Cel
Problem:
A high resolution structure alone cannot provide a full understanding of protein structure-function relationships. It is necessary to know also the forces that form the basis of protein functional properties. Among these forces, the fundamental importance of electrostatic interactions is evident from the pH, ionic strength and counterion dependence of protein function. No general and comprehensive approach exists to predict the pK values of titratable groups and hence the ionization behaviour of proteins. Existing theories and computational methods do not account for the conformational heterogeneity of proteins in solution nor for the relationship between electrostatics and the thermodynamics of protein-solvent interactions.
Solution
The main goal of the work proposed in this project is to improve this situation by developing better theoretical and computational methods to describe electrostatic interactions. This goal will be achieved through a combination of experimental and theoretical methods, using well defined model proteins. For this purpose a multi-disciplinary consortium of 7 teams from 5 Member States of the EU has been drawn together. Among them, 4 are academic groups and 3 are industrial enterprises.
Activities
(i) Determination of the solution structures of proteins and their pH dependent conformational equilibria by improved multidimensional heteronuclear NMR spectroscopy.
(ii) Analysis of the effect of electrostatics on the thermodynamics and kinetics of protein folding and catalysis. We will use leucine zippers and ribonuclease T1 as model proteins. Both proteins are ideally suited for a comprehensive analysis of the structural and thermodynamic parameters that form the basis of protein electrostatics. Results will be used to derive a more accurate description of electrostatic interactions, taking into account the conformational heterogeneity of proteins in solution, as well as the contribution of solvent structuring at the protein-water interface.
(iii) The new methodology will be applied to an analysis of
diisopropylfluorophosphatase, the structure of which will be solved during the course of the project, and to an analysis of the pH dependence of xylanase activity.
Major deliverables:
- A novel methodology for the prediction of electrostatic properties of proteins from structural data;
- A generic computer programme ready for distribution and marketing; - Improved multidimensional heteronuclear NMR spectroscopy techniques; - The three-dimensional structure of diisopropylfluorophosphatase in solution,a novel enzyme of high potential for the detoxification of
organophosphates; Design of mutants for an optimal activity and stability; - Identify xylanase variants with up-shifted pH optimum, a property of high importance to the paper and pulp industry.
Major benefits:
Reciprocal exchange of results and ideas between European centres of expertise in computational chemistry, NMR spectroscopy, biochemistry and biophysics. Economic and ecological impact on the industrial application of enzymes.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
- nauki przyrodnicze nauki fizyczne termodynamika
- nauki przyrodnicze informatyka nauki obliczeniowe
- nauki przyrodnicze nauki fizyczne optyka spektroskopia spektroskopia absorpcyjna
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne biochemia biocząsteczki białka fałdowanie białek
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne biochemia biocząsteczki białka enzymy
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Brak dostępnych danych
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Koordynator
141 57 Huddinge
Szwecja
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.