Cel
The primary objective of the proposal is to analyse genes, uncovered by sequencing of the B. subtilis genome in Europe, which encode products that show either no similarities with known proteins or carry only short domains or "signatures" which are not sufficient for identification of their function. The target genes will be assigned to large categories of known cell functions, defined here as: (i) Metabolism of small molecules and inorganics; (ii) Macromolecule metabolism; (iii) Cell structures and mobility; (iv) Stress and stationary phase; (v) Cell processes. About 1000 target genes will be analysed, which is over 20% of the estimated 4 200 B. subtilis genes.
The assignment will be based mainly on an extensive phenotype analysis of the mutants in target genes and a biochemical analysis of transcripts and proteins, as well as the whole cell composition. Two research consortia will be established to carry out these analyses, the resource consortium and the function-oriented consortium, associating 19 laboratories. The activities of each consortium will be organized in several nodes. The resource consortium comprises four nodes, (i) mutant construction and distribution; (ii) RNA analysis; (iii) protein analysis and cell composition; (iv) database development. A standard procedure will be used to construct the mutants, allowing to follow at the same time the regulation of the target gene and to regulate the genes downstream in the operon. The mutants will be stored in a central collection and distributed throughout the function- oriented consortium. RNA analysis will allow to generate a transcription map of at least 750 kb in several long contigs, and high through-put methods will be developed and tested to extend it further. Protein analysis will be carried out by two dimensional gel electrophoresis in over 700 mutants, aiming to detect regulator mutants and to progress towards a complete 2D protein data base. Finally, a user friendly, easily accessible data base will be developed and used to store the information generated within the programme and to correlate it with the sequence databases.
The nodes of the function-oriented consortium correspond to the five categories of cell functions specified above. To assign target genes to these categories the analysis will be carried out at three levels. At the first, which aims to a tentative assignment, the mutants will be submitted to phenotype tests that have a sufficiently high through-put to allow analysis of all mutants by each participating laboratory. Between 10 and 100 tests will be carried out in each laboratory, depending on the category of cell function. At the second level, aiming to confirm the gene assignment and to initiate the studies of the role of the target genes, the mutants will be submitted to more elaborate tests, having a through-put that allows testing of 5-10% of all mutants in each laboratory. The third level analysis aims to identify the specific role of a small number of genes that appear of a particular interest. Among these will be genes of bio-technological interest and genes that have homologues in many organisms, and specifically yeast S. cerevisiae.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
- nauki przyrodnicze informatyka bazy danych
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne biochemia biocząsteczki białka
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne genetyka RNA
- nauki przyrodnicze nauki chemiczne elektrochemia elektroforeza
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne genetyka genom
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Brak dostępnych danych
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Koordynator
78352 Jouy-en-Josas
Francja
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.