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Identifying network control elements in breast cancer oncogenic transformation via whole transcriptome analysis

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El análisis del transcriptoma en el cáncer

Para diseñar tratamientos correctos contra el cáncer es necesario comprender el desarrollo tumoral. Gracias a la biología molecular moderna, los científicos disponen de nuevas tecnologías de secuenciación (NGS) para ver en alta resolución todos los cambios que ocurren en el cáncer.

Salud

El transcriptoma es el conjunto de todas las moléculas de ARN, incluido el ARN codificante y no codificante, producido en una sola célula o en una población de células. El desarrollo de herramientas nuevas para la cuantificación del transcriptoma permite comprender el proceso de transformación oncogénica. El proyecto Marie Curie financiado por la Unión Europea CONTROLNETONCTRANS ha intentado demostrar la hipótesis de que es posible cuantificar los procesos moleculares que ocurren en la transformación, como un conjunto de interacciones definidas, y a su vez estos procesos pueden utilizarse para describir el fenotipo. El objetivo del proyecto fue estudiar una transformación oncogénica in vitro con el transcriptoma modificado e identificar las interacciones específicas del proceso como base para otros estudios. Los investigadores definieron nuevos protocolos y obtuvieron material biológico que analizaron con NGS. El análisis de los datos obtenidos en los estudios de transformaciones oncogénicas in vitro indicó que el factor de transcripción GATA-3 es especialmente importante en el cáncer de mama. En otros experimentos con este factor de transcripción se definió la función fundamental que desempeñan ciertas mutaciones en la progresión y manifestación clínica del cáncer de mama. La identificación de una singular función del ARN micro miR-190b en el fenotipo de cáncer de mama de receptor estrogénico negativo representa otro método innovador para cuantificar la expresión conjunta de los ARN micro y los genes. Estas asociaciones moleculares pueden utilizarse para clasificar a los pacientes en fenotipos clínicos. La investigación de CONTROLNETONCTRANS ha validado esta particularidad de abordar todo el transcriptoma para estudiar los mecanismos de oncogénesis. Estos resultados permitirán comprender mejor la transformación que ocurre en el cáncer y desarrollar nuevos blancos de acción terapéutica.

Palabras clave

Oncogénesis, transcriptoma, ARN, nuevas tecnologías de secuenciación, ARN micro, miR-190b

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