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Contenuto archiviato il 2024-06-18

Identification and characterization of primate-specific duplications and an assessment of intra-specific patterns of selection and copy-number variation

Obiettivo

Segmental Duplications (SDs) can be defined as blocks of DNA ranging from 1-400kb in length with copies found in multiple sites and typically share high sequence similarity (>90%). Studies based in both experimental and computational analyses show that ~5% of the human genome is composed of duplicated sequences. More generally, primate genomes have been found enriched for this complex patterns of interspersed segmental duplications.This 5% of euchromatin differs in structure and content between closely related primates and is not easily resolved by whole-genome shotgun sequence assembly methods.This proposal focuses on this 5% of the genome that historically has been the most difficult for sequence and assembly.The aim of this research is to reconstruct the evolutionary history of all primate segmental duplications in 6 species of primates (Human, Chimpanzee, Orangutan, Gibbon and Macaque and Marmoset) and to understand gene innovations that have emerged within these dynamic genomic regions. The Main goals of the proposal are: 1.SDs detection and analysis of non-human primate genomes. 2.SDs validation (by means of FISH and CGH arrays hybridizations) 3.Analyze species-specific functional elements and their polymorphism and divergence patterns The proposed work not only can assist/direct efforts in these regions but serve as a benchmark of the quality of the final sequenced genomes, and, as such, benefit the genomics/evolutionary/genetics community as a whole. The long-term goal is to create an integrated view of the evolution of primate segmental duplications by studying changes in the composition, frequency, size and location at the major branchpoints in the primate phylogeny. This work has the ancillary benefit that it will provide inssight the origin of SD structure associated with genomic disease and characterize lineage-specific genes relevant to realization of these primates as models of human disease and to the adaptation of these species.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Parole chiave

Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

FP7-PEOPLE-2007-4-1-IOF
Vedi altri progetti per questo bando

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

MC-IOF - International Outgoing Fellowships (IOF)

Coordinatore

UNIVERSIDAD POMPEU FABRA
Contributo UE
€ 233 921,24
Indirizzo
PLACA DE LA MERCE, 10-12
08002 Barcelona
Spagna

Mostra sulla mappa

Regione
Este Cataluña Barcelona
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

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