Skip to main content
Przejdź do strony domowej Komisji Europejskiej (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
polski pl
CORDIS - Wyniki badań wspieranych przez UE
CORDIS

SUffix trees meet REgular languages

Opis projektu

Nowa era przetwarzania danych w oparciu o grafy

W dobie coraz bardziej złożonych i wzajemnie powiązanych danych ważne jest określenie granic przetwarzania ciągów znaków w kontekście współczesnych wyzwań, takich jak sieci społecznościowe i pangenomika, które wymagają przejścia na znakowane grafy. Projekt SURE, wspierany przez program działań „Maria Skłodowska-Curie”, przewiduje stworzenie nowej, wszechstronnej struktury danych poprzez rozszerzenie drzew sufiksowych (które nie są już złotym standardem dla ciągów liniowych) na automaty i grafy. To łączące algorytmy, kompresję danych i bioinformatykę podejście jest kluczowe dla zarządzania zróżnicowanymi danymi genomicznymi bez opierania się na pojedynczym genomie odniesienia. Zespół wprowadza również nowy paradygmat badania języków regularnych, torując drogę do efektywniejszej analizy danych.

Cel

The SURE project (SUffix trees meet REgular languages) is an interdisciplinary project at the intersection of several areas: Algorithms, Data Compression, Automata Theory and Bioinformatics. Its primary objective is to extend the suffix tree, the most important data structure for string processing, to labeled graphs and automata, and to use this new paradigm for studying regular languages.

The suffix tree of a string supports a myriad of natural queries on strings, including multiple pattern matching variants. Suffix trees inspired a variety of related data structures for string algorithms, such as the suffix array, the Burrows-Wheeler transform and the FM-index.

Today’s world demands the processing and analysis of increasingly complex, interrelated data. All these relationships can be captured by using (labeled) graphs. For example, the World Wide Web can be modeled as a graph, where elements are connected through hyperlinks. Graphs are also widely used to model social networks and to create databases. The SURE project will lead to a new data structure, the suffix tree of a graph, efficiently supporting all previous queries on graphs. This will be crucial in the emerging field of pangenomics, where graphs can store multiple genomes, overcoming the inherent bias of a single reference genome.

Graphs provide a natural framework for analyzing regular languages in automata theory. Recent results indicate that several string-processing data structures suggest a new paradigm for analyzing regular languages. The SURE project will extend this paradigm through the suffix tree of a graph, proving that the same ideas can be applied to other formalisms (such as omega-regular languages). We will also show how to study the hierarchy of regular languages induced by these data structures through the lens of regular expressions and logic.

Dziedzina nauki (EuroSciVoc)

Słowa kluczowe

Program(-y)

Temat(-y)

System finansowania

HORIZON-TMA-MSCA-PF-GF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - Global Fellowships

Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu finansowania

Zaproszenie do składania wniosków

(odnośnik otworzy się w nowym oknie) HORIZON-MSCA-2025-PF

Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego zaproszenia

Koordynator

GRAN SASSO SCIENCE INSTITUTE
Wkład UE netto
€ 250 643,40
Adres
VIA FRANCESCO CRISPI 7
67100 L'Aquila
Włochy
Region
Sud Abruzzo L’Aquila
Rodzaj działalności
Higher or Secondary Education Establishments
Linki
Koszt całkowity
Brak danych

Partnerzy (2)