Skip to main content

The european molecular biology linked original resources (TEMBLOR)

Article Category

Article available in the folowing languages:

Nowe narzędzie bazodanowe dla badaczy mikromacierzy

W całej Europie dokonano wielu odkryć w trakcie badań z zakresu biologii molekularnej, jednak aż do opisanego tu badania nie było publicznej skarbnicy uzyskanych danych. ArrayExpress to baza danych wykorzystująca technologię Oracle do udostępnienia naukowcom bazy danych pochodzących z mikromacierzy, czyli obrazów poziomu ekspresji genów w skali genomu.

Zdrowie

W ramach prowadzonego przez UE projektu TEMBLOR stworzono połączenia pomiędzy danymi pierwotnymi w celu ułatwienia badań z zakresu biologii molekularnej prowadzonych w całej Europie. Celem było połączenie różnych silnych stron europejskich grup pracujących nad różnymi aspektami klasyfikacji i charakteryzowania genów i białek, aby poprawić współpracę biologicznych baz danych. W ramach tego projektu stworzono ArrayExpress jako publiczny magazyn opartych na macierzach danych dotyczących ekspresji genów. Technologia mikromacierzy wykorzystuje zasoby sekwencji stworzone w projektach badań genomu, odpowiadając na pytanie "Jakie geny ulegają ekspresji w określonym rodzaju organizmów, w określonym czasie i w określonych warunkach?". Mikromacierze są uważane za jeden z największych przełomów w eksperymentalnych naukach przyrodniczych. Technologia ArrayExpress składa się z bazy danych, rejestratora danych i interfejsu umożliwiającego dostęp do danych. Działa na bazie oprogramowania Oracle. Jednak ponieważ niewiele specjalnych funkcji Oracle zostało wykorzystanych, przeniesienie bazy na inne platformy DBMS jest możliwe. Użyte mapowanie obejmuje klasy przypisane pojedynczo do tabeli. Co więcej, każdy obiekt może być rozdzielony pomiędzy kilka tablic zgodnie z hierarchią dziedziczenia. Dokonano kilku lokalnych modyfikacji modelu w celu poprawy wydajności dla częstych zapytań. Dalsze informacje są dostępne na witrynie http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress

Znajdź inne artykuły w tej samej dziedzinie zastosowania

Postępy naukowe
Gospodarka cyfrowa
Bezpieczeństwo
Zdrowie

22 Czerwca 2022