Cel
"Complete genomes" are becoming available to the world community. It is clear that a huge amount of information is hidden in these sequences. This increasing mass of data poses new challenges: traditional computing tools should be rewritten to keep the pace of the data growth. There is a clear consensus to develop computer systems with performances at least 1000 times the ones of today. The goal of this Project is to tailor common software tools onto a parallel computer built using Beowulf architecture. Then this technology can be transferred to a real case building a system for Comparative Genomics. We want to exploit existing software by integrating it in a modular way on a parallel platform with custom databank, as to catch up with the most advanced institutions and reaching the highest speed of sequence analysis achievable. We want also to test this modular hardware and software, adding a component used to study molecular dynamics and docking programs.
Objectives:
The key point of the BIOWULF Project is to tailor common software tools (i.e. Blast, Blitz, Fasta) onto a parallel computer built using proven Beowulf architecture. Then this technology can be transferred to a real case, building a system for Comparative Genomics.
BIOWULF will be built using a modular hardware and software architecture to ease adding new components or adapting it for new goals. As an example, this system could be used to study interaction between molecules. In this respect we will include also molecular dynamics and a docking program as components of the modular package we want to build.
The BIOWULF Project is also porting a core of DNA/RNA/PROTEIN sequence search tools onto a parallel computer system.
The objective is to build a system with comparable computing performance to low-end supercomputers ones.
Work description:
The proposed solution is based on a well-known computing architecture: the Beowulf cluster (http://www.beowulf.org(odnośnik otworzy się w nowym oknie)). The key point is to use a well-tested and stable parallel architecture so we can focus on porting sequence search application and designing databank to exploit the parallel capabilities of Beowulf cluster.
The BIOWULF Project has two phases: model construction and BIOWULF exploitation.
The prototype, built during model construction, will be used only for testing and tuning hardware, system software and application solutions. The BIOWULF exploitation aims to build a production system for testing such solution on real research project and would demonstrate the effectiveness of this kind of architecture.
Expected Results:
The BIOWULF Project has four main expected results:
1. Build a prototype high performance parallel computer using commonly available hardware systems and using standard operating system software architecture;
2. Develop parallelised version of standard sequence search tools (like Blasta, fasta, etc.) and "in house" databanks to exploit parallel computing power;
3. Build and deploy a real world case to be used in industrial projects for Comparative Genomics side by side with more traditional architectures. The objective is to demonstrate the effectiveness of such computing architecture opposed to dedicated massive parallel processors still widely used;
4. Port one important program for molecular interaction studies (like Gromacs and Autodock)
The BIOWULF Project intends to build a production system for testing such solution on real research project and would demonstrate the effectiveness of this kind of architecture.
Milestones:
WP1: real world application on PM16
WP2: Assembly BIOWULF prototype (hardware and communication) on PM3.
WP3: The milestone is the Blast (Fast A) porting on PM10
WP4: Porting on a larger scale the results obtained on the BIOWULF model and development of a custom databank on PM11
WP5: Creation of a very high performing and stable super-computer system based on modular software component today available on PM16
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
- nauki przyrodnicze informatyka oprogramowanie aplikacje komputerowe oprogramowanie systemowe systemy operacyjne
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne genetyka DNA
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne genetyka RNA
- inżynieria i technologia inżynieria elektryczna, inżynieria elektroniczna, inżynieria informatyczna inżynieria elektroniczna sprzęt komputerowy superkomputer
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne genetyka genom
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Brak dostępnych danych
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Koordynator
53100 SIENA
Włochy
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.