Cel
Cytochrome P450 enzymes are hemoprotein monooxygenases that play a critical role in the synthesis and degradation of many physiologically important compounds and xenobiotics. They thus have considerable potential in the biotechnology industry where they may be of value for the large scale synthesis of drugs and other chemicals or as catalysts for the degradation of environmental pollutants. Essential for the exploitation of cytochrome P450 for such purposes is a thorough knowledge of the structural, energetic, dynamic and functional properties of the enzyme and its interactions with ligands such as substrates and inhibitors. The aim of this project is to provide a detailed understanding of these properties of cytochrome P450cam (P450). The research should thus provide a firm foundation for the exploitation of P450s as novel catalysts. The project is also designed to provide insights into the nature of protein-ligand interactions in general and to result in the development of new methods to study and design protein ligands.
Three main topics are under study in the project:
(i) Characterization of the energy landscape of P450 and the transition to the inactive P420 form. The P450-P420 transition was shown to involve an a-helix to b-sheet transition and result in significant changes in the active site structure and a P420 structure dependent on the means of inducing its formation.
(ii) Elucidation of the energetic and structural roles played by water molecules and ions in determining the protein structure and the binding and catalysis of ligands. Molecular dynamics simulation methods were used to compute free energies of hydrating interfacial cavities in the active site and the hydration occupancy of the substrate-free active site. The latter is consistent with the crystallographic assignment to model a disordered water cluster.
Coupling between the buried active site and the surface cation binding site (with weak preference for K+) was observed with mutual stabilization on binding of the natural substrate, 1R-camphor, and K+ ions respectively.
(iii) Elucidation of the mechanism of access, binding and catalysis of substrates in the active site of P450, and the design of ligands to bind to P450 and to be used as tools for probing the properties of P450. The importance of saltbridges mediated by D251 in controlling substrate access to the active site was shown in spectroscopic and photoacoustic measurements. Electrostatic calculations show these salt-links to be exceptionally stable.
Binding of a series of camphor analogues was characterized and the structure-based design of a substrate analogue was tested. A designed compound with higher affinity than 1R-camphor was obtained and found to bind in a similar position, displacing about as much water from the active site. It is a substrate which although with lower activity than camphor, demonstrates little uncoupling and surprisingly has a different mechanism from camphor.
The structures of ternary complexes of P450, camphor and oxygen were solved and give evidence for the existence of an oxyferryl intermediate.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
- nauki przyrodnicze nauki chemiczne kataliza
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne biochemia biocząsteczki białka enzymy
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Brak dostępnych danych
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Brak dostępnych danych
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Koordynator
HEIDELBERG
Niemcy
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.