Analiza molekularna szczepionek na dur brzuszny
Obecnie dostępne szczepionki na dur brzuszny mają ograniczoną skuteczność i nie można ich stosować u małych dzieci, przez co kontrolowanie zakażeń na obszarach endemicznych jest dużym wyzwaniem. Z powodu niedostatecznej wiedzy o patogenezie tej choroby i czynnikach warunkujących odpowiednią ochronę opracowanie lepszych szczepionek jest utrudnione. Dlatego też zainicjowano finansowany przez UE PROJEKT MCF_IIF BLOHMKE 2012 (Identification of novel correlates of protection to accelerate the introduction of vaccines against typhoid into populations with high disease burden), w ramach którego prowadzono badania na modelu kontrolowanego zakażenia durem brzusznym u człowieka, stworzonym przez Oksfordzki Zespół Wakcynologów (OVG) z Uniwersytetu w Oksfordzie. Zdrowi, dorośli ochotnicy zostali zakażeni S. typhi, a następnie otrzymali cykl antybiotykoterapii. Celem projektu MCF_IIF BLOHMKE 2012 było opracowanie schematu analizy danych transkrypcyjnych uzyskanych od uczestników modelu ostrego narażenia na S. typhi. Dane porównywano z tymi uzyskanymi od uczestników zaszczepionych żywymi, atenuowanymi doustnymi szczepionkami, Ty21a i M01ZH09. Szczególny nacisk kładziono na odpowiedź molekularną gospodarza w kilku punktach czasowych po szczepieniu. Profile molekularne odnoszono do uzyskanej immunogenności i wyników. Na przykładzie tego modelu ustalono odpowiedzi gospodarza w ciągu 12 godzin po doustnym narażeniu patogenem. Aby potwierdzić użyteczność modelu narażenia w rzeczywistych sytuacjach, badacze porównali dane modelowe z profilami transkrypcyjnymi pacjentów, uzyskanymi w badaniach terenowych. Co ciekawe, analiza ekspresji genów wskazała na możliwy wpływ metabolizmu gospodarza na odpowiedź immunologiczną na zakażenie durem. Korzystając z czułych metod komputerowych, zespół analizował subtelne odpowiedzi gospodarza na zaszczepienie. Okazało się, że obie szczepionki, M01ZH09 i Ty21a, znacząco różnią się pod względem siły immunogenności oraz wywołują ekspresję różnicową ponad 110 genów. Szczegółowa analiza wzbogacania zestawu genetycznego (GSEA) transkryptów w limfocytach NK i genów cyklu komórkowego ukazała znaczące różnice miedzy tymi szczepionkami. Łącznie wyniki badania przełożyły się na ogromną platformę danych molekularnych na temat wyników szczepienia przeciwko durowi brzusznemu. Wiedza na temat patogenezy tej choroby i odpowiedzi na żywe, atenuowane szczepionki doustne ułatwi dalsze prace nad szczepieniami i poprawi możliwości leczenia.
