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Serving Life-science Information for the Next Generation

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Optimierte Nutzung biomolekularer Daten

Mit den technologischen Fortschritten in den Biowissenschaften sammeln sich unzählige molekularbiologische Daten zu Genomen und Proteinen bis hin zum Verhalten und der Interaktion von Molekülen an. Trainingsmaßnahmen für Forscher sollen nun den Zugang optimieren und dafür sorgen, dass Daten besser für Anwendungen in der Medizin und Nahrungsmittelproduktion wie auch in der Forstwirtschaft, Fischerei und Umweltschutz genutzt werden können.

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Hierfür wurde das EU-finanzierte Forschungsprojekt "Serving life-science information for the next generation" (SLING) auf den Weg gebracht. die industrielle und akademische Forschung in Europa und fördert über Ausbildungsmaßnahmen die optimale Nutzung biomolekularer Daten. Der Zugang der Forscher zu umfassenden Datenbanken und Dienstleistungen von Instituten wie dem Schweizer Institut für Bioinformatik (SIB), dem Europäischen Patentamt (EPA) und dem European Bioinformatics Institute (EBI) wurde aktiviert. SLING richtete zudem eine Volltextdatenbank für veröffentlichte Beiträge und eine Volltext-Patentdatenbank (über EPO) mit mehr als einer Million Patenteinträgen ein. Der Datenaustausch wurde zwischen renommierten Datenbanken wie dem Gene Expression Omnibus des NCBI (National Center for Biotechnical Information) und dem European ArrayExpress vertraglich vereinbart. Zwei bislang noch nicht verknüpfte Datenbanken - IntAct (für molekulare Interaktionen) und PRIDE (für massenspektrometrische Daten) – können nun von Forschern eingesehen werden, um relevante massenspektrometrische Daten mit Daten von IntAct abzugleichen. Entwickelt wurden Textrechercheinstrumente, um Daten zu Enzymen und chemische Informationen in der BRENDA-Enzymdatenbank sowie der ChEBI-Datenbank (Chemical Entities of Biological Interest) besser nutzen zu können. Außerdem wurden entsprechende Open-Source-Softwareprogramme und Eingabeinstrumente entwickelt, die die Dateneingabe und lizenzfreie Forschung vereinfachen. Einige nennenswerte Ergebnisse sind etwa die Entwicklung und Annahme von Leitlinien zur Benennung von Proteinen sowie ein von der Community entwickeltes Instrument namens MINSEQE für transkriptomische Daten, die mit Sequenzierungstechniken der nächsten Generation ermittelt wurden. Auf dieser Basis wurden große Mengen an biomolekularen Daten erfasst, annotiert, strukturiert und europaweit wie auch international veröffentlicht. SLING finanzierte ein Trainingsprogramm mit 33 Informationsveranstaltungen in ganz Europa, die als Online-Kurse auf der Projektwebseite abrufbar sind. Allein im ersten Jahr besuchten mehr als 24.000 Forscher die Online-Schulungskurse. Im Ergebnis der Aktivitäten von SLING überschritten die Suchanfragen auf der EBI-Webseite die 3-Millionen-Grenze. Die Projektergebnisse wurden auch in Fachzeitschriften und in einem Instruktionshandbuch veröffentlicht. Deutliche Fortschritte waren bei der Bereitstellung von Infrastrukturen, Methoden und kuratorischer Expertise zu verzeichnen. Die Daten und Dienste, die SLING auf neuestem Stand lieferte, können die EU-Forschung und die Entwicklung der Biowissenschaften in ungeahnter Weise voranbringen.

Schlüsselbegriffe

Biomolekular, Textrecherche, Forschungsinfrastruktur, kuratorisch, Datenbank, Biowissenschaften, Transkriptomik, Datenaustausch

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