Una collaborazione tra Oriente e Occidente nel settore della genomica
Come indica il nome, i retrogeni sono geni trascritti al contrario. Quando i geni vengono trascritti nell’RNA, il passo successivo è normalmente la traduzione in una proteina. A volte, tuttavia, si verifica una confusione biochimica, per cui l’RNA viene trascritto al contrario e ritorna nel DNA, ma in una posizione diversa, con un nuovo codice promotore che può avviare la produzione delle proteine. Questo processo può portare a un nuovo gene con una funzione completamente nuova e rappresentare un nuovo passo sulla via dell’evoluzione. I retrogeni sono l’oggetto principale di studio del progetto EVOLGEN (Genome sciences - Evolutionary and functional perspective), finanziato dall’UE. Tra gli altri argomenti affrontati ci sono gli introni, parti di geni che non vengono trascritte ma che svolgono un ruolo nelle regolazioni complesse, come la produzione di più proteine da un singolo gene. Finora il progetto ha realizzato il database RetrogeneDB che contiene informazioni su oltre 600 000 retrogeni di 62 genomi animali. Il passaggio dalla singola cellula agli organismi multicellulari è uno dei fenomeni più interessanti per gli evoluzionisti, perciò il team EVOLGEN ha analizzato i genomi di due alghe per individuare i retrogeni e trovare indizi su come sia avvenuta questa trasformazione. I ricercatori EVOLGEN hanno inoltre scoperto un gran numero di twintroni – introni all’interno di introni – finora sconosciuti negli introni di tipo U12. È stata compilata un’analisi comparativa dei trascrittomi di amebe unicellulari altamente diversificate, che vanno dai parassiti del cervello umano agli organismi spesso esaminati nelle classi di biologia che vivono in acqua dolce e si nutrono di altri animali unicellulari. Tra gli strumenti utilizzati dai ricercatori ci sono le più recenti tecnologie di sequenziamento, tra cui il sequenziamento del DNA Oxford Nanopore, per la genotipizzazione dei parassiti che provocano le malattie tropicali. Poiché molte di queste patologie si verificano in Indonesia, gli scienziati hanno sviluppato una speciale procedura di analisi facilmente accessibile via browser web. La ricerca collaborativa EVOLGEN ha pubblicato articoli in 11 riviste sottoposte a revisione paritaria e tenuto una serie di presentazioni in conferenze internazionali. La ricerca condotta dal team EVOLGEN promette un forte impatto, con ripercussioni sulla biochimica di base di molte malattie e su microbi potenzialmente importanti per la produzione biotecnologica. La collaborazione tra i laboratori europei e giapponesi consentirà a molti ricercatori di domani di disporre di una significativa esperienza di ricerca a livello globale.
Parole chiave
Genomica, collaborazione, malattia, evoluzione, retrogeni, introni
