Personalised blueprint intestinal health

Projektinformationen

miGut-Health

ID Finanzhilfevereinbarung: 101095470

DOI

10.3030/101095470

EK-Unterschriftsdatum 11 November 2022

Startdatum 1 Januar 2023

Enddatum 31 Dezember 2026

Finanziert unter

• Health

Gesamtkosten

€ 7 131 243,75

EU-Beitrag

€ 7 126 243,75

Koordiniert durch

UNIVERSITATSKLINIKUM SCHLESWIG-HOLSTEIN
Germany

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (23)

Mucosal host-microbe interactions associate with clinical phenotypes in inflammatory bowel disease

Autoren: Shixian Hu, Arno R. Bourgonje, Ranko Gacesa, Bernadien H. Jansen, Johannes R. Björk, Amber Bangma, Iwan J. Hidding, Hendrik M. van Dullemen, Marijn C. Visschedijk, Klaas Nico Faber, Gerard Dijkstra, Hermie J. M. Harmsen, Eleonora A. M. Festen, Arnau Vich
Veröffentlicht in: Nature Communication, Ausgabe 15, 1470 (2024), 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Communications
DOI: 10.1038/s41467-024-45855-2

The Role of Environmental Factors Prior to Diagnosis on the Activity and Severity of Inflammatory Bowel Diseases—Results From the Prospective Population‐Based Copenhagen Inflammatory Bowel Disease Inception Cohort

Autoren: Mohamed Attauabi, Gorm Roager Madsen, Flemming Bendtsen, Johan Burisch, Jakob Benedict Seidelin
Veröffentlicht in: United European Gastroenterology Journal, 2025, ISSN 2050-6406
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/UEG2.12737

Preclinical Protein Signatures of Crohn’s Disease and Ulcerative Colitis: A Nested Case-Control Study Within Large Population-Based Cohorts

Autoren: Olle Grännö, Daniel Bergemalm, Benita Salomon, Carl Mårten Lindqvist, Charlotte R. H. Hedin, Marie Carlson, Katharina Dannenberg, Erik Andersson, Åsa V. Keita, Maria K. Magnusson, Carl Eriksson, Vivekananda Lanka, Patrik K.E. Magnusson, Mauro D’Amato...
Veröffentlicht in: Gastroenterology, Ausgabe 6, 2024, ISSN 1528-0012
Herausgeber: Elsevier Inc.
DOI: 10.1053/j.gastro.2024.11.006

Synergy between culturomics and metagenomics of health status-associated gut bacteria originating from non-IBD and IBD populations

Autoren: N. Plomp, R. Gacesa, J. Slager, J. N. Samsom, K. N. Faber, I. H. Jonkers, S. Withoff, C. Wijmenga, R. K. Weersma, H. J. M. Harmsen
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 15, 2025, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41598-025-29138-4

Bulk T cell repertoire sequencing (TCR-Seq) is a powerful technology for understanding inflammation-mediated diseases

Autoren: Aya K.H. Mahdy, Evgeniya Lokes, Valentina Schöpfel, Valeriia Kriukova, Olga V. Britanova, Tim A. Steiert, Andre Franke, Hesham ElAbd
Veröffentlicht in: Journal of Autoimmunity, Ausgabe 149, 2024, ISSN 0896-8411
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.JAUT.2024.103337

The gut microbiome across the cardiovascular risk spectrum

Autoren: Femke M Prins, Valerie Collij, Hilde E Groot, Johannes R Björk, J Casper Swarte, Sergio Andreu-Sánchez, Bernadien H Jansen, Jingyuan Fu, Hermie J M Harmsen, Alexandra Zhernakova, Erik Lipsic, Pim va
Veröffentlicht in: European Journal of Preventive Cardiology, Ausgabe 31, 2024, ISSN 2047-4873
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/EURJPC/ZWAD377

Comparing Environmental Risk Factors at Diagnosis in Faroese and Danish Patients with Inflammatory Bowel Disease

Autoren: Nielsen, Kári Rubek; Modin, Frederikke Agerbo; Midjord, Jóngerð; Vang, Amanda; Berbisá, Marjun á.Fríðriksmørk; Johannesen, Herborg Líggjasardóttir; Dahlerup, Jens Frederik; Andersen, Vibeke; Neumann, Anders; Kjeldsen, Jens; Pedersen, Natalia; Langholz, Ebbe; Munkholm, Pia; Hammer, Turid; Burisch, Johan
Veröffentlicht in: Digestive Diseases and Sciences, Ausgabe 69, 2024, ISSN 1573-2568
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1007/S10620-024-08721-1

Food-Related Behavioral Patterns in Patients with Inflammatory Bowel Diseases: The Role of Food Involvement and Health Engagement

Autoren: Lorenzo Palamenghi, Dilara Usta, Salvo Leone, Gunedalina Graffigna
Veröffentlicht in: Nutrients, Ausgabe 16(8), 1185, 2024, ISSN 2072-6643
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/nu16081185

Simultaneous profiling of the blood and gut T and B cell repertoires in Crohn’s disease and symptomatic controls illustrates tissue-specific alterations in the immune repertoire of individuals with Crohn’s disease

Autoren: Aya K. H. Mahdy, Valentina Schöpfel, Gert Huppertz-Hauss, Gøri Perminow, Florian Tran, Corinna Bang, Johannes R. Hov, May-Bente Bengtson, Petr Ricanek, Randi Opheim, Tone Bergene Aabrekk, Trond Espen Detlie, Vendel A. Kristensen, Mathilde Poyet, Marte Lie Høivik, Andre Franke, Hesham ElAbd
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, Ausgabe 16, 2025, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/FIMMU.2025.1638522

Untargeted faecal metabolomics for the discovery of biomarkers and treatment targets for inflammatory bowel diseases

Autoren: Vich Vila A, Zhang J, Liu M, Faber KN, Weersma RK
Veröffentlicht in: Gut, Ausgabe 73, 2024, ISSN 1468-3288
Herausgeber: BMJ Group
DOI: 10.1136/GUTJNL-2023-329969

The Substantial Role of Sleep, Stress, and Physical Activity in Persistent High Levels of Fatigue in Patients With Inflammatory Bowel Disease: A Longitudinal Trajectory Study

Autoren: Quirine M Bredero, Joke Fleer, Denise M Blom, Arno R Bourgonje, Gerard Dijkstra, Maya J Schroevers
Veröffentlicht in: Journal of Crohn's and Colitis, Ausgabe 19, 2025, ISSN 1873-9946
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/ECCO-JCC/JJAE163

Reasons for (Not) Seeking Care for Fatigue and Care Needs Among Patients With Inflammatory Bowel Disease: A Qualitative Interview Study

Autoren: Quirine M. Bredero, Milou M. Ter Avest, Gerard Dijkstra, Joke Fleer, Maya J. Schroevers
Veröffentlicht in: Journal of Advanced Nursing, 2025, ISSN 0309-2402
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1111/JAN.16837

The gut microbiome in end-stage lung disease and lung transplantation

Autoren: Shuyan Zhang, J. Casper Swarte, Ranko Gacesa, Tim J. Knobbe, Daan Kremer, Bernadien H. Jansen, Martin H. de Borst, null null, Hermie J. M. Harmsen, Michiel E. Erasmus, Erik A. M. Verschuuren, Stephan J. L. Bakker, C. Tji Gan, Rinse K. Weersma, Johannes R. Björk, Coby Annema, Stephan J. L. Bakker, Stefan P. Berger, Hans Blokzijl, Frank A. J. A. Bodewes, Marieke T. de Boer, Kevin Damman, Martin H. de Borst, Arjan Diepstra, Gerard Dijkstra, Rianne M. Douwes, Caecilia S. E. Doorenbos, Michele F. Eisenga, Michiel E. Erasmus, C. Tji Gan, Eelko Hak, Bouke G. Hepkema, Frank Klont, Tim J. Knobbe, Daan Kremer, Henri G. D. Leuvenink, Willem S. Lexmond, Vincent E. de Meijer, Hubert G. M. Niesters, Gertrude J. Nieuwenhuis-Moeke, L. Joost van Pelt, Robert A. Pol, Robert J. Porte, Adelta V. Ranchor, Marion J. Siebelink, Riemer J. H. J. A. Slart, J. Casper Swarte, Daan J. Touw, Marius C. van den Heuvel, Coretta van Leer-Buter, Marco van Londen, Erik A. M. Verschuuren, Michel J. Vos, Rinse K. Weersma, Antonio W. Gomes Neto, Jan Stephan F. Sanders
Veröffentlicht in: mSystems, Ausgabe 9, 2024, ISSN 2379-5077
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/MSYSTEMS.01312-23

Lifestyle and psychosocial factors in inflammatory bowel disease: Prevalence, impact, motivation, and support needs

Autoren: Karlijn Demers, Evelien M. B. Hendrix, Ashkan Rezazadeh Ardabili, Quirine M. Bredero, Ad A. van Bodegraven, Daniëlle van der Horst, Daisy M. A. E. Jonkers, Merel L. Kimman, Zlatan Mujagic, Mariëlle
Veröffentlicht in: PLOS One, Ausgabe 20, 2025, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/JOURNAL.PONE.0331092

Repertoire-based mapping and time-tracking of T helper cell subsets in scRNA-Seq

Autoren: Daniil K. Lukyanov, Valeriia V. Kriukova, Kristin Ladell, Irina A. Shagina, Dmitry B. Staroverov, Bella E. Minasian, Anna S. Fedosova, Pavel Shelyakin, Oleg N. Suchalko, Alexander Y. Komkov, Konstanti
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, Ausgabe 16, 2025, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/FIMMU.2025.1536302

Decoding the etiology of immune-mediated inflammatory diseases statistically

Autoren: Hesham ElAbd, Aya K. H. Mahdy
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, Ausgabe 16, 2025, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/FIMMU.2025.1610662

Incidence, Disease Burden, and Clinical Presentation of Patients Newly Diagnosed With Inflammatory Bowel Disease in a Population-Based Inception Cohort

Autoren: Mohamed Attauabi, Gorm Roager Madsen, Flemming Bendtsen, Jakob Benedict Seidelin, Johan Burisch
Veröffentlicht in: Journal of Crohn's and Colitis, Ausgabe 19, 2025, ISSN 1873-9946
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/ECCO-JCC/JJAE176

Psychological stress and eating behaviors as interacting influences on patient–reported disease activity in Italian patients with inflammatory bowel disease

Autoren: Dilara Usta, Marta Acampora, Andresa Costa Pereira, Mariarosaria Savarese, Maria Stella De Rocchis, Luisa Avedano, Salvo Leone, Guendalina Graffigna, null null, Andre Franke, Jurgita Skiecevičienė,
Veröffentlicht in: Scientific Reports, 2025, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41598-025-29573-3

T cell receptor clonotypes predict human leukocyte antigen allele carriage and antigen exposure history

Autoren: Hesham ElAbd, Aya K. H. Mahdy, Eike Matthias Wacker, Maria Gretsova, David Ellinghaus, Astrid Dempfile, Andre Franke
Veröffentlicht in: Communications Biology, Ausgabe 9, 2026, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S42003-025-09140-2

T and B cell responses against Epstein–Barr virus in primary sclerosing cholangitis

Autoren: Hesham ElAbd, Mitchell Pesesky, Gabriel Innocenti, Brian K. Chung, Aya K. H. Mahdy, Valeriia Kriukova, Laila Kulsvehagen, Dennis Strobbe, Claudia Stühler, Gabriele Mayr, Damon H. May, Melanie Prinzen
Veröffentlicht in: Nature Medicine, Ausgabe 31, 2025, ISSN 1078-8956
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41591-025-03692-W

Health-related quality of life is linked to the gut microbiome in kidney transplant recipients

Autoren: J. Casper Swarte, Tim J. Knobbe, Johannes R. Björk, Ranko Gacesa, Lianne M. Nieuwenhuis, Shuyan Zhang, Arnau Vich Vila, Daan Kremer, Rianne M. Douwes, Adrian Post, Evelien E. Quint, Robert A. Pol, Bernadien H. Jansen, null null, C. Annema, F. A. J. A. Bodewes, M. T. de Boer, K. Damman, A. Diepstra, G. Dijkstra, C. S. E. Doorenbos, M. F. Eisenga, M. E. Erasmus, C. T. Gan, A. W. Gomes Neto, E. Hak, B. G. Hepkema, F. Klont, H. G. D. Leuvenink, W. S. Lexmond, G. J. Nieuwenhuis-Moeke, H. G. M. Niesters, L. J. van Pelt, A. V. Ranchor, J. S. F. Sanders, M. J. Siebelink, R. J. H. J. A. Slart, D. J. Touw, M. C. van den Heuvel, C. van Leer-Buter, M. van Londen, E. A. M. Verschuuren, M. J. Vos, Martin H. de Borst, Vincent E. de Meijer, Hans Blokzijl, Stefan P. Berger, Eleonora A. M. Festen, Alexandra Zhernakova, Jingyuan Fu, Hermie J. M. Harmsen, Stephan J. L. Bakker, Rinse K. Weersma
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41467-023-43431-8

Multi-centered T cell repertoire profiling identifies alterations in the immune repertoire of individuals with inflammatory bowel disease across different disease stages

Autoren: Aya K. H. Mahdy, Hesham ElAbd, Érika Endo Kokubun, Valeriia Kriukova, Mitchell Pesesky, Damon H. May, Christine Olbjørn, Gøri Perminow, May-Bente Bengtson, Petr Ricanek, Svend Andersen, Trond Espen Detlie, Vendel A. Kristensen, Bjørn Moum, Morten H. Vatn, Jørgen Jahnsen, Bernd Bokemeyer, Johannes Roksund Hov, Jonas Halfvarson, Stefan Schreiber, Bryan Howie, Harlan S. Robins, Marte Lie Høivik, Andre Franke, null null
Veröffentlicht in: Genome Medicine, Ausgabe 18, 2026, ISSN 1756-994X
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/S13073-025-01575-W

Phage-display immunoprecipitation sequencing of the antibody epitope repertoire in inflammatory bowel disease reveals distinct antibody signatures

Autoren: Arno R. Bourgonje; Sergio Andreu-Sánchez; Thomas Vogl; Shixian Hu; Arnau Vich Vila; Ranko Gacesa; Sigal Leviatan; Alexander Kurilshikov; Shelley Klompus; Iris N. Kalka; Hendrik M. van Dullemen; Adina Weinberger; Marijn C. Visschedijk; Eleonora A.M. Festen; Klaas Nico Faber; Cisca Wijmenga; Gerard Dijkstra; Eran Segal; Jingyuan Fu; Alexandra Zhernakova; Rinse K. Weersma
Veröffentlicht in: Immunity, Ausgabe Vol. 56, issue 6, 2023, ISSN 1097-4180
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.immuni.2023.04.017