Development of an In-Vivo Brillouin Microscope (with application to Protein Aggregation-based Pathologies)

Informazioni relative al progetto

IVBM-4PAP

ID dell’accordo di sovvenzione: 101098989

DOI

10.3030/101098989

Data della firma CE 16 Dicembre 2022

Data di avvio 1 Marzo 2023

Data di completamento 31 Agosto 2026

Finanziato da

• The European Innovation Council (EIC)

Costo totale

€ 3 868 938,00

Contributo UE

€ 3 868 938,00

Coordinato da

FONDAZIONE ISTITUTO ITALIANO DI TECNOLOGIA
Italy

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

Data Management Plan (3)

RP2 update of the Data Management Plan
RP1 update of the Data Management Plan
Data Management Plan

Documents, reports (8)

Identification of MLL4 mutations affecting condensates formation
Tau and alpha-synuclein variants
Generation of four endoOpto-MLL4 modules in MSCs
Design of the RF cavity
Tau Biomolecular condensates
Plan for Dissemination and Exploitation including Communication Activities
Project website and logo

Website and project logo information with also social media links

Measurement of nuclear mechanical properties by standard BM

Demonstrators, pilots, prototypes (3)

Fast scanning implemented
Fast scanning simulated
RF cavity ready for the IVBM

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (26)

Computational structural-based GPCR optimization for user-defined ligand: implications for the development of biosensors

Autori: L. DiRienzo, M. Miotto, E. Milanetti, and G. Ruocco.
Pubblicato in: Computational and Structural Biotechnology Journal, ISSN 2001-0370
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/J.CSBJ.2023.05.004

Journal of Molecular Biology

Autori: Gian Gaetano Tartaglia, Hanne Hollås, Bjarte Håvik, Anni Vedeler, Annalisa Pastore
Pubblicato in: Journal of Molecular Biology, Numero 437, 2025, ISSN 0022-2836
Editore: Academic Press
DOI: 10.1016/J.JMB.2024.168933

Localised Therapies Using 3D‐Printed Collagen‐Based Micro‐Implant for Ocular Indications

Autori: Hamid Heidari Kashkooli, Arian Farokh, Sajad Mohammadi, Martina Marcotulli, Silvia Franco, Roberta Angelini, Giancarlo Ruocco, Hanieh Khalili, Gianluca Cidonio
Pubblicato in: Macromolecular Materials and Engineering, 2025, ISSN 1438-7492
Editore: Wiley
DOI: 10.1002/MAME.202400236

Rationalizing the effects of RNA modifications on protein interactions

Autori: Andrea Vandelli, Laura Broglia, Alexandros Armaos, Riccardo Delli Ponti, Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Molecular Therapy - Nucleic Acids, Numero 35, 2024, ISSN 2162-2531
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.OMTN.2024.102391

Retinal Fingerprints of ALS in Patients: Ganglion Cell Apoptosis and TDP-43/p62 Misplacement.

Autori: Pediconi, Natalia; Gigante, Ylenia; Cama, Silvia; Pitea, Martina; Mautone, Lorenza; Ruocco, Giancarlo; Ghirga, Silvia; Di Angelantonio, Silvia
Pubblicato in: Frontiers in Aging Neuroscience, 2023, ISSN 1663-4365
Editore: Frontiers
DOI: 10.3389/fnagi.2023.1110520

Scientific Reports

Autori: Lorenzo Barolo, Ylenia Gigante, Lorenza Mautone, Silvia Ghirga, Alessandro Soloperto, Alessandra Giorgi, Francesca Ghirga, Martina Pitea, Alessio Incocciati, Francesco Mura, Giancarlo Ruocco, Alberto Boffi, Paola Baiocco, Silvia Di Angelantonio
Pubblicato in: Scientific Reports, Numero 14, 2024, ISSN 2045-2322
Editore: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41598-024-62188-8

Two receptor binding strategy of SARS-CoV-2 is mediated by both the N-terminal and receptor-binding spike domain

Autori: M. Monti, E. Milanetti, M. T. Frans, M. Miotto, L. DiRienzo, M. V. Baranov, G. Gosti, A. K. Somavarapu, M. Nagaraj, T. W. Golbeck, E. Rossing, S. J. Moons, T. J. Boltje, G. van der Bogaart,..., G. G. Tartaglia, G. Ruocco, and S. J. Roeters
Pubblicato in: Journal of Physical Chemistry B, ISSN 1520-5207
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/ACS.JPCB.3C06258

Exploring the NANOG-TET2 interaction interface. Effects of a selected mutation and hypothesis on the clinical correlation with anemias

Autori: Claudia Testi, Roberta Piacentini, Alessandro Perrone, Chiara Bartoli, Daniele Leso, Domitilla Pavia, Elisa Pistolesi, Flavio Scipione, Irene Cotronea, Marco Adinolfi Falcone, Marco Ierani, Alberto Boffi, Lorenzo Di Rienzo
Pubblicato in: Frontiers in Chemical Biology, Numero 3, 2025, ISSN 2813-530X
Editore: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/FCHBI.2024.1517163

Nature Communications

Autori: Johanna Luige, Alexandros Armaos, Gian Gaetano Tartaglia, Ulf Andersson Vang Ørom
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-024-46731-9

Molecular dynamics analysis of Superoxide Dismutase 1 mutations suggests decoupling between mechanisms underlying ALS onset and progression

Autori: M. Kalia, M. Miotto, ..., G. Ruocco, E. Milanetti, R. Dobson, A. Al Chalabi, and A. Iacoangeli.
Pubblicato in: Computational and Structural Biotechnology Journal, ISSN 2001-0370
Editore: ScienceDirect
DOI: 10.1016/J.CSBJ.2023.09.016

Reference-less wavefront shaping in an Hopfield-like rough intensity landscape

Autori: Marco Leonetti; Luca Leuzzi; Giancarlo Ruocco
Pubblicato in: Optic Express, 2023, ISSN 1094-4087
Editore: Optica Publishing Group
DOI: 10.1364/oe.492055

Design of protein-binding peptides with controlled binding affinity: the case of SARS-CoV-2 receptor binding domain and ACE2-derived peptides

Autori: G. Parisi, R. Piacentini, A. Incocciati, A. Bonamore, A. Macone, J. Rupert, E. Zacco, M. Miotto, E. Milanetti, G. G. Tartaglia, G. Ruocco, A. Boffi, and L. Di Rienzo.
Pubblicato in: Frontiers in Molecular Biosciences, ISSN 2296-889X
Editore: Frontiers
DOI: 10.3389/FMOLB.2023.1332359

Synchronized motion of interface residues for evaluating protein–<scp>RNA</scp> complex binding affinity: Application to aptamer‐mediated inhibition of <scp>TDP‐43</scp> aggregates

Autori: Francesco Paolo Panei, Lorenzo Di Rienzo, Elsa Zacco, Alexandros Armaos, Gian Gaetano Tartaglia, Giancarlo Ruocco, Edoardo Milanetti
Pubblicato in: Protein Science, Numero 33, 2024, ISSN 0961-8368
Editore: Wiley
DOI: 10.1002/PRO.5201

RNA sequestration driven by amyloid formation: the alpha synuclein case

Autori: Jakob Rupert, Michele Monti, Elsa Zacco, Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: NAR, ISSN 1362-4962
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/NAR/GKAD857

A Model Eye for fluorescent characterization of retinal cultures and tissues

Autori: G. Ferraro, Y. Gigante, M. Pitea, L. Mautone, G. Ruocco, S. Di Angelantonio, and M. Leonetti.
Pubblicato in: Scientific Reports, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/S41598-023-37806-6

Computational evidences of a misfolding event in an aggregation-prone light chain preceding the formation of the non-native pathogenic dimer

Autori: F. Desantis, M. Miotto, E. Milanetti, G. Ruocco, and L. Di Rienzo.
Pubblicato in: Proteins: Structure Function and Bioinformatics, ISSN 1097-0134
Editore: Wiley
DOI: 10.1002/PROT.26672

Progressive alteration of murine bladder elasticity in actinic cystitis detected by Brillouin microscopy

Autori: Laura Martinez-Vidal, Claudia Testi, Emanuele Pontecorvo, Filippo Pederzoli, Elisa Alchera, Irene Locatelli, Chiara Venegoni, Antonello Spinelli, Roberta Lucianò, Andrea Salonia, Alessandro Podestà, Giancarlo Ruocco & Massimo Alfano
Pubblicato in: Scientific Reports, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/S41598-023-51006-2

Differences in the organization of interface residues tunes the stability of the SARS-CoV-2 spike-ACE2 complex

Autori: Mattia, Miotto; Lorenzo, Di Rienzo; Greta, Grassmann; Fausta, Desantis; Gianluca, Cidonio; Giorgio, Gosti; Marco, Leonetti; Giancarlo, Ruocco; Edoardo, Milanetti
Pubblicato in: Frontiers in Molecular Biosciences, 2023, ISSN 2296-889X
Editore: Frontiers
DOI: 10.3389/fmolb.2023.1205919

Osmolyte-induced protein stability changes explained by graph theory

Autori: Mattia Miotto, Nina Warner, Giancarlo Ruocco, Gian Gaetano Tartaglia, Oren A. Scherman, Edoardo Milanetti
Pubblicato in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numero 23, 2025, ISSN 2001-0370
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CSBJ.2024.10.014

A size-dependent division strategy accounts for leukemia cell size heterogeneity

Autori: Mattia Miotto, Simone Scalise, Marco Leonetti, Giancarlo Ruocco, Giovanna Peruzzi, Giorgio Gosti
Pubblicato in: Communications Physics, 2024, ISSN 2399-3650
Editore: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S42005-024-01743-1

Computational Approaches to Predict Protein–Protein Interactions in Crowded Cellular Environments

Autori: Greta Grassmann, Mattia Miotto, Fausta Desantis, Lorenzo Di Rienzo, Gian Gaetano Tartaglia, Annalisa Pastore, Giancarlo Ruocco, Michele Monti, Edoardo Milanetti
Pubblicato in: Chemical Reviews, Numero 124, 2024, ISSN 0009-2665
Editore: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.CHEMREV.3C00550

Journal of Physical Chemistry Letters

Autori: Mattia Miotto, Edoardo Milanetti, Riccardo Mincigrucci, Claudio Masciovecchio, Giancarlo Ruocco
Pubblicato in: The Journal of Physical Chemistry Letters, Numero 15, 2024, ISSN 1948-7185
Editore: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JPCLETT.3C03632

Prediction of protein-RNA interactions from single-cell transcriptomic data

Autori: Jonathan Fiorentino, Alexandros Armaos, Alessio Colantoni, Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, ISSN 1362-4962
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/NAR/GKAE076

Electrostatic complementarity at the interface drives transient protein-protein interactions

Autori: G. Grassmann, L. Di Rienzo, G. Gosti, M. Leonetti, G. Ruocco, M. Miotto, and E. Milanetti.
Pubblicato in: Scientific Reports, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/S41598-023-37130-Z

Advantages of integrating Brillouin microscopy in multimodal mechanical mapping of cells and tissues

Autori: Chenchen Handler, Claudia Testi, Giuliano Scarcelli
Pubblicato in: Current Opinion in Cell Biology, Numero 88, 2024, ISSN 0955-0674
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CEB.2024.102341

Stochastically structured illumination microscopy scan less super resolution imaging

Autori: Denzel Fusco, Emmanouil Xypakis, Ylenia Gigante, Lorenza Mautone, Silvia Di Angelantonio, Giorgia Ponsi, Giancarlo Ruocco, Marco Leonetti
Pubblicato in: npj Imaging, Numero 2, 2024, ISSN 2948-197X
Editore: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S44303-024-00047-X

Other (2)

Collective behavior and self-organization in neural rosette morphogenesis

Autori: M. Miotto, M. Rosito, M. Paoluzi, V. de Turris, V. Folli, M. Leonetti, G. Ruocco, A. Rosa, and G. Gosti.
Pubblicato in: Frontiers in Cell and Developmental Biology, ISSN 2296-634X
Editore: Frontiers
DOI: 10.3389/FCELL.2023.1134091

May the force be with you: Nuclear condensates function beyond transcription control: Potential nongenetic functions of nuclear condensates in physiological and pathological conditions

Autori: Negri Maria Luce, D'Annunzio Sarah, Vitali Giulia, Zippo Alessio
Pubblicato in: BioEssays, ISSN 1521-1878
Editore: WILEY Online Library
DOI: 10.1002/BIES.202300075