Early Microbial Evolution

Phylogenetic analyses with systematic taxon sampling show that mitochondria branch within Alphaproteobacteria

Autoren: Lu Fan, Dingfeng Wu, Vadim Goremykin, Jing Xiao, Yanbing Xu, Sriram Garg, Chuanlun Zhang, William F. Martin, Ruixin Zhu
Veröffentlicht in: Nature Ecology & Evolution, Ausgabe 4/9, 2020, Seite(n) 1213-1219, ISSN 2397-334X
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-020-1239-x

A spectrum of verticality across genes

Autoren: Falk S. P. Nagies, Julia Brueckner, Fernando D. K. Tria, William F. Martin
Veröffentlicht in: PLOS Genetics, Ausgabe 16/11, 2020, Seite(n) e1009200, ISSN 1553-7404
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1009200

Older Than Genes: The Acetyl CoA Pathway and Origins

Autoren: William F. Martin
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 11, 2020, Seite(n) 21, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2020.00817

On Being the Right Size as an Animal with Plastids

Autoren: Cessa Rauch, Peter Jahns, Aloysius G. M. Tielens, Sven B. Gould, William F. Martin
Veröffentlicht in: Frontiers in Plant Science, Ausgabe 8, 2017, Seite(n) 1402, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2017.01402

Failure to Recover Major Events of Gene Flux in Real Biological Data Due to Method Misapplication

Autoren: Nils Kapust, Shijulal Nelson-Sathi, Barbara Schönfeld, Einat Hazkani-Covo, David Bryant, Peter J Lockhart, Mayo Röttger, Joana C Xavier, William F Martin
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, Ausgabe 10/5, 2018, Seite(n) 1198-1209, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evy080

Eukaryote lateral gene transfer is Lamarckian

Autoren: William F. Martin
Veröffentlicht in: Nature Ecology & Evolution, Ausgabe 2/5, 2018, Seite(n) 754-754, ISSN 2397-334X
Herausgeber: Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-018-0521-7

A physiological perspective on the origin and evolution of photosynthesis

Autoren: William F Martin, Donald A Bryant, J Thomas Beatty
Veröffentlicht in: FEMS Microbiology Reviews, Ausgabe 42/2, 2017, Seite(n) 205-231, ISSN 1574-6976
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/femsre/fux056

Native metals, electron bifurcation, and CO 2 reduction in early biochemical evolution

Autoren: Filipa L Sousa, Martina Preiner, William F Martin
Veröffentlicht in: Current Opinion in Microbiology, Ausgabe 43, 2018, Seite(n) 77-83, ISSN 1369-5274
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2017.12.010

Too Much Eukaryote LGT

Autoren: William F. Martin
Veröffentlicht in: BioEssays, Ausgabe 39/12, 2017, Seite(n) 1700115, ISSN 0265-9247
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.201700115

Protein Import and the Origin of Red Complex Plastids

Autoren: Sven B. Gould, Uwe-G. Maier, William F. Martin
Veröffentlicht in: Current Biology, Ausgabe 25/12, 2015, Seite(n) R515-R521, ISSN 0960-9822
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2015.04.033

Endosymbiotic gene transfer from prokaryotic pangenomes: Inherited chimerism in eukaryotes

Autoren: Chuan Ku, Shijulal Nelson-Sathi, Mayo Roettger, Sriram Garg, Einat Hazkani-Covo, William F. Martin
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 112/33, 2015, Seite(n) 10139-10146, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1421385112

Autocatalytic sets in E. coli metabolism

Autoren: Filipa L Sousa, Wim Hordijk, Mike Steel, William F Martin
Veröffentlicht in: Journal of Systems Chemistry, Ausgabe 6/1, 2015, ISSN 1759-2208
Herausgeber: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13322-015-0009-7

Origins of major archaeal clades correspond to gene acquisitions from bacteria

Autoren: Shijulal Nelson-Sathi, Filipa L. Sousa, Mayo Roettger, Nabor Lozada-Chávez, Thorsten Thiergart, Arnold Janssen, David Bryant, Giddy Landan, Peter Schönheit, Bettina Siebers, James O. McInerney, William F. Martin
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 517/7532, 2015, Seite(n) 77-80, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature13805

Unmiraculous facultative anaerobes (comment on DOI 10.1002/bies.201600174)

Autoren: William F. Martin
Veröffentlicht in: BioEssays, Ausgabe 39/6, 2017, Seite(n) 1700041, ISSN 0265-9247
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.201700041

Energy for two: New archaeal lineages and the origin of mitochondria

Autoren: William F. Martin, Sinje Neukirchen, Verena Zimorski, Sven B. Gould, Filipa L. Sousa
Veröffentlicht in: BioEssays, Ausgabe 38/9, 2016, Seite(n) 850-856, ISSN 0265-9247
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.201600089

The Origin of a Killer Revealed by Bronze Age Yersinia Genomes

Autoren: Shijulal Nelson-Sathi, William F. Martin
Veröffentlicht in: Cell Host & Microbe, Ausgabe 18/5, 2015, Seite(n) 513-514, ISSN 1931-3128
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2015.10.016

The Ribofilm as a Concept for Life’s Origins

Autoren: John A. Baross, William F. Martin
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 162/1, 2015, Seite(n) 13-15, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2015.06.038

Lipids Are the Preferred Substrate of the Protist Naegleria gruberi, Relative of a Human Brain Pathogen

Autoren: Michiel L. Bexkens, Verena Zimorski, Maarten J. Sarink, Hans Wienk, Jos F. Brouwers, Johan F. De Jonckheere, William F. Martin, Fred R. Opperdoes, Jaap J. van Hellemond, Aloysius G.M. Tielens
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 25/3, 2018, Seite(n) 537-543.e3, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2018.09.055

Elusive data underlying debate at the prokaryote-eukaryote divide

Autoren: Marie Gerlitz, Michael Knopp, Nils Kapust, Joana C. Xavier, William F. Martin
Veröffentlicht in: Biology Direct, Ausgabe 13/1, 2018, ISSN 1745-6150
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13062-018-0221-x

Serpentinization: Connecting Geochemistry, Ancient Metabolism and Industrial Hydrogenation

Autoren: Martina Preiner, Joana Xavier, Filipa Sousa, Verena Zimorski, Anna Neubeck, Susan Lang, H. Greenwell, Karl Kleinermanns, Harun Tüysüz, Tom McCollom, Nils Holm, William Martin
Veröffentlicht in: Life, Ausgabe 8/4, 2018, Seite(n) 41, ISSN 2075-1729
Herausgeber: Licensee MDPI
DOI: 10.3390/life8040041

The last universal common ancestor between ancient Earth chemistry and the onset of genetics

Autoren: Madeline C. Weiss, Martina Preiner, Joana C. Xavier, Verena Zimorski, William F. Martin
Veröffentlicht in: PLOS Genetics, Ausgabe 14/8, 2018, Seite(n) e1007518, ISSN 1553-7404
Herausgeber: Public Library of Science (United States)
DOI: 10.1371/journal.pgen.1007518

Something special about CO-dependent CO 2 fixation

Autoren: Joana C. Xavier, Martina Preiner, William F. Martin
Veröffentlicht in: The FEBS Journal, Ausgabe 285/22, 2018, Seite(n) 4181-4195, ISSN 1742-464X
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/febs.14664

Origin and phylogenetic relationships of [4Fe–4S]‐containing O 2 sensors of bacteria

Autoren: C. Barth, M. C. Weiss, M. Roettger, W. F. Martin, G. Unden
Veröffentlicht in: Environmental Microbiology, Ausgabe 20/12, 2018, Seite(n) 4567-4586, ISSN 1462-2912
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.14411

Mosaic mitochondrial-plastid insertions into the nuclear genome show evidence of both non-homologous end joining and homologous recombination

Autoren: Shir Portugez, William F. Martin, Einat Hazkani-Covo
Veröffentlicht in: BMC Evolutionary Biology, Ausgabe 18/1, 2018, ISSN 1471-2148
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12862-018-1279-x

Oxygen Reductases in Alphaproteobacterial Genomes: Physiological Evolution From Low to High Oxygen Environments

Autoren: Mauro Degli Esposti, Marek Mentel, William Martin, Filipa L. Sousa
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 10, 2019, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2019.00499

Energy metabolism in anaerobic eukaryotes and Earth's late oxygenation

Autoren: Verena Zimorski, Marek Mentel, Aloysius G.M. Tielens, William F. Martin
Veröffentlicht in: Free Radical Biology and Medicine, Ausgabe 140, 2019, Seite(n) 279-294, ISSN 0891-5849
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.freeradbiomed.2019.03.030

Archaeal Histone Contributions to the Origin of Eukaryotes

Autoren: Clifford F. Brunk, William F. Martin
Veröffentlicht in: Trends in Microbiology, Ausgabe 27/8, 2019, Seite(n) 703-714, ISSN 0966-842X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2019.04.002

Carbon–Metal Bonds: Rare and Primordial in Metabolism

Autoren: William F. Martin
Veröffentlicht in: Trends in Biochemical Sciences, Ausgabe 44/9, 2019, Seite(n) 807-818, ISSN 0968-0004
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibs.2019.04.010

Adaptation to life on land at high O 2 via transition from ferredoxin-to NADH-dependent redox balance

Autoren: S. B. Gould, S. G. Garg, M. Handrich, S. Nelson-Sathi, N. Gruenheit, A. G. M. Tielens, W. F. Martin
Veröffentlicht in: Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, Ausgabe 286/1909, 2019, Seite(n) 20191491, ISSN 0962-8452
Herausgeber: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rspb.2019.1491

Nitrogenase Inhibition Limited Oxygenation of Earth’s Proterozoic Atmosphere

Autoren: John F. Allen, Brenda Thake, William F. Martin
Veröffentlicht in: Trends in Plant Science, Ausgabe 24/11, 2019, Seite(n) 1022-1031, ISSN 1360-1385
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tplants.2019.07.007

Catalysts, autocatalysis and the origin of metabolism

Autoren: Martina Preiner, Joana C. Xavier, Andrey do Nascimento Vieira, Karl Kleinermanns, John F. Allen, William F. Martin
Veröffentlicht in: Interface Focus, Ausgabe 9/6, 2019, Seite(n) 20190072, ISSN 2042-8898
Herausgeber: Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsfs.2019.0072

A hydrogen-dependent geochemical analogue of primordial carbon and energy metabolism

Autoren: Martina Preiner, Kensuke Igarashi, Kamila B. Muchowska, Mingquan Yu, Sreejith J. Varma, Karl Kleinermanns, Masaru K. Nobu, Yoichi Kamagata, Harun Tüysüz, Joseph Moran, William F. Martin
Veröffentlicht in: Nature Ecology & Evolution, Ausgabe 4/4, 2020, Seite(n) 534-542, ISSN 2397-334X
Herausgeber: Springer Nature Limited
DOI: 10.1038/s41559-020-1125-6

Bacterial Genes Outnumber Archaeal Genes in Eukaryotic Genomes

Autoren: Julia Brueckner, William F Martin
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, Ausgabe 12/4, 2020, Seite(n) 282-292, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evaa047

Autocatalytic chemical networks at the origin of metabolism

Autoren: Joana C. Xavier, Wim Hordijk, Stuart Kauffman, Mike Steel, William F. Martin
Veröffentlicht in: Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, Ausgabe 287/1922, 2020, Seite(n) 20192377, ISSN 0962-8452
Herausgeber: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rspb.2019.2377

The ambivalent role of water at the origins of life

Autoren: Andrey Nascimento Vieira, Karl Kleinermanns, William F. Martin, Martina Preiner
Veröffentlicht in: FEBS Letters, 2020, ISSN 0014-5793
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1002/1873-3468.13815

Endosymbiotic origin and differential loss of eukaryotic genes

Autoren: Chuan Ku, Shijulal Nelson-Sathi, Mayo Roettger, Filipa L. Sousa, Peter J. Lockhart, David Bryant, Einat Hazkani-Covo, James O. McInerney, Giddy Landan, William F. Martin
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 524/7566, 2015, Seite(n) 427-432, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature14963

The Physiology of Phagocytosis in the Context of Mitochondrial Origin

Autoren: William F. Martin, Aloysius G. M. Tielens, Marek Mentel, Sriram G. Garg, Sven B. Gould
Veröffentlicht in: Microbiology and Molecular Biology Reviews, Ausgabe 81/3, 2017, Seite(n) e00008-17, ISSN 1092-2172
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/MMBR.00008-17

Quantifying the number of independent organelle DNA insertions in genome evolution and human health

Autoren: Einat Hazkani-Covo, William F. Martin
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, Ausgabe 9, 2017, Seite(n) 1190–1203, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evx078

Bacterial Vesicle Secretion and the Evolutionary Origin of the Eukaryotic Endomembrane System

Autoren: Sven B. Gould, Sriram G. Garg, William F. Martin
Veröffentlicht in: Trends in Microbiology, Ausgabe 24/7, 2016, Seite(n) 525-534, ISSN 0966-842X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2016.03.005

A natural barrier to lateral gene transfer from prokaryotes to eukaryotes revealed from genomes: the 70 % rule

Autoren: Chuan Ku, William F. Martin
Veröffentlicht in: BMC Biology, Ausgabe 14/1, 2016, ISSN 1741-7007
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-016-0315-9

Endosymbiotic theories for eukaryote origin

Autoren: William F. Martin, Sriram Garg, Verena Zimorski
Veröffentlicht in: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Ausgabe 370/1678, 2015, Seite(n) 20140330, ISSN 0962-8436
Herausgeber: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2014.0330

Lokiarchaeon is hydrogen dependent

Autoren: Filipa L. Sousa, Sinje Neukirchen, John F. Allen, Nick Lane, William F. Martin
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, Ausgabe 1/5, 2016, Seite(n) 16034, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature.
DOI: 10.1038/nmicrobiol.2016.34

Late Mitochondrial Origin Is an Artifact

Autoren: William F. Martin, Mayo Roettger, Chuan Ku, Sriram G. Garg, Shijulal Nelson-Sathi, Giddy Landan
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, Ausgabe 9/2, 2017, Seite(n) 373-379, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evx027

Conservation of Transit Peptide-Independent Protein Import into the Mitochondrial and Hydrogenosomal Matrix

Autoren: Sriram Garg, Jan Stölting, Verena Zimorski, Petr Rada, Jan Tachezy, William F. Martin, Sven B. Gould
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, Ausgabe 7/9, 2015, Seite(n) 2716-2726, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evv175

Mitochondria, the Cell Cycle, and the Origin of Sex via a Syncytial Eukaryote Common Ancestor

Autoren: Sriram G. Garg, William F. Martin
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, Ausgabe 8/6, 2016, Seite(n) 1950-1970, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evw136

One step beyond a ribosome: The ancient anaerobic core

Autoren: Filipa L. Sousa, Shijulal Nelson-Sathi, William F. Martin
Veröffentlicht in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics, Ausgabe 1857/8, 2016, Seite(n) 1027-1038, ISSN 0005-2728
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbabio.2016.04.284

The physiology and habitat of the last universal common ancestor

Autoren: Madeline C. Weiss, Filipa L. Sousa, Natalia Mrnjavac, Sinje Neukirchen, Mayo Roettger, Shijulal Nelson-Sathi, William F. Martin
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, Ausgabe 1/9, 2016, Seite(n) 16116, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature.
DOI: 10.1038/nmicrobiol.2016.116

Early Microbial Evolution: The Age of Anaerobes

Autoren: William F. Martin, Filipa L. Sousa
Veröffentlicht in: Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, Ausgabe 8/2, 2016, Seite(n) a018127, ISSN 1943-0264
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/cshperspect.a018127

Physiology, phylogeny, early evolution, and GAPDH

Autoren: William F. Martin, Rüdiger Cerff
Veröffentlicht in: Protoplasma, Ausgabe 254, 2017, Seite(n) 1823–1834, ISSN 0033-183X
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00709-017-1095-y

Anomalous phylogenetic behavior of ribosomal proteins in metagenome assembled asgard archaea

Autoren: Sriram G Garg, Nils Kapust, Weili Lin, Michael Knopp, Fernando D K Tria, Shijulal Nelson-Sathi, Sven B Gould, Lu Fan, Ruixin Zhu, Chuanlun Zhang, William F Martin
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, 2020, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evaa238

Brain energy rescue: an emerging therapeutic concept for neurodegenerative disorders of ageing

Autoren: Stephen C. Cunnane, Eugenia Trushina, Cecilie Morland, Alessandro Prigione, Gemma Casadesus, Zane B. Andrews, M. Flint Beal, Linda H. Bergersen, Roberta D. Brinton, Suzanne de la Monte, Anne Eckert, Jenni Harvey, Ross Jeggo, Jack H. Jhamandas, Oliver Kann, Clothide Mannoury la Cour, William F. Martin, Gilles Mithieux, Paula I. Moreira, Michael P. Murphy, Klaus-Armin Nave, Tal Nuriel, Stéphane H.
Veröffentlicht in: Nature Reviews Drug Discovery, Ausgabe 19/9, 2020, Seite(n) 609-633, ISSN 1474-1776
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41573-020-0072-x

Gene duplications trace mitochondria to the onset of eukaryote complexity

Autoren: Fernando D. K. Tria; Julia Brückner; Josip Skejo; Joana C. Xavier; Verena Zimorski; Sven B. Gould; Sriram G. Garg; William F. Martin
Veröffentlicht in: biorxiv, Ausgabe 1, 2019
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratories
DOI: 10.1101/781211

The theory of two plasma lineages as the basis of symbiogenesis, a new principle for the origin of organisms

Autoren: Klaus V.Kowallik, William F.Martin
Veröffentlicht in: Biosystems, Ausgabe 104281, 2020, ISSN 0303-2647
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.biosystems.2020.104281

Symbiogenesis, gradualism, and mitochondrial energy in eukaryote origin

Autoren: William Martin
Veröffentlicht in: Periodicum Biologorum, Ausgabe 119/3, 2017, Seite(n) 141-158, ISSN 0031-5362
Herausgeber: Hrvatsko Prirodoslovno Drustvo/Croation Society of Natural Sciences
DOI: 10.18054/pb.v119i3.5694

Asking endosymbionts to do an enzyme’s job

Autoren: Sriram G. Garg, William F. Martin
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 115/20, 2018, Seite(n) E4543-E4544, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1804397115

Why Have Organelles Retained Genomes?

Autoren: John F. Allen, William F. Martin
Veröffentlicht in: Cell Systems, Ausgabe 2/2, 2016, Seite(n) 70-72, ISSN 2405-4712
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2016.02.007

Physiology, phylogeny, and the energetic roots of life

Autoren: William F. Martin
Veröffentlicht in: Periodicum Biologorum, Ausgabe 118/4, 2017, ISSN 0031-5362
Herausgeber: Hrvatsko Prirodoslovno Drustvo/Croation Society of Natural Sciences
DOI: 10.18054/pb.v118i4.4737

Endosymbiotic Theory

Autoren: S. Garg, V. Zimorski, W.F. Martin
Veröffentlicht in: The Encyclopedia of Evolutionary Biology, Vol. 1, 2016, Seite(n) 511-517
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/b978-0-12-800049-6.00191-8

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