Skip to main content
Przejdź do strony domowej Komisji Europejskiej (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
polski polski
CORDIS - Wyniki badań wspieranych przez UE
CORDIS

Computational and functional annotation of genomic elements during development of the model vertebrate zebrafish

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

ChIP-seq datasets (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Datasets for specific TF and histones modification in the developing zebrafish embryo.

Gene expression datasets (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

CAGE RNA-seq datasets for the early zebrafish embryo

Manuscript preparation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

ESR16 together with ESR15 will write a manuscript for publication to open the DCC data, for example in the “Scientific Data” journal. due date: manuscript for submission ready November 2018

Low cell number and single cell protocols (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Methods to profile epigenome and transcriptome of low cell number populations and single cells

Analysis of transcriptome datasets, including non-coding elements (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

RNA-seq datasets from zebrafish developmental transitions, including lncRNAs and mobile genomic elements.

Verification of sequence variants (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Reports on functional validation of zebrafish and human sequence variants

Establishment of curated high quality zebrafish sequence data repository. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

ESR3 and ESR14 collected zebrafish sequencing data from the ZENCODE-ITN members together with structured data annotation. The pilot study showed that scaling up of this effort toward the whole zebrafish community will require large efforts for the curation of the collected data and the collected data annotation. ESR15 as research assistant will conduct the careful data annotation which will facilitate the establishment of the most comprehensive zebrafish sequencing data repository

Software packages (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Software for detecting and classify genomic elements and characteristics, including in single cells, and for integration and visualization of data sets

Publikacje

Mutation of a serine near the catalytic site of the choline acetyltransferase a gene almost completely abolishes motility of the zebrafish embryo (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Swarnima Joshi, Sanamjeet Virdi, Christelle Etard, Robert Geisler, Uwe Strähle
Opublikowane w: PLOS ONE, Numer 13/11, 2018, Strona(/y) e0207747, ISSN 1932-6203
Wydawca: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0207747

Transcriptional regulation of endothelial cell behavior during sprouting angiogenesis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Hyun-Woo Jeong, Benjamín Hernández-Rodríguez, JungMo Kim, Kee-Pyo Kim, Rocio Enriquez-Gasca, Juyong Yoon, Susanne Adams, Hans R. Schöler, Juan M. Vaquerizas, Ralf H. Adams
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-00738-7

The Birth of the 3D Genome during Early Embryonic Development (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Clemens B. Hug, Juan M. Vaquerizas
Opublikowane w: Trends in Genetics, Numer 34/12, 2018, Strona(/y) 903-914, ISSN 0168-9525
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2018.09.002

TADtool: visual parameter identification for TAD-calling algorithms (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Kai Kruse, Clemens B. Hug, Benjamín Hernández-Rodríguez, Juan M. Vaquerizas
Opublikowane w: Bioinformatics, Numer 32/20, 2016, Strona(/y) 3190-3192, ISSN 1367-4803
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btw368

Wyszukiwanie danych OpenAIRE...

Podczas wyszukiwania danych OpenAIRE wystąpił błąd

Brak wyników

Moja broszura 0 0