SPOT: A machine learning model that predicts specific substrates for transport proteins
(odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Autorzy:
Alexander Kroll, Nico Niebuhr, Gregory Butler, Martin J. Lercher
Opublikowane w:
PLOS Biology, Numer 22, 2024, ISSN 1545-7885
Wydawca:
Public Library of Science (PLOS)
DOI:
10.5281/ZENODO.14825942
Current Opinion in Structural Biology
(odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Autorzy:
Alexander Kroll; Yvan Rousset
Opublikowane w:
Current Opinion in Structural Biology, 2025, ISSN 0959-440X
Wydawca:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/J.SBI.2025.103070
A multimodal Transformer Network for protein-small molecule interactions enhances predictions of kinase inhibition and enzyme-substrate relationships
(odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Autorzy:
Alexander Kroll; Sahasra Ranjan; Martin J. Lercher
Opublikowane w:
PLOS Computational Biology, Numer 20, 2024, ISSN 1553-7358
Wydawca:
Public Library of Science (PLOS)
DOI:
10.5281/ZENODO.14825174
A general model to predict small molecule substrates of enzymes based on machine and deep learning
(odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Autorzy:
Alexander Kroll, Sahasra Ranjan, Martin K. M. Engqvist, Martin J. Lercher
Opublikowane w:
Nature Communications, Numer 14, 2023, ISSN 2041-1723
Wydawca:
Nature Portfolio
DOI:
10.5281/ZENODO.14834354
DeepMolecules: a web server for predicting enzyme and transporter–small molecule interactions
(odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Autorzy:
Alexander Kroll, Yvan Rousset, Thomas Spitzlei, Martin J Lercher
Opublikowane w:
Nucleic Acids Research, 2025, ISSN 0305-1048
Wydawca:
Oxford University Press (OUP)
DOI:
10.1093/NAR/GKAF343
Turnover number predictions for kinetically uncharacterized enzymes using machine and deep learning
(odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Autorzy:
Alexander Kroll, Yvan Rousset, Xiao-Pan Hu, Nina A. Liebrand, Martin J. Lercher
Opublikowane w:
Nature Communications, Numer 14, 2023, ISSN 2041-1723
Wydawca:
Nature Portfolio
DOI:
10.5281/ZENODO.14834178
DLKcat cannot predict meaningful <i>k</i>cat values for mutants and unfamiliar enzymes
(odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Autorzy:
Alexander Kroll, Martin J Lercher
Opublikowane w:
Biology Methods and Protocols, Numer 9, 2024, ISSN 2396-8923
Wydawca:
Oxford University Press (OUP)
DOI:
10.5281/ZENODO.14833203