Mechanistic Systems modelling of plant environmental adaptation and CAM photosynthesis engineering

Projektinformationen

MECHSYS

ID Finanzhilfevereinbarung: 101055141

DOI

10.3030/101055141

EK-Unterschriftsdatum 5 Mai 2022

Startdatum 1 November 2022

Enddatum 31 Oktober 2027

Finanziert unter

• European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 711 101,00

EU-Beitrag

€ 1 711 101,00

Koordiniert durch

HEINRICH-HEINE-UNIVERSITAET DUESSELDORF
Germany

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (7)

SPOT: A machine learning model that predicts specific substrates for transport proteins

Autoren: Alexander Kroll, Nico Niebuhr, Gregory Butler, Martin J. Lercher
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 22, 2024, ISSN 1545-7885
Herausgeber: Public Library of Science (PLOS)
DOI: 10.5281/ZENODO.14825942

Current Opinion in Structural Biology

Autoren: Alexander Kroll; Yvan Rousset
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, 2025, ISSN 0959-440X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.SBI.2025.103070

A multimodal Transformer Network for protein-small molecule interactions enhances predictions of kinase inhibition and enzyme-substrate relationships

Autoren: Alexander Kroll; Sahasra Ranjan; Martin J. Lercher
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 20, 2024, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Public Library of Science (PLOS)
DOI: 10.5281/ZENODO.14825174

A general model to predict small molecule substrates of enzymes based on machine and deep learning

Autoren: Alexander Kroll, Sahasra Ranjan, Martin K. M. Engqvist, Martin J. Lercher
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Portfolio
DOI: 10.5281/ZENODO.14834354

DeepMolecules: a web server for predicting enzyme and transporter–small molecule interactions

Autoren: Alexander Kroll, Yvan Rousset, Thomas Spitzlei, Martin J Lercher
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2025, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/NAR/GKAF343

Turnover number predictions for kinetically uncharacterized enzymes using machine and deep learning

Autoren: Alexander Kroll, Yvan Rousset, Xiao-Pan Hu, Nina A. Liebrand, Martin J. Lercher
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Portfolio
DOI: 10.5281/ZENODO.14834178

DLKcat cannot predict meaningful <i>k</i>cat values for mutants and unfamiliar enzymes

Autoren: Alexander Kroll, Martin J Lercher
Veröffentlicht in: Biology Methods and Protocols, Ausgabe 9, 2024, ISSN 2396-8923
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.5281/ZENODO.14833203