Cross-omics integration to identify modulators for improving vaccine efficacy

Informacje na temat projektu

ModVaccine

Identyfikator umowy o grant: 948207

DOI

10.3030/948207

Data podpisania przez KE 14 Grudnia 2020

Data rozpoczęcia 1 Stycznia 2021

Data zakończenia 31 Grudnia 2025

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 499 871,00

Wkład UE

€ 1 499 871,00

Koordynowany przez

HELMHOLTZ-ZENTRUM FUR INFEKTIONSFORSCHUNG GMBH
Germany

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (21)

Immune memory in individuals with COVID-19

Autorzy: Netea M.G., Li Y.
Opublikowane w: Nature Cell Biology, 2021, ISSN 1465-7392
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-021-00689-8

Tan, I. L., Coutinho de Almeida, R., Modderman, R., Stachurska, A., Dekens, J., Barisani, D., Meijer, C. R., Roca, M., Martinez-Ojinaga, E., Shamir, R., Auricchio, R., Korponay-Szabó, I. R., Castillejo, G., Szajewska, H., Koletzko, S., Zhernakova, A., Kumar, V., Li, Y., Visschedijk, M. C., Weersma, R. K., Withoff, S.

Autorzy: Circulating miRNAs as Potential Biomarkers for Celiac Disease Development.
Opublikowane w: Frontiers in immunology, 2021, ISSN 1664-3224
Wydawca: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fimmu.2021.734763

Severe COVID-19 Is Marked by a Dysregulated Myeloid Cell Compartment

Autorzy: Schulte-Schrepping J, Reusch N, Paclik D, Baßler K, Schlickeiser S, Zhang B, Krämer B, Krammer T, Brumhard S, Bonaguro L, De Domenico E, Wendisch D, Grasshoff M, Kapellos TS, Beckstette M, Pecht T, Saglam A, Dietrich O, Mei HE, Schulz AR, Conrad C, Kunkel D, Vafadarnejad E, Xu CJ, Horne A, Herbert M, Drews A, Thibeault C, Pfeiffer M, Hippenstiel S, Hocke A, Müller-Redetzky H, Heim KM, Machleidt
Opublikowane w: Cell, 2020, ISSN 0092-8674
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2020.08.001

Multi-Omics Integration Reveals Only Minor Long-Term Molecular and Functional Sequelae in Immune Cells of Individuals Recovered From COVID-19

Autorzy: Liu, Z., Kilic, G., Li, W., Bulut, O., Gupta, M.K., Zhang, B., Qi, C., Peng, H., Tsay, H.-C., Soon, C. F., Mekonnen, Y.A., van der Made, C. I., van Cranenbroek, B., Koenen, H. J. P. M., Simonetti, E., Diavatopoulos, D., de Jonge, M. I., Müller, L., Schaal, H., Ostermann, P. N., Cornberg, M., Eiz-Vesper, B., van de Veerdonk, F., van Crevel, R., Joosten, L A. B., Domínguez-Andrés, J., Xu, C.-J.,
Opublikowane w: Frontiers in Immunology, 2022, ISSN 1664-3224
Wydawca: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fimmu.2022.838132

A single-cell view on host immune transcriptional response to in vivo BCG-induced trained immunity

Autorzy: Li, W., Moorlag, S., Koeken, V.C.A.M., Röring, R.J., L de Bree, C., Mourits, V.P., Gupta, M.K., Zhang, B., Fu, J., Zhang, Z., Grondman, I., van Meijgaarden, K.E., Zhou, L., Alaswad, A., Joosten, L.A.B., van Crevel, R., Xu, C.-J., Netea, M.G., Li, Y.
Opublikowane w: Cell reports, 2023, ISSN 2211-1247
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112487

Integration of metabolomics, genomics, and immune phenotypes reveals the causal roles of metabolites in disease

Autorzy: Xiaojing Chu; Xiaojing Chu; Martin Jaeger; Joep Beumer; Olivier B. Bakker; Raul Aguirre-Gamboa; Marije Oosting; Sanne P. Smeekens; Simone J.C.F.M. Moorlag; Vera P. Mourits; Valerie A. C. M. Koeken; Valerie A. C. M. Koeken; Charlotte de Bree; Trees Jansen; Ian T. Mathews; Ian T. Mathews; Khoi Dao; Mahan Najhawan; Jeramie D. Watrous; Irma Joosten; Sonia Sharma; Hans J. P. M. Koenen; Sebo Withoff; Ir
Opublikowane w: Genome Biology, Numer 3, 2021, ISSN 1474-760X
Wydawca: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-021-02413-z

Differences in Immune Responses in Individuals of Indian and European Origin: Relevance for the COVID-19 Pandemic

Autorzy: Geckin, B., Zoodsma, M., Kilic, G., Debisarun, P.A., Rakshit, S., Adiga, V., Ahmed, A., Parthiban, C., Chetan Kumar, N., D’Souza, G., Baltissen, M.P., Martens, J.H.A., Domínguez-Andrés, J., Li, Y., Vyakarnam, A., Netea, M.G
Opublikowane w: Microbiology Spectrum, 2023, ISSN 2165-0497
Wydawca: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/spectrum.00231-23

IRF7 and RNH1 are modifying factors of HIV-1 reservoirs: a genome-wide association analysis.

Autorzy: Zhenhua Zhang; Wim Trypsteen; Marc Blaauw; Xiaojing Chu; Xiaojing Chu; Sofie Rutsaert; Linos Vandekerckhove; Wouter A. van der Heijden; Jéssica Cristina dos Santos; Cheng-Jian Xu; Morris A. Swertz; André J. A. M. van der Ven; Yang Li
Opublikowane w: BMC Medicine, Numer 3, 2021, ISSN 1741-7015
Wydawca: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12916-021-02156-5

Multi-Omics Approaches in Immunological Research

Autorzy: Chu, X., Zhang, B., Koeken, V., Gupta, M.K., Li, Y.
Opublikowane w: Frontiers in immunology, 2022, ISSN 1664-3224
Wydawca: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fimmu.2021.668045

Evolutionary Trajectories of Complex Traits in European Populations of Modern Humans

Autorzy: Yunus Kuijpers; Jorge Domínguez-Andrés; Olivier B. Bakker; Manoj Kumar Gupta; Martin Grasshoff; Cheng-Jian Xu; Leo A.B. Joosten; Jaume Bertranpetit; Mihai G. Netea; Yang Li
Opublikowane w: Frontiers in Genetics, Numer 3, 2022, ISSN 1664-8021
Wydawca: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2022.833190

Plasma metabolome predicts trained immunity responses after antituberculosis BCG vaccination

Autorzy: Koeken, V.A.C.M., Qi, C., Mourits, V.P., de Bree, L.C.J., Moorlag, S.J.C.F.M., Sonawane, V., Heidi Lemmers, Dijkstra, H., Joosten, L.A.B., van Laarhoven, A., Xu, C.-J., van Crevel, R., Netea, M.G., Li, Y
Opublikowane w: PLoS Biology, 2022, ISSN 1544-9173
Wydawca: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001765

The role of DNA methylation in personalized medicine for immune-related diseases

Autorzy: Gupta, M.K., Peng, H., Li, Y., Xu, C.-J.
Opublikowane w: Pharmacology & Therapeutics, 2023, ISSN 0163-7258
Wydawca: Pergamon Press
DOI: 10.1016/j.pharmthera.2023.108508

The Genetic Risk for COVID-19 Severity Is Associated With Defective Immune Responses

Autorzy: Kuijpers, Y., Chu, X., Jaeger, M., Moorlag, S.J.C.F.M., Koeken, V.A.C.M., Zhang, B., de Nooijer, A., Grondman, I., Gupta, M.K., Janssen, N., Mourits, V.P., de Bree, L.C.J., de Mast, Q., van de Veerdonk, F.L., Joosten, L.A.B., L,i Y., Netea, M.G., Xu, C.J.
Opublikowane w: Frontiers in Immunology, 2022, ISSN 1664-3224
Wydawca: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fimmu.2022.859387

Evolution of cytokine production capacity in ancient and modern European populations

Autorzy: Jorge Domínguez-Andrés; Yunus Kuijpers; Olivier B. Bakker; Martin Jaeger; Cheng-Jian Xu; Cheng-Jian Xu; Jos W. M. van der Meer; Mattias Jakobsson; Mattias Jakobsson; Jaume Bertranpetit; Leo A. B. Joosten; Yang Li; Mihai G. Netea; Mihai G. Netea
Opublikowane w: eLife, Numer 4, 2021, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.1101/2021.01.14.426690

Resolving trained immunity with systems biology

Autorzy: Valerie A. C. M. Koeken; Valerie A. C. M. Koeken; Reinout van Crevel; Mihai G. Netea; Mihai G. Netea; Yang Li; Yang Li
Opublikowane w: European Journal of Immunology, Numer 3, 2021, ISSN 0014-2980
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/eji.202048882

A genome-wide functional genomics approach uncovers genetic determinants of immune phenotypes in type 1 diabetes

Autorzy: "Chu, X., Janssen, A.W.M., Koenen, H., Chang, L., He, X., Joosten, I., Stienstra, R., Kuijpers, Y., Wijmenga, C., Xu, C.- J., Netea, M.G, Tack, C.J., Li, Y.#"
Opublikowane w: eLife, 2022, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.73709

Single-cell RNA sequencing reveals induction of distinct trained immunity programs in human monocytes.

Autorzy: "Zhang, B., Moorlag, S., Domínguez-Andrés, J., Bulut, Ö., Kilic, G., Liu, Z., van Crevel, R., Xu,C.-J., Joosten, L.A.B., Netea, M.G.#, Li, Y.#"
Opublikowane w: Journal of Clinical investigation, 2022, ISSN 0021-9738
Wydawca: American Society for Clinical Investigation
DOI: 10.1172/jci147719

Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Mononuclear Cells From Pediatric Coeliac Disease Patients Suggests Potential Pre-Seroconversion Markers

Autorzy: Aarón D. Ramírez-Sánchez; Xiaojing Chu; Rutger Modderman; Yvonne Kooy-Winkelaar; Sibylle Koletzko; Ilma R. Korponay-Szabó; Riccardo Troncone; Cisca Wijmenga; Luisa Mearin; Sebo Withoff; Iris H. Jonkers; Yang Li
Opublikowane w: Frontiers in Immunology, Numer 2, 2022, ISSN 1664-3224
Wydawca: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fimmu.2022.843086

Induction of trained immunity by influenza vaccination - impact on COVID-19.

Autorzy: Priya A. Debisarun; Katharina L. Gössling; Ozlem Bulut; Gizem Kilic; Martijn Zoodsma; Zhaoli Liu; Marina Oldenburg; Nadine Rüchel; Bowen Zhang; Cheng-Jian Xu; Cheng-Jian Xu; Patrick Struycken; Valerie A. C. M. Koeken; Valerie A. C. M. Koeken; Jorge Domínguez-Andrés; Simone J.C.F.M. Moorlag; Esther Taks; Philipp Niklas Ostermann; Lisa Müller; Heiner Schaal; Ortwin Adams; Arndt Borkhardt; Jaap
Opublikowane w: Plos Pathogens, Numer 3, 2021, ISSN 1553-7366
Wydawca: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.ppat.1009928

Altered and allele-specific open chromatin landscape reveals epigenetic and genetic regulators of innate immunity in COVID-19

Autorzy: Zhang, B., Zhang, Z., Koeken, V.A.C.M., Kumar, S., Aillaud, M., Tsay, H.-C., Liu, Z., Kraft, A.R.M., Soon, C.F., Odak, I., Bošnjak, B., Vlot, A., Deutsche COVID-19 OMICS Initiative (DeCOI), Swertz, M.A., Ohler, U., Geffers, R., Illig, T., Huehn, J., Saliba, A.E., Sander, L.E., Förster, R., Xu, C.-J., Cornberg, M., Schulte, L.N., Li, Y
Opublikowane w: Cell Genomics, 2023, ISSN 2666-979X
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xgen.2022.100232

Metabolomics meets systems immunology

Autorzy: Fu, J., Zhu, F., Xu, C.-J., Li, Y
Opublikowane w: EMBO Reports, 2023, ISSN 1469-221X
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.202255747