Opis projektu
Badanie powiązań między modyfikacjami potranslacyjnymi u S. cerevisiae
Modyfikacje potranslacyjne (PTM) to zmiany chemiczne regulujące funkcjonowanie białek. Oddziałują one ze sobą poprzez wysyłanie sygnałów, które wpływają na siebie nawzajem w celu regulacji adaptacji komórkowej, w związku z czym nieprawidłowe interakcje między modyfikacjami często wiążą się z rozwojem chorób. Wiedza na temat złożoności tych wzajemnych oddziaływań może przyczynić się do lepszego zrozumienia etiologii i leczenia niektórych chorób. Celem finansowanego przez Europejską Radę ds. Badań Naukowych projektu PTMtalk jest opracowanie systematycznej metody badania funkcji, jaką pełnią wzajemne odziaływania PTM, i ich regulacji na przykładzie S. cerevisiae (drożdży piekarskich). Zespół projektu zamierza połączyć zaawansowane metody edycji oparte na CRISPR, aby stworzyć 30 000 mutantów PTM we wszystkich białkach zaangażowanych w szlaki sygnałów do chromatyny, a także opracować skalowalne podejście biologii systemów oparte na genetyce odwrotnej i chemogenomice umożliwiające profilowanie tych mutantów w 150 różnych warunkach stresowych.
Cel
Post-translational modifications (PTMs) regulate all aspects of protein functionality. Dysregulation of PTMs or the enzymes that regulate them is frequently associated with disease. Far from working in isolation, PTMs crosstalk with each other creating decision-making circuits that regulate the cellular adaptation to fluctuating environments. PTM crosstalk is a regulatory layer of the proteome across the tree of life. However, to what extent and how PTM crosstalk regulates biological processes is a long-standing question in biology that is experimentally challenging to tackle. The challenges lie in the natural complexity and infinite combinatorial possibilities of PTMs, and the lack of unbiased systematic methods to study their function.
We will use a combination of state-of-the-art CRISPR-based editing methods to construct 30.000 PTM-mutants in all the proteins involved in the signalling-to-chromatin pathways, and a scalable systems biology approach based on reverse genetics and chemical genomics to profile these mutants under 150 stress conditions. Mutants with similar phenotypic profiles are functionally associated, allowing us to infer functional relationships for PTMs, regulators and conditions. These functional associations will provide conditional regulatory PTM crosstalk events at an unprecedented scale. We will further mechanistically dissect the function of selected PTM crosstalk events by interrogating protein activity, cellular localization and interactions. Moreover, we will dissect their directionality and modularity. We expect these findings to be transferable to other eukaryotes due to the high degree of conservation in these core biological processes. Overall, this project will revolutionise the PTM field providing ground-breaking insights into the functional understanding of PTM crosstalk and their regulation in S. cerevisiae and unlocking the door for cracking the PTM code within and across biological processes.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
- nauki przyrodniczenauki biologicznebiochemiabiocząsteczkibiałkaproteomika
- nauki przyrodniczenauki biologicznebiochemiabiocząsteczkibiałkaenzymy
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Program(-y)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Temat(-y)
System finansowania
HORIZON-ERC - HORIZON ERC GrantsInstytucja przyjmująca
28006 Madrid
Hiszpania