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Three-dimensional dynamic views of proteomes as a novel readout for physiological and pathological alterations

Projektbeschreibung

Vielleicht kommt es bei Proteinen auf die Qualität, nicht auf die Quantität, an

Proteine sind allgegenwärtig. Sie vermitteln die strukturellen und funktionellen Rollen in allen Zellen. Ihre Dysfunktion steht in enger Verbindung mit Erkrankungen. Eine wichtige Strategie, um ihre Aktivität zu beurteilen, ist ein Screening ihrer Expression. Dabei wird mit proteomischen Assays die Gesamtheit der Proteine, die von einem Organismus exprimiert werden, untersucht. Bei vielen Erkrankungen verändert sich jedoch die Funktion der Proteine, die eng mit der Struktur verbunden ist, ohne dass sich die Expression verändert. Das EU-finanzierte Projekt Proteomes-in-3D testet eine neuartige Methode zur Messung veränderter Strukturen im gesamten Proteom eines Organismus. So soll festgestellt werden, ob sie mit komplexen Phänotypen in Zusammenhang stehen. Das Projektteam konzentriert sich auf Proteinaggregate oder Superansammlungen, da es annimmt, dass diese an Vorgängen im normalen und im erkrankten Zustand beteiligt sind. Darüber hinaus wird es aus Daten, die im Rahmen des Projekts generiert werden, einen Atlas über die strukturelle Proteomdynamik erstellen, um eine solide Grundlage für künftige Studien des strukturellen Proteoms bereitzustellen.

Ziel

Protein expression screens are routinely used to identify biological processes deregulated upon disease development or upon specific cellular perturbations. Generating molecular hypotheses from these omic data remains challenging, however, and many molecular events that modulate protein function do not involve altered protein levels. With this project, I propose a new paradigm. I propose that by measuring altered structures of proteins on a global scale, we can capture altered functional states of proteins and proteomes. I propose that the new approach will support the generation of testable molecular hypotheses from global data and the development of new frameworks for the modelling of biological systems.

Building on a unique mass spectrometric approach my lab developed, which captures protein structural changes on a proteome-wide scale, we will assess the performance of the global structural readout at analyzing complex phenotypes. We will apply it to a biomedical problem of interest to my lab: the functional and pathological implications of protein aggregates or superassemblies (SAs).

Protein aggregates form not only during disease but also under physiological conditions. These structures regulate important normal processes and contribute to cellular architecture. Using the new structural approach, we will identify and characterize networks of novel functional SAs in E. coli, mouse, and human proteomes. We will assess how genomic variation, environment and age modulate protein structures and SA assembly and how SAs are linked to phenotypes. Last, we will translate our approach to a clinical setting and ask whether altered protein structures can serve as biomarkers of disease, specifically Parkinsons disease and how SAs underlie Parkinsons subtypes. We will collect the wealth of dynamic structural data generated through this project into an Atlas of Structural Proteome Dynamics and use the data to shed new light on features of the structural proteome.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.

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Schlüsselbegriffe

Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).

Programm/Programme

Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.

Thema/Themen

Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.

Finanzierungsplan

Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.

ERC-COG - Consolidator Grant

Alle im Rahmen dieses Finanzierungsinstruments finanzierten Projekte anzeigen

Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.

(öffnet in neuem Fenster) ERC-2019-COG

Alle im Rahmen dieser Aufforderung zur Einreichung von Vorschlägen finanzierten Projekte anzeigen

Gastgebende Einrichtung

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Netto-EU-Beitrag

Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.

€ 2 000 000,00
Adresse
Raemistrasse 101
8092 Zuerich
Schweiz

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Region
Schweiz/Suisse/Svizzera Zürich Zürich
Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Links
Gesamtkosten

Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.

€ 2 000 000,00

Begünstigte (1)

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