Nowa metoda otwiera drogę do czulszej i precyzyjniejszej diagnostyki Naukowcy ze Szwecji, których badania są finansowane ze środków unijnych, opracowali nową metodę badania zmienności genetycznej bezpośrednio w pojedynczych komórkach i tkankach. Ich odkrycia, opublikowane w czasopiśmie Nature Methods, dostarczają nowych, wartościowych informacj... Naukowcy ze Szwecji, których badania są finansowane ze środków unijnych, opracowali nową metodę badania zmienności genetycznej bezpośrednio w pojedynczych komórkach i tkankach. Ich odkrycia, opublikowane w czasopiśmie Nature Methods, dostarczają nowych, wartościowych informacji na temat ekspresji genów człowieka, które mogą istotnie przyczynić się do udoskonalenia testów diagnostycznych. Nowa metoda jest owocem prac prowadzonych w ramach dwóch projektów finansowanych ze środków unijnych: COMICS (Technika "comet assay" i matryca komórek typu "cell array" do szybkiego i sprawnego testowania genotoksyczności), który otrzymał 3,2 mln EUR z tematu "Nauki o życiu, genomika i biotechnologia na rzecz zdrowia" Szóstego Programu Ramowego (6PR), aby opracować niezawodne sposoby testowania wpływu chemikaliów na materiał genetyczny człowieka bez uciekania się do doświadczeń na zwierzętach oraz READNA (Rewolucyjne podejścia i urządzenia do analizy kwasów nukleinowych), dofinansowany na kwotę 12 mln EUR z tematu "Zdrowie" Siódmego Programu Ramowego (7PR), aby zrewolucjonizować metody analizy kwasów nukleinowych. Genotoksyczne chemikalia zakłócają normalny proces naprawy DNA (kwasu dezoksyrybonukleinowego) i mogą stwarzać zagrożenie nowotworem u człowieka. Niezawodne testy o wysokiej czułości badające oddziaływanie tych związków chemicznych są pilnie poszukiwane, gdyż obecne metody pozwalają jedynie na analizę dużych grup komórek, są czasochłonne i podatne na błędy. Według wyników nowych badań, prowadzonych pod kierunkiem dr Matsa Nilssona z Uniwersytetu w Uppsali w Szwecji, istniejące testy nie są wystarczająco czułe - molekuły w rzadkich komórkach mogą z łatwością uniknąć wykrycia, a do tego nie ma możliwości stwierdzenia, z jakich komórek pochodzą molekuły wykryte. To stanowi poważną przeszkodę na przykład w testach diagnostycznych nowotworów, gdyż te są zbudowane z mieszaniny komórek zdrowych i nowotworowych. Zdaniem autorów, z tego powodu nowe testy o jednomolekułowej czułości są nieodzowne. Opierając się na wcześniejszych metodach opracowanych przez ten sam zespół, naukowcy byli w stanie przekształcić matrycowe RNA (mRNA) w typ molekuły DNA, którą można wykryć za pomocą fluorescencyjnych sond nazwanych "padlock probes", które przyczepiają się do DNA po hybrydyzacji, umożliwiając badanie naprawy DNA na poziomie molekularnym w poszczególnych komórkach. "Metoda umożliwia nam badanie procesów biologicznych w pojedynczych komórkach w odróżnieniu od średnich stanów dużej liczby komórek" - wyjaśnia dr Nilsson. Większość testów przynosi rezultaty, które odzwierciedlają średni wyniki dla dużej liczby komórek w danej próbce, a sygnały wskazujące na funkcjonowanie drobnej mniejszości komórek mogą zostać zagłuszone przez wyniki wygenerowane przez komórki przeważające liczebnie. Sondy typu "padlock probes" mogą wzmocnić sygnały mniejszości, umożliwiając bezpośrednią identyfikację zmienności genetycznej na poziomie mRNA (matrycowego kwasu rybonukleinowego) (w molekułach wytwarzanych przez aktywne geny) w komórkach wykorzystanych w preparatach mikroskopowych. Ma to olbrzymie znaczenie dla badań tkanki nowotworowej. Nowa metoda otwiera również przed naukowcami drzwi do badania oddziaływania wariantów genetycznych na różne typy komórek i tkanek, ponieważ sondy można wykorzystywać do rozróżniania podobnych sekwencji genetycznych. "Znalezienie przysłowiowej igły w stogu siana powinno być teraz możliwe" - mówi dr Nilsson. "To powinno przełożyć się na znacznie więcej czułych i precyzyjnych metod diagnostycznych, zwiększając szanse pacjentów na leczenie, jakiego potrzebują." Kraje Szwecja
