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PHIDIAS: Phenotyping with a High-throughput, Intelligent, Distributed, and Interactive Analysis System

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Un database globale di fenotipi per i fitoscienziati

Alcuni ricercatori dell’UE hanno recentemente realizzato un sistema di raccolta e analisi di dati capace di raccogliere, classificare in categorie e memorizzare dati di fenotipi, ricavandoli da immagini di piante.

Economia digitale

L’aspetto di una pianta (il suo fenotipo) può fornire informazioni sul modo con cui viene influenzata da fattori ambientali e genetici. Per le attività finalizzate alla conservazione, è essenziale decodificare lo sviluppo delle piante alla base dei fenotipi osservati è essenziale, ma l’analisi dei fenotipi non è una scienza semplice. Per affrontare tale sfida, l’iniziativa PHIDIAS (PHIDIAS: Phenotyping with a high-throughput, intelligent, distributed, and interactive analysis system), finanziata dall’UE, si proponeva di sviluppare sistemi software e hardware per acquisire immagini, accanto a un sistema di elaborazione dei dati interattivo gestito dall’utente, a cui potessero contribuire ricercatori di ogni parte del mondo. Per acquisire i dati, PHIDIAS ha sviluppato metodi che si avvalgono di software open-source e una tecnologia di fotocamera già disponibile in commercio. Tale scelte hanno consentito di ottenere un sistema di acquisizione delle immagini a costi contenuti, in grado di produrre immagini composite ad alta risoluzione, indispensabili per studiare i fenotipi. I ricercatori hanno caricato e annotato centinaia di immagini provenienti da laboratori di fenotipi vegetali, che aiuteranno il sistema a riconoscere specifiche caratteristiche fenotipiche. Un altro aspetto del progetto si è incentrato su metodi per comprimere i file di immagini a dimensioni più facilmente gestibili. Tale elemento, il costo contenuto dell’apparecchiatura e il software open-source rendono il sistema PHIDIAS ampiamente utilizzabile e facilmente personalizzabile. Le soluzioni PHIDIAS consentiranno a ricercatori di tutto il mondo di contribuire a un database internazionale in evoluzione e di accedere a sofisticati strumenti analitici. Inoltre, potranno partecipare a questa iniziativa global anche scienziati che si trovano in zone caratterizzate da limitazioni di ordine finanziario e tecnologico.

Parole chiave

Database di fenotipi, pianta, fitoscienziati, PHIDIAS, rilevamento, software open-source

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