Cross-omics integration to identify modulators for improving vaccine efficacy

Projektinformationen

ModVaccine

ID Finanzhilfevereinbarung: 948207

DOI

10.3030/948207

EK-Unterschriftsdatum 14 Dezember 2020

Startdatum 1 Januar 2021

Enddatum 31 Dezember 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 499 871,00

EU-Beitrag

€ 1 499 871,00

Koordiniert durch

HELMHOLTZ-ZENTRUM FUR INFEKTIONSFORSCHUNG GMBH
Germany

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (21)

Immune memory in individuals with COVID-19

Autoren: Netea M.G., Li Y.
Veröffentlicht in: Nature Cell Biology, 2021, ISSN 1465-7392
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-021-00689-8

Tan, I. L., Coutinho de Almeida, R., Modderman, R., Stachurska, A., Dekens, J., Barisani, D., Meijer, C. R., Roca, M., Martinez-Ojinaga, E., Shamir, R., Auricchio, R., Korponay-Szabó, I. R., Castillejo, G., Szajewska, H., Koletzko, S., Zhernakova, A., Kumar, V., Li, Y., Visschedijk, M. C., Weersma, R. K., Withoff, S.

Autoren: Circulating miRNAs as Potential Biomarkers for Celiac Disease Development.
Veröffentlicht in: Frontiers in immunology, 2021, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fimmu.2021.734763

Severe COVID-19 Is Marked by a Dysregulated Myeloid Cell Compartment

Autoren: Schulte-Schrepping J, Reusch N, Paclik D, Baßler K, Schlickeiser S, Zhang B, Krämer B, Krammer T, Brumhard S, Bonaguro L, De Domenico E, Wendisch D, Grasshoff M, Kapellos TS, Beckstette M, Pecht T, Saglam A, Dietrich O, Mei HE, Schulz AR, Conrad C, Kunkel D, Vafadarnejad E, Xu CJ, Horne A, Herbert M, Drews A, Thibeault C, Pfeiffer M, Hippenstiel S, Hocke A, Müller-Redetzky H, Heim KM, Machleidt
Veröffentlicht in: Cell, 2020, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2020.08.001

Multi-Omics Integration Reveals Only Minor Long-Term Molecular and Functional Sequelae in Immune Cells of Individuals Recovered From COVID-19

Autoren: Liu, Z., Kilic, G., Li, W., Bulut, O., Gupta, M.K., Zhang, B., Qi, C., Peng, H., Tsay, H.-C., Soon, C. F., Mekonnen, Y.A., van der Made, C. I., van Cranenbroek, B., Koenen, H. J. P. M., Simonetti, E., Diavatopoulos, D., de Jonge, M. I., Müller, L., Schaal, H., Ostermann, P. N., Cornberg, M., Eiz-Vesper, B., van de Veerdonk, F., van Crevel, R., Joosten, L A. B., Domínguez-Andrés, J., Xu, C.-J.,
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, 2022, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fimmu.2022.838132

A single-cell view on host immune transcriptional response to in vivo BCG-induced trained immunity

Autoren: Li, W., Moorlag, S., Koeken, V.C.A.M., Röring, R.J., L de Bree, C., Mourits, V.P., Gupta, M.K., Zhang, B., Fu, J., Zhang, Z., Grondman, I., van Meijgaarden, K.E., Zhou, L., Alaswad, A., Joosten, L.A.B., van Crevel, R., Xu, C.-J., Netea, M.G., Li, Y.
Veröffentlicht in: Cell reports, 2023, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112487

Integration of metabolomics, genomics, and immune phenotypes reveals the causal roles of metabolites in disease

Autoren: Xiaojing Chu; Xiaojing Chu; Martin Jaeger; Joep Beumer; Olivier B. Bakker; Raul Aguirre-Gamboa; Marije Oosting; Sanne P. Smeekens; Simone J.C.F.M. Moorlag; Vera P. Mourits; Valerie A. C. M. Koeken; Valerie A. C. M. Koeken; Charlotte de Bree; Trees Jansen; Ian T. Mathews; Ian T. Mathews; Khoi Dao; Mahan Najhawan; Jeramie D. Watrous; Irma Joosten; Sonia Sharma; Hans J. P. M. Koenen; Sebo Withoff; Ir
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 3, 2021, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-021-02413-z

Differences in Immune Responses in Individuals of Indian and European Origin: Relevance for the COVID-19 Pandemic

Autoren: Geckin, B., Zoodsma, M., Kilic, G., Debisarun, P.A., Rakshit, S., Adiga, V., Ahmed, A., Parthiban, C., Chetan Kumar, N., D’Souza, G., Baltissen, M.P., Martens, J.H.A., Domínguez-Andrés, J., Li, Y., Vyakarnam, A., Netea, M.G
Veröffentlicht in: Microbiology Spectrum, 2023, ISSN 2165-0497
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/spectrum.00231-23

IRF7 and RNH1 are modifying factors of HIV-1 reservoirs: a genome-wide association analysis.

Autoren: Zhenhua Zhang; Wim Trypsteen; Marc Blaauw; Xiaojing Chu; Xiaojing Chu; Sofie Rutsaert; Linos Vandekerckhove; Wouter A. van der Heijden; Jéssica Cristina dos Santos; Cheng-Jian Xu; Morris A. Swertz; André J. A. M. van der Ven; Yang Li
Veröffentlicht in: BMC Medicine, Ausgabe 3, 2021, ISSN 1741-7015
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12916-021-02156-5

Multi-Omics Approaches in Immunological Research

Autoren: Chu, X., Zhang, B., Koeken, V., Gupta, M.K., Li, Y.
Veröffentlicht in: Frontiers in immunology, 2022, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fimmu.2021.668045

Evolutionary Trajectories of Complex Traits in European Populations of Modern Humans

Autoren: Yunus Kuijpers; Jorge Domínguez-Andrés; Olivier B. Bakker; Manoj Kumar Gupta; Martin Grasshoff; Cheng-Jian Xu; Leo A.B. Joosten; Jaume Bertranpetit; Mihai G. Netea; Yang Li
Veröffentlicht in: Frontiers in Genetics, Ausgabe 3, 2022, ISSN 1664-8021
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2022.833190

Plasma metabolome predicts trained immunity responses after antituberculosis BCG vaccination

Autoren: Koeken, V.A.C.M., Qi, C., Mourits, V.P., de Bree, L.C.J., Moorlag, S.J.C.F.M., Sonawane, V., Heidi Lemmers, Dijkstra, H., Joosten, L.A.B., van Laarhoven, A., Xu, C.-J., van Crevel, R., Netea, M.G., Li, Y
Veröffentlicht in: PLoS Biology, 2022, ISSN 1544-9173
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001765

The role of DNA methylation in personalized medicine for immune-related diseases

Autoren: Gupta, M.K., Peng, H., Li, Y., Xu, C.-J.
Veröffentlicht in: Pharmacology & Therapeutics, 2023, ISSN 0163-7258
Herausgeber: Pergamon Press
DOI: 10.1016/j.pharmthera.2023.108508

The Genetic Risk for COVID-19 Severity Is Associated With Defective Immune Responses

Autoren: Kuijpers, Y., Chu, X., Jaeger, M., Moorlag, S.J.C.F.M., Koeken, V.A.C.M., Zhang, B., de Nooijer, A., Grondman, I., Gupta, M.K., Janssen, N., Mourits, V.P., de Bree, L.C.J., de Mast, Q., van de Veerdonk, F.L., Joosten, L.A.B., L,i Y., Netea, M.G., Xu, C.J.
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, 2022, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fimmu.2022.859387

Evolution of cytokine production capacity in ancient and modern European populations

Autoren: Jorge Domínguez-Andrés; Yunus Kuijpers; Olivier B. Bakker; Martin Jaeger; Cheng-Jian Xu; Cheng-Jian Xu; Jos W. M. van der Meer; Mattias Jakobsson; Mattias Jakobsson; Jaume Bertranpetit; Leo A. B. Joosten; Yang Li; Mihai G. Netea; Mihai G. Netea
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 4, 2021, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.1101/2021.01.14.426690

Resolving trained immunity with systems biology

Autoren: Valerie A. C. M. Koeken; Valerie A. C. M. Koeken; Reinout van Crevel; Mihai G. Netea; Mihai G. Netea; Yang Li; Yang Li
Veröffentlicht in: European Journal of Immunology, Ausgabe 3, 2021, ISSN 0014-2980
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/eji.202048882

A genome-wide functional genomics approach uncovers genetic determinants of immune phenotypes in type 1 diabetes

Autoren: "Chu, X., Janssen, A.W.M., Koenen, H., Chang, L., He, X., Joosten, I., Stienstra, R., Kuijpers, Y., Wijmenga, C., Xu, C.- J., Netea, M.G, Tack, C.J., Li, Y.#"
Veröffentlicht in: eLife, 2022, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.73709

Single-cell RNA sequencing reveals induction of distinct trained immunity programs in human monocytes.

Autoren: "Zhang, B., Moorlag, S., Domínguez-Andrés, J., Bulut, Ö., Kilic, G., Liu, Z., van Crevel, R., Xu,C.-J., Joosten, L.A.B., Netea, M.G.#, Li, Y.#"
Veröffentlicht in: Journal of Clinical investigation, 2022, ISSN 0021-9738
Herausgeber: American Society for Clinical Investigation
DOI: 10.1172/jci147719

Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Mononuclear Cells From Pediatric Coeliac Disease Patients Suggests Potential Pre-Seroconversion Markers

Autoren: Aarón D. Ramírez-Sánchez; Xiaojing Chu; Rutger Modderman; Yvonne Kooy-Winkelaar; Sibylle Koletzko; Ilma R. Korponay-Szabó; Riccardo Troncone; Cisca Wijmenga; Luisa Mearin; Sebo Withoff; Iris H. Jonkers; Yang Li
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, Ausgabe 2, 2022, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fimmu.2022.843086

Induction of trained immunity by influenza vaccination - impact on COVID-19.

Autoren: Priya A. Debisarun; Katharina L. Gössling; Ozlem Bulut; Gizem Kilic; Martijn Zoodsma; Zhaoli Liu; Marina Oldenburg; Nadine Rüchel; Bowen Zhang; Cheng-Jian Xu; Cheng-Jian Xu; Patrick Struycken; Valerie A. C. M. Koeken; Valerie A. C. M. Koeken; Jorge Domínguez-Andrés; Simone J.C.F.M. Moorlag; Esther Taks; Philipp Niklas Ostermann; Lisa Müller; Heiner Schaal; Ortwin Adams; Arndt Borkhardt; Jaap
Veröffentlicht in: Plos Pathogens, Ausgabe 3, 2021, ISSN 1553-7366
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.ppat.1009928

Altered and allele-specific open chromatin landscape reveals epigenetic and genetic regulators of innate immunity in COVID-19

Autoren: Zhang, B., Zhang, Z., Koeken, V.A.C.M., Kumar, S., Aillaud, M., Tsay, H.-C., Liu, Z., Kraft, A.R.M., Soon, C.F., Odak, I., Bošnjak, B., Vlot, A., Deutsche COVID-19 OMICS Initiative (DeCOI), Swertz, M.A., Ohler, U., Geffers, R., Illig, T., Huehn, J., Saliba, A.E., Sander, L.E., Förster, R., Xu, C.-J., Cornberg, M., Schulte, L.N., Li, Y
Veröffentlicht in: Cell Genomics, 2023, ISSN 2666-979X
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xgen.2022.100232

Metabolomics meets systems immunology

Autoren: Fu, J., Zhu, F., Xu, C.-J., Li, Y
Veröffentlicht in: EMBO Reports, 2023, ISSN 1469-221X
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.202255747