Internetowe narzędzie pomaga w rozwijaniu badań nad chorobami nowotworowymi i neurodegeneracyjnymi
Dzięki izotermicznemu miareczkowaniu kalorymetrycznemu (ITC) badanie oddziaływań międzycząsteczkowych stało się łatwiejsze. Technologia ta posiada jednak pewne ograniczenia, jeżeli chodzi o symulację modeli wiązania, przez co trudno jest badać złożone oddziaływania międzycząsteczkowe, takie jak wiązanie tau-tubulina. Tymczasem prace takie są potrzebne do szczegółowego badania chorób nowotworowych i neurodegeneracyjnych. W ramach projektu FIT(odnośnik otworzy się w nowym oknie) (Advanced web tool for Isothermal Titration Calorimetry data analysis and management), finansowanego ze środków UE, pracowano nad zaawansowanym narzędziem do analizy danych ITC, które pomogłoby uczonym w tworzeniu i udostępnianiu nowych modeli wiązania. Naukowcy badali leki przeciwnowotworowe nazywane środkami celującymi w mikrotubule, skupiając się na oddziaływaniu białek powiązanych z mikrotubulami i ich wiązaniu się z celem działania leku. Aby tego dokonać, zespół opracował internetowe oprogramowanie do zaawansowanej analizy danych ITC. Badano, w jaki sposób tau (naturalnie rozwinięte białko) wiąże się z mikrotubulami oraz skutki tego oddziaływania, a także przyjrzano się wpływowi stresu oksydacyjnego i jonów cynku na wiązanie się tau z mikrotubulami. Oddziaływanie fragmentów tau z tubuliną badano przy pomocy ITC, różnicowej fluorymetrii skaningowej i turbidymetrii. Dzięki temu zespołowi udało się namierzyć fragmenty wiążące się z tubuliną i dokonać ekstrapolacji nowego modelu wiązania tau z tubuliną Oprócz zaproponowania modelu oddziaływania tau-tubulina zespół zbadał także powszechny mechanizm molekularny związany z regulacją polimeryzacji tubuliny przez białka powiązane z mikrotubulami. Dzięki internetowemu narzędziu do analizy danych naukowcy mogą przesyłać nieprzetworzone dane ITC na serwer i zarządzać nimi. Narzędzie ułatwia też wstępne przetwarzanie danych oraz wyświetlanie podglądu i prezentowanie danych na wiele przydatnych sposobów. Planowane jest udostępnienie nowego oprogramowania innym europejskim laboratoriom, co ostatecznie przyczyni się do rozwoju badań nad ITC.
