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Dissecting speciation using a genomics approach

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L'évolution actuelle

La recherche génomique sur les rhinolophes sauvages a apporté des données nouvelles sur la formation de nouvelles espèces. Les nouvelles techniques de séquençage peuvent préciser quels gènes mènent à l'isolement reproductif.

Santé

Dans le cadre du projet RHINOSPEC («Dissecting speciation using a genomics approach»), des chercheurs ont compilé une quantité massive de données sur un aspect de l'interaction, du croisement ou de l'hybridation des espèces. Utilisant de nouvelles méthodes de séquençage de seconde génération (NGS), ils ont identifié les gènes introgressés, c'est-à-dire, ceux qui sont exprimés dans la chauve-souris hybride. L'hypothèse est que les gènes nécessaires à la survie seront les gènes introgressés et révélés dans le phénotype. L'étude s'est axée sur des espèces de rhinolophes bien répandues en Chine: Rhinolophus pearsoni pearsoni (R. p. pearsoni), R. p. chinensis et R. yunanensis. Des études précédentes avaient déjà révélé qu'une introgression se produisait. L'équipe du projet RHINOSPEC a déterminé dans quelle mesure cette introgression avait lieu. Les données provenant de deux nouveaux protocoles NGS, le séquençage transcriptomique (RNAseq) et le re-séquençage ciblé d'ADN, ont permis de répertorier près de 10 000 gènes par groupe à caractériser. Sur les 3 655 gènes qui ont été étudiés, 134 d'entre eux étaient des gènes de spéciation ou d'introgression putative, c'est-à-dire, impliqués dans l'isolement reproductif. L'identification des gènes à l'aide d'une nouvelle méthode basée sur l'ADN a «appâté» 2 000 gènes qui ont été soumis à un nouveau séquençage. Quatre-vingt de ces gènes sont impliqués dans l'écholocation et l'équipe pourra ainsi tester si cette méthode sensorielle joue un rôle dans l'isolement reproductif. Une étude complètement nouvelle se concentrera sur l'importance du chromosome X dans la spéciation. Il est par ailleurs possible d'évaluer l'importance des réarrangements chromosomiques dans le brassage génétique des espèces. Deux articles sont déjà parus dans des revues spécialisées et cinq autres devraient être également publiés. RHINOSPEC a recueilli une grande quantité de données pour analyser avec précision la façon dont les espèces se mélangent et se séparent en milieu sauvage. Cette connaissance enrichira en particulier l'intérêt des croisements dans les populations naturelles.

Mots‑clés

Évolution, rhinolophe, isolement reproductif, séquençage de seconde génération, hybridation, introgression, transcriptome, RNAseq, croisement

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