Cross-omics integration to identify modulators for improving vaccine efficacy

Informations projet

ModVaccine

N° de convention de subvention: 948207

DOI

10.3030/948207

Date de signature de la CE 14 Decembre 2020

Date de début 1 Janvier 2021

Date de fin 31 Decembre 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 499 871,00

Contribution de l’UE

€ 1 499 871,00

Coordonné par

HELMHOLTZ-ZENTRUM FUR INFEKTIONSFORSCHUNG GMBH
Germany

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Publications

Peer reviewed articles (21)

Immune memory in individuals with COVID-19

Auteurs: Netea M.G., Li Y.
Publié dans: Nature Cell Biology, 2021, ISSN 1465-7392
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-021-00689-8

Tan, I. L., Coutinho de Almeida, R., Modderman, R., Stachurska, A., Dekens, J., Barisani, D., Meijer, C. R., Roca, M., Martinez-Ojinaga, E., Shamir, R., Auricchio, R., Korponay-Szabó, I. R., Castillejo, G., Szajewska, H., Koletzko, S., Zhernakova, A., Kumar, V., Li, Y., Visschedijk, M. C., Weersma, R. K., Withoff, S.

Auteurs: Circulating miRNAs as Potential Biomarkers for Celiac Disease Development.
Publié dans: Frontiers in immunology, 2021, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fimmu.2021.734763

Severe COVID-19 Is Marked by a Dysregulated Myeloid Cell Compartment

Auteurs: Schulte-Schrepping J, Reusch N, Paclik D, Baßler K, Schlickeiser S, Zhang B, Krämer B, Krammer T, Brumhard S, Bonaguro L, De Domenico E, Wendisch D, Grasshoff M, Kapellos TS, Beckstette M, Pecht T, Saglam A, Dietrich O, Mei HE, Schulz AR, Conrad C, Kunkel D, Vafadarnejad E, Xu CJ, Horne A, Herbert M, Drews A, Thibeault C, Pfeiffer M, Hippenstiel S, Hocke A, Müller-Redetzky H, Heim KM, Machleidt
Publié dans: Cell, 2020, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2020.08.001

Multi-Omics Integration Reveals Only Minor Long-Term Molecular and Functional Sequelae in Immune Cells of Individuals Recovered From COVID-19

Auteurs: Liu, Z., Kilic, G., Li, W., Bulut, O., Gupta, M.K., Zhang, B., Qi, C., Peng, H., Tsay, H.-C., Soon, C. F., Mekonnen, Y.A., van der Made, C. I., van Cranenbroek, B., Koenen, H. J. P. M., Simonetti, E., Diavatopoulos, D., de Jonge, M. I., Müller, L., Schaal, H., Ostermann, P. N., Cornberg, M., Eiz-Vesper, B., van de Veerdonk, F., van Crevel, R., Joosten, L A. B., Domínguez-Andrés, J., Xu, C.-J.,
Publié dans: Frontiers in Immunology, 2022, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fimmu.2022.838132

A single-cell view on host immune transcriptional response to in vivo BCG-induced trained immunity

Auteurs: Li, W., Moorlag, S., Koeken, V.C.A.M., Röring, R.J., L de Bree, C., Mourits, V.P., Gupta, M.K., Zhang, B., Fu, J., Zhang, Z., Grondman, I., van Meijgaarden, K.E., Zhou, L., Alaswad, A., Joosten, L.A.B., van Crevel, R., Xu, C.-J., Netea, M.G., Li, Y.
Publié dans: Cell reports, 2023, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112487

Integration of metabolomics, genomics, and immune phenotypes reveals the causal roles of metabolites in disease

Auteurs: Xiaojing Chu; Xiaojing Chu; Martin Jaeger; Joep Beumer; Olivier B. Bakker; Raul Aguirre-Gamboa; Marije Oosting; Sanne P. Smeekens; Simone J.C.F.M. Moorlag; Vera P. Mourits; Valerie A. C. M. Koeken; Valerie A. C. M. Koeken; Charlotte de Bree; Trees Jansen; Ian T. Mathews; Ian T. Mathews; Khoi Dao; Mahan Najhawan; Jeramie D. Watrous; Irma Joosten; Sonia Sharma; Hans J. P. M. Koenen; Sebo Withoff; Ir
Publié dans: Genome Biology, Numéro 3, 2021, ISSN 1474-760X
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-021-02413-z

Differences in Immune Responses in Individuals of Indian and European Origin: Relevance for the COVID-19 Pandemic

Auteurs: Geckin, B., Zoodsma, M., Kilic, G., Debisarun, P.A., Rakshit, S., Adiga, V., Ahmed, A., Parthiban, C., Chetan Kumar, N., D’Souza, G., Baltissen, M.P., Martens, J.H.A., Domínguez-Andrés, J., Li, Y., Vyakarnam, A., Netea, M.G
Publié dans: Microbiology Spectrum, 2023, ISSN 2165-0497
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/spectrum.00231-23

IRF7 and RNH1 are modifying factors of HIV-1 reservoirs: a genome-wide association analysis.

Auteurs: Zhenhua Zhang; Wim Trypsteen; Marc Blaauw; Xiaojing Chu; Xiaojing Chu; Sofie Rutsaert; Linos Vandekerckhove; Wouter A. van der Heijden; Jéssica Cristina dos Santos; Cheng-Jian Xu; Morris A. Swertz; André J. A. M. van der Ven; Yang Li
Publié dans: BMC Medicine, Numéro 3, 2021, ISSN 1741-7015
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12916-021-02156-5

Multi-Omics Approaches in Immunological Research

Auteurs: Chu, X., Zhang, B., Koeken, V., Gupta, M.K., Li, Y.
Publié dans: Frontiers in immunology, 2022, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fimmu.2021.668045

Evolutionary Trajectories of Complex Traits in European Populations of Modern Humans

Auteurs: Yunus Kuijpers; Jorge Domínguez-Andrés; Olivier B. Bakker; Manoj Kumar Gupta; Martin Grasshoff; Cheng-Jian Xu; Leo A.B. Joosten; Jaume Bertranpetit; Mihai G. Netea; Yang Li
Publié dans: Frontiers in Genetics, Numéro 3, 2022, ISSN 1664-8021
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2022.833190

Plasma metabolome predicts trained immunity responses after antituberculosis BCG vaccination

Auteurs: Koeken, V.A.C.M., Qi, C., Mourits, V.P., de Bree, L.C.J., Moorlag, S.J.C.F.M., Sonawane, V., Heidi Lemmers, Dijkstra, H., Joosten, L.A.B., van Laarhoven, A., Xu, C.-J., van Crevel, R., Netea, M.G., Li, Y
Publié dans: PLoS Biology, 2022, ISSN 1544-9173
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001765

The role of DNA methylation in personalized medicine for immune-related diseases

Auteurs: Gupta, M.K., Peng, H., Li, Y., Xu, C.-J.
Publié dans: Pharmacology & Therapeutics, 2023, ISSN 0163-7258
Éditeur: Pergamon Press
DOI: 10.1016/j.pharmthera.2023.108508

The Genetic Risk for COVID-19 Severity Is Associated With Defective Immune Responses

Auteurs: Kuijpers, Y., Chu, X., Jaeger, M., Moorlag, S.J.C.F.M., Koeken, V.A.C.M., Zhang, B., de Nooijer, A., Grondman, I., Gupta, M.K., Janssen, N., Mourits, V.P., de Bree, L.C.J., de Mast, Q., van de Veerdonk, F.L., Joosten, L.A.B., L,i Y., Netea, M.G., Xu, C.J.
Publié dans: Frontiers in Immunology, 2022, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fimmu.2022.859387

Evolution of cytokine production capacity in ancient and modern European populations

Auteurs: Jorge Domínguez-Andrés; Yunus Kuijpers; Olivier B. Bakker; Martin Jaeger; Cheng-Jian Xu; Cheng-Jian Xu; Jos W. M. van der Meer; Mattias Jakobsson; Mattias Jakobsson; Jaume Bertranpetit; Leo A. B. Joosten; Yang Li; Mihai G. Netea; Mihai G. Netea
Publié dans: eLife, Numéro 4, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.1101/2021.01.14.426690

Resolving trained immunity with systems biology

Auteurs: Valerie A. C. M. Koeken; Valerie A. C. M. Koeken; Reinout van Crevel; Mihai G. Netea; Mihai G. Netea; Yang Li; Yang Li
Publié dans: European Journal of Immunology, Numéro 3, 2021, ISSN 0014-2980
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/eji.202048882

A genome-wide functional genomics approach uncovers genetic determinants of immune phenotypes in type 1 diabetes

Auteurs: "Chu, X., Janssen, A.W.M., Koenen, H., Chang, L., He, X., Joosten, I., Stienstra, R., Kuijpers, Y., Wijmenga, C., Xu, C.- J., Netea, M.G, Tack, C.J., Li, Y.#"
Publié dans: eLife, 2022, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.73709

Single-cell RNA sequencing reveals induction of distinct trained immunity programs in human monocytes.

Auteurs: "Zhang, B., Moorlag, S., Domínguez-Andrés, J., Bulut, Ö., Kilic, G., Liu, Z., van Crevel, R., Xu,C.-J., Joosten, L.A.B., Netea, M.G.#, Li, Y.#"
Publié dans: Journal of Clinical investigation, 2022, ISSN 0021-9738
Éditeur: American Society for Clinical Investigation
DOI: 10.1172/jci147719

Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Mononuclear Cells From Pediatric Coeliac Disease Patients Suggests Potential Pre-Seroconversion Markers

Auteurs: Aarón D. Ramírez-Sánchez; Xiaojing Chu; Rutger Modderman; Yvonne Kooy-Winkelaar; Sibylle Koletzko; Ilma R. Korponay-Szabó; Riccardo Troncone; Cisca Wijmenga; Luisa Mearin; Sebo Withoff; Iris H. Jonkers; Yang Li
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 2, 2022, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fimmu.2022.843086

Induction of trained immunity by influenza vaccination - impact on COVID-19.

Auteurs: Priya A. Debisarun; Katharina L. Gössling; Ozlem Bulut; Gizem Kilic; Martijn Zoodsma; Zhaoli Liu; Marina Oldenburg; Nadine Rüchel; Bowen Zhang; Cheng-Jian Xu; Cheng-Jian Xu; Patrick Struycken; Valerie A. C. M. Koeken; Valerie A. C. M. Koeken; Jorge Domínguez-Andrés; Simone J.C.F.M. Moorlag; Esther Taks; Philipp Niklas Ostermann; Lisa Müller; Heiner Schaal; Ortwin Adams; Arndt Borkhardt; Jaap
Publié dans: Plos Pathogens, Numéro 3, 2021, ISSN 1553-7366
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.ppat.1009928

Altered and allele-specific open chromatin landscape reveals epigenetic and genetic regulators of innate immunity in COVID-19

Auteurs: Zhang, B., Zhang, Z., Koeken, V.A.C.M., Kumar, S., Aillaud, M., Tsay, H.-C., Liu, Z., Kraft, A.R.M., Soon, C.F., Odak, I., Bošnjak, B., Vlot, A., Deutsche COVID-19 OMICS Initiative (DeCOI), Swertz, M.A., Ohler, U., Geffers, R., Illig, T., Huehn, J., Saliba, A.E., Sander, L.E., Förster, R., Xu, C.-J., Cornberg, M., Schulte, L.N., Li, Y
Publié dans: Cell Genomics, 2023, ISSN 2666-979X
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xgen.2022.100232

Metabolomics meets systems immunology

Auteurs: Fu, J., Zhu, F., Xu, C.-J., Li, Y
Publié dans: EMBO Reports, 2023, ISSN 1469-221X
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.202255747