Mapowanie genów odpowiedzialnych za oporność na zapalenie gruczołu mlekowego
Zapalenie gruczołu mlekowego, inaczej zapalenie wymion u krów, powoduje utratę jakości mleka i ubytek dni dojnych w trakcie leczenia zwierzęcia. Leczenie zapalenia gruczołu mlekowego obejmuje podawanie antybiotyków, które stają się coraz mniej popularne w Europie. Strategie alternatywne obejmują poprawa higieny, hodowli oraz dobór pod względem oporności. Jednak do chwili obecnej programy hodowlane w dużym stopniu lekceważyły kwestię włączenia oporności na zapalenie gruczołu mlekowego, ze względu na relatywnie niewielki stopień jego dziedzienia.Partnerzy projektu MASTITIS RESISTANCE mieli na celu włączenie tej kwestii do konwencjonalnych programów hodowlanych. Badania koncentrowały się na dostarczeniu narzędzi hodowlanych w celu poprawy oporności genetycznej na tę niepokojącą chorobę. W tym celu naukowcy zabrali się do mapowania krowich chromosomów, aby ustalić bliskość genów oporności, a następnie zaznaczyć cechy, które są łatwe do określenia. W programie hodowlanym można by wtedy stosować selekcję z wykorzystaniem markerów (MAS). Mapowanie chromosomów można wykonywać przy użyciu badania sprzężeń. Zasada zależy od prawdopodobieństwa rozdzielenia się genów przy tworzeniu gamet, gdy następuje pęknięcie chromosomów i ich rekombinacja w określonych obszarach. Ogólnie mówiąc, w przypadku gdy prawdopodobieństwo rekombinacji jest wysokie, odnosi się ono do genów znacznie od siebie oddalonych ze względu na większą liczbę przerw między nimi. Odwrotna sytuacja jest oczywiście również prawdą. Im są bliżej, tym mniej razy oddzielą się od siebie. Mapowanie za pomocą tej tak zwanej techniki nierównowagi sprzężeń (LD) wymaga dużej ilości informacji. Dlatego też zespół z Animal Genetic and Genomics Centre w Lelystad w Holandii korzystał z ogromnej ilości danych historycznych. Tę metodę mapowania stosuje się z dużym powodzeniem na genomie ludzkim, osiągając wysoki stopień rozdzielczości. Udoskanalając tę technikę zespół opracował metody obliczania prawdopodobieństwa IBD (ang. identical by descent), biorąc w badaniu pod uwagę rodziny i rasy. Została następnie zbudowana macierz IBD, którą należało zweryfikować. Następnie porównano wszystkie haplotypy założycieli, czyli statystycznie powiązane wariancje genetyczne, z powstałą macierzą. Z powodu ogromnej liczby haplotypów do porównania zespół zaprogramował kilka sposobów na pogrupowanie tych wariantów. Ze względu na olbrzymi nakład informacji mapowanie precyzyjne za pomocą analizy sprzężeń LD wymagać będzie w przyszłości większych zasobów komputerowych. Jednakże otrzymane wyniki niewątpliwie utorowały drogę w kierunku kontroli tej choroby za pomocą hodowli poprzez selekcję rozpoznawalnych markerów związanych z polimorfizmem oporności na zapalenie gruczołów mlekowych.