Projektbeschreibung
Hochdurchsatz-Bildgebung von Proteinen mit Nanobodies
Bei der konventionellen Detektion von Proteinen anhand von Bildgebung kommen Fluorophore oder Antikörper zum Einsatz, die auf einzelne Proteine gerichtet werden. Doch diese Methodologie lässt sich nicht hochskalieren und nicht in einem Omik-Aufbau mit hohem Durchsatz anwenden. Das EU-finanzierte Projekt IMAGEOMICS will dieses Hindernis beseitigen und Affinitätssonden einsetzen, die sich an bestimmte Peptidsequenzen in mehr als einem Protein binden. Das Forschungsteam wird Nanobodies entwickeln, die an solche Peptide binden und so als Markierung für biologische Proben dienen. Die IMAGEOMICS-Strategie wird Informationen über das gesamte Proteom von Zellen und Geweben liefern, sodass darauf aufbauend die Diagnostik für verschiedene Erkrankungen verbessert werden kann.
Ziel
The key principle of biological imaging is specific labeling. The protein of interest is revealed by tagging with fluorophores, either by genetic encoding, using green-fluorescent-protein (GFP) variants, or by affinity labeling, using antibodies. This procedure has been successful for several decades, but has the great disadvantage that each protein needs to be tagged individually: specific antibodies are needed for each and every protein. This limitation stops imaging from becoming a high-throughput “omics” approach. We propose to change this here, through an imageomics approach based on a combination of probe development and nanoscale imaging. We will develop affinity probes that bind with high specificity not to specific proteins, but to amino acid sequences (peptides) that are present in more than one protein. We will choose 20-40 such peptides, in a fashion that ensures that virtually every protein in the human proteome contains a specific subset of the peptides. We will then develop nanobodies that bind to each of these peptides. We prefer nanobodies to antibodies, based on their small size and optimal penetration into biological samples. We will then use the nanobodies to label biological samples, and we will image them at the nanoscale, with a resolution that is sufficient to reveal single proteins. By applying the nanobodies in a combinatorial fashion, we will “read” the sequence of each protein in the preparation, which will result in an image of its whole proteome. We will start by applying this approach to 2-dimensional samples, such as fluids adsorbed to coverslips. This will lay the foundation for future diagnostic studies for a variety of human diseases, based on human fluids such as plasma or cerebrospinal fluid. In a later stage, we will proceed to analyze cells and tissues, by generating 3-dimensional proteomic images. This approach will make antibody-based imaging, blotting and diagnostics obsolete, and has therfore an immense potential.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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H2020-EU.1.2. - EXCELLENT SCIENCE - Future and Emerging Technologies (FET)
HAUPTPROGRAMM
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H2020-EU.1.2.1. - FET Open
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
RIA - Research and Innovation action
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) H2020-FETOPEN-2018-2020
Alle im Rahmen dieser Aufforderung zur Einreichung von Vorschlägen finanzierten Projekte anzeigenKoordinator
Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
37075 Goettingen
Deutschland
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.