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The european molecular biology linked original resources (TEMBLOR)

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Neues Datenbank-Tool für die Mikroarrayforschung

Die molekularbiologische Forschung hat in Europa große Fortschritte gemacht, bis jetzt waren diese Daten jedoch nicht öffentlich zugänglich. Mit ArrayExpress steht nun eine Datenbank zur Verfügung, die durch Oracle-Technologie Wissenschaftlern Zugang zu Mikroarray-Daten ermöglicht, d.h. Genexpressionsdaten auf Genomebene.

Gesundheit

Das EU-finanzierte Projekt TEMBLOR vernetzte einzelne Gendatenbanken miteinander, um die molekularbiologische Forschung in ganz Europa voranzutreiben. Ziel war es, die verschiedenen Forschungsbemühungen der europäischen Arbeitsgruppen zur Klassifizierung und Charakterisierung von Genen und Proteinen zu kombinieren und damit die Interoperabilität zwischen den einzelnen Gendatenbanken zu verbessern. Im Rahmen dieses Projekts wurde ArrayExpress entwickelt, um mikroarray-basierte Genexpressionsdaten öffentlich zugänglich zu machen. Die Mikroarraytechnologie verwendet aus Genomprojekten stammende Gensequenzen und untersucht, wann und unter welchen Bedingungen welche Gene in einem bestimmten Organismus exprimiert werden. Mikroarrays zählen zu den größten Durchbrüchen innerhalb der experimentellen Biowissenschaften. Die ArrayExpress-Technologie beinhaltet die Datenbank selbst, das Datenübertragungsgerät sowie die Datenabrufschnittstelle und läuft unter Oracle. Da jedoch nur wenige Sonderfunktionen von Oracle verwendet werden, ist die Datenübertragung zu anderen DBMS-Plattformen möglich. Bei der verwendeten Kartierung werden Klassen eins zu eins zwischen den Tabellen übertragen; jedes Objekt lässt sich außerdem über verschiedene Tabellen darstellen, je nach Vererbungshierarchie. Über lokale Anpassungen des Objektmodells wurde die Performance für allgemeine Anfragen verbessert. Weitere Informationen dazu finden Sie auf folgender Webseite http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress

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