Współpraca wschodu z zachodem w dziedzinie genomiki
Retrogeny to, jak sama nazwa wskazuje, geny wsteczne. Kolejnym krokiem po transkrypcji zwykłego genu do RNA jest translacja RNA do białka. Jednak czasem dochodzi do odwrotnej transkrypcji RNA, czego skutkiem jest powrót do DNA, tym razem jednak w innej pozycji i z nową sekwencją promotora. Takie DNA może zapoczątkować produkcję białka. Może to oznaczać nowe geny o zupełnie nowej funkcji, tj. potencjalnie nowy krok w ewolucji. Głównym tematem finansowanego przez UE projektu EVOLGEN (Genome sciences - Evolutionary and functional perspective) są retrogeny. Do innych omawianych zagadnień należą introny — fragmenty genu, które nie ulegają transkrypcji, ale umożliwiają złożoną regulację, np. produkcję kilku białek z pojedynczego genu. Dotychczasowe osiągnięcia projektu obejmują bazę danych RetrogeneDB zawierającą informacje na temat ponad 600 000 retrogenów w 62 genomach zwierzęcych. Priorytetem badawczym ewolucjonistów jest przeskok od struktury jedno- do wielokomórkowej, dlatego też zespół EVOLGEN przeskanował dwa genomy glonów pod kątem retrogenów, aby wyjaśnić ten etap ewolucji. Ponadto badacze biorący udział w projekcie EVOLGEN odkryli w intronach typu U12 dużą liczbę dotychczas nieznanych twintronów — intronów w intronach. Przeprowadzono analizę porównawczą transkryptomów wysoce zdywersyfikowanych ameb jednokomórkowych — od pasożytów ludzkiego mózgu po ulubione żyjątka słodkowodne hodowane w szkołach i żywiące się innymi organizmami jednokomórkowymi. Zestaw narzędzi opracowanych w ramach projektu obejmował najnowszą technologię sekwencjonowania, sekwencjonowanie nanoporowe DNA metodą oksfordzką, oraz genotypowanie pasożytów chorób tropikalnych. Jako że wiele z tych chorób występuje w Indonezji, naukowcy stworzyli specjalny system analityczny łatwo dostępny za pośrednictwem przeglądarki internetowej. Wspólne badania prowadzone w projekcie EVOLGEN zaowocowały 11 publikacjami w czasopismach naukowych i szeregiem prezentacji na międzynarodowych konferencjach. Badanie EVOLGEN może m.in. pomóc poznać podstawy biochemiczne wielu chorób, a także drobnoustroje o potencjalnym znaczeniu dla produkcji biotechnologicznej. Współpraca między laboratoriami europejskimi i japońskimi oznacza, że wielu przyszłych naukowców może zdobywać doświadczenie badawcze na całym świecie.
Słowa kluczowe
Genomika, współpraca, choroba, ewolucja, retrogeny, introny
