473-477, ISSN 0947-0867
Herausgeber: Spektrum Akademischer Verlag GmbH
DOI: 10.1007/s12268-021-1622-4

Optogenetic investigation of BMP target gene expression diversity

Autoren: Katherine W Rogers, Mohammad ElGamacy, Benjamin M Jordan, Patrick Müller
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 9, 2020, Seite(n) e58641, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.58641

Analysis of SMAD1/5 target genes in a sea anemone reveals ZSWIM4-6 as a novel BMP signaling modulator

Autoren: Paul Knabl, Alexandra Schauer, Autumn P Pomreinke, Bob Zimmermann, Katherine W Rogers, Daniel Čapek, Patrick Müller, Grigory Genikhovich
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 13, 2024, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.80803

A simple and effective transplantation device for zebrafish embryos

Autoren: Gary Soh, Anna Kögler, Patrick Müller
Veröffentlicht in: J Vis Exp, Ausgabe 174, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62767

Uncovering developmental time and tempo using deep learning

Autoren: Nikan Toulany, Hernán Morales-Navarrete, Daniel Čapek, Jannis Grathwohl, Murat Ünalan, Patrick Müller
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 20, 2023, Seite(n) 2000-2010, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-02083-8

Single-molecule tracking of Nodal and Lefty in live zebrafish embryos supports hindered diffusion model

Autoren: Timo Kuhn, Amit N. Landge, David Mörsdorf, Jonas Coßmann, Johanna Gerstenecker, Daniel Čapek, Patrick Müller, J. Christof M. Gebhardt
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 6101, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-33704-z

Regulation of Nodal signaling propagation by receptor interactions and positive feedback

Autoren: David Mörsdorf; Anna C Kögler; Hannes Preiß; Daniel Čapek; Gary H Soh; Katherine W Rogers; Hernán Morales-Navarrete; María Almuedo-Castillo; Patrick Müller
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 1, 2022, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.66397

Non-peer reviewed articles (2)

AI identifies developmental defects and drug mechanisms in embryos

Autoren: Patrick Müller
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 20, 2024, Seite(n) 793-794, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01872-5

Modes and motifs in multicellular communication

Autoren: Anna C. Kögler, Patrick Müller
Veröffentlicht in: Cell Systems, Ausgabe 15, 2024, Seite(n) 1-3, ISSN 2405-4712
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cels.2023.12.007