Early Microbial Evolution

Phylogenetic analyses with systematic taxon sampling show that mitochondria branch within Alphaproteobacteria

Autori: Lu Fan, Dingfeng Wu, Vadim Goremykin, Jing Xiao, Yanbing Xu, Sriram Garg, Chuanlun Zhang, William F. Martin, Ruixin Zhu
Pubblicato in: Nature Ecology & Evolution, Numero 4/9, 2020, Pagina/e 1213-1219, ISSN 2397-334X
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-020-1239-x

A spectrum of verticality across genes

Autori: Falk S. P. Nagies, Julia Brueckner, Fernando D. K. Tria, William F. Martin
Pubblicato in: PLOS Genetics, Numero 16/11, 2020, Pagina/e e1009200, ISSN 1553-7404
Editore: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1009200

Older Than Genes: The Acetyl CoA Pathway and Origins

Autori: William F. Martin
Pubblicato in: Frontiers in Microbiology, Numero 11, 2020, Pagina/e 21, ISSN 1664-302X
Editore: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2020.00817

On Being the Right Size as an Animal with Plastids

Autori: Cessa Rauch, Peter Jahns, Aloysius G. M. Tielens, Sven B. Gould, William F. Martin
Pubblicato in: Frontiers in Plant Science, Numero 8, 2017, Pagina/e 1402, ISSN 1664-462X
Editore: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2017.01402

Failure to Recover Major Events of Gene Flux in Real Biological Data Due to Method Misapplication

Autori: Nils Kapust, Shijulal Nelson-Sathi, Barbara Schönfeld, Einat Hazkani-Covo, David Bryant, Peter J Lockhart, Mayo Röttger, Joana C Xavier, William F Martin
Pubblicato in: Genome Biology and Evolution, Numero 10/5, 2018, Pagina/e 1198-1209, ISSN 1759-6653
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evy080

Eukaryote lateral gene transfer is Lamarckian

Autori: William F. Martin
Pubblicato in: Nature Ecology & Evolution, Numero 2/5, 2018, Pagina/e 754-754, ISSN 2397-334X
Editore: Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-018-0521-7

A physiological perspective on the origin and evolution of photosynthesis

Autori: William F Martin, Donald A Bryant, J Thomas Beatty
Pubblicato in: FEMS Microbiology Reviews, Numero 42/2, 2017, Pagina/e 205-231, ISSN 1574-6976
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/femsre/fux056

Native metals, electron bifurcation, and CO 2 reduction in early biochemical evolution

Autori: Filipa L Sousa, Martina Preiner, William F Martin
Pubblicato in: Current Opinion in Microbiology, Numero 43, 2018, Pagina/e 77-83, ISSN 1369-5274
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2017.12.010

Too Much Eukaryote LGT

Autori: William F. Martin
Pubblicato in: BioEssays, Numero 39/12, 2017, Pagina/e 1700115, ISSN 0265-9247
Editore: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.201700115

Protein Import and the Origin of Red Complex Plastids

Autori: Sven B. Gould, Uwe-G. Maier, William F. Martin
Pubblicato in: Current Biology, Numero 25/12, 2015, Pagina/e R515-R521, ISSN 0960-9822
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2015.04.033

Endosymbiotic gene transfer from prokaryotic pangenomes: Inherited chimerism in eukaryotes

Autori: Chuan Ku, Shijulal Nelson-Sathi, Mayo Roettger, Sriram Garg, Einat Hazkani-Covo, William F. Martin
Pubblicato in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numero 112/33, 2015, Pagina/e 10139-10146, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1421385112

Autocatalytic sets in E. coli metabolism

Autori: Filipa L Sousa, Wim Hordijk, Mike Steel, William F Martin
Pubblicato in: Journal of Systems Chemistry, Numero 6/1, 2015, ISSN 1759-2208
Editore: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13322-015-0009-7

Origins of major archaeal clades correspond to gene acquisitions from bacteria

Autori: Shijulal Nelson-Sathi, Filipa L. Sousa, Mayo Roettger, Nabor Lozada-Chávez, Thorsten Thiergart, Arnold Janssen, David Bryant, Giddy Landan, Peter Schönheit, Bettina Siebers, James O. McInerney, William F. Martin
Pubblicato in: Nature, Numero 517/7532, 2015, Pagina/e 77-80, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature13805

Unmiraculous facultative anaerobes (comment on DOI 10.1002/bies.201600174)

Autori: William F. Martin
Pubblicato in: BioEssays, Numero 39/6, 2017, Pagina/e 1700041, ISSN 0265-9247
Editore: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.201700041

Energy for two: New archaeal lineages and the origin of mitochondria

Autori: William F. Martin, Sinje Neukirchen, Verena Zimorski, Sven B. Gould, Filipa L. Sousa
Pubblicato in: BioEssays, Numero 38/9, 2016, Pagina/e 850-856, ISSN 0265-9247
Editore: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.201600089

The Origin of a Killer Revealed by Bronze Age Yersinia Genomes

Autori: Shijulal Nelson-Sathi, William F. Martin
Pubblicato in: Cell Host & Microbe, Numero 18/5, 2015, Pagina/e 513-514, ISSN 1931-3128
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2015.10.016

The Ribofilm as a Concept for Life’s Origins

Autori: John A. Baross, William F. Martin
Pubblicato in: Cell, Numero 162/1, 2015, Pagina/e 13-15, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2015.06.038

Lipids Are the Preferred Substrate of the Protist Naegleria gruberi, Relative of a Human Brain Pathogen

Autori: Michiel L. Bexkens, Verena Zimorski, Maarten J. Sarink, Hans Wienk, Jos F. Brouwers, Johan F. De Jonckheere, William F. Martin, Fred R. Opperdoes, Jaap J. van Hellemond, Aloysius G.M. Tielens
Pubblicato in: Cell Reports, Numero 25/3, 2018, Pagina/e 537-543.e3, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2018.09.055

Elusive data underlying debate at the prokaryote-eukaryote divide

Autori: Marie Gerlitz, Michael Knopp, Nils Kapust, Joana C. Xavier, William F. Martin
Pubblicato in: Biology Direct, Numero 13/1, 2018, ISSN 1745-6150
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13062-018-0221-x

Serpentinization: Connecting Geochemistry, Ancient Metabolism and Industrial Hydrogenation

Autori: Martina Preiner, Joana Xavier, Filipa Sousa, Verena Zimorski, Anna Neubeck, Susan Lang, H. Greenwell, Karl Kleinermanns, Harun Tüysüz, Tom McCollom, Nils Holm, William Martin
Pubblicato in: Life, Numero 8/4, 2018, Pagina/e 41, ISSN 2075-1729
Editore: Licensee MDPI
DOI: 10.3390/life8040041

The last universal common ancestor between ancient Earth chemistry and the onset of genetics

Autori: Madeline C. Weiss, Martina Preiner, Joana C. Xavier, Verena Zimorski, William F. Martin
Pubblicato in: PLOS Genetics, Numero 14/8, 2018, Pagina/e e1007518, ISSN 1553-7404
Editore: Public Library of Science (United States)
DOI: 10.1371/journal.pgen.1007518

Something special about CO-dependent CO 2 fixation

Autori: Joana C. Xavier, Martina Preiner, William F. Martin
Pubblicato in: The FEBS Journal, Numero 285/22, 2018, Pagina/e 4181-4195, ISSN 1742-464X
Editore: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/febs.14664

Origin and phylogenetic relationships of [4Fe–4S]‐containing O 2 sensors of bacteria

Autori: C. Barth, M. C. Weiss, M. Roettger, W. F. Martin, G. Unden
Pubblicato in: Environmental Microbiology, Numero 20/12, 2018, Pagina/e 4567-4586, ISSN 1462-2912
Editore: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.14411

Mosaic mitochondrial-plastid insertions into the nuclear genome show evidence of both non-homologous end joining and homologous recombination

Autori: Shir Portugez, William F. Martin, Einat Hazkani-Covo
Pubblicato in: BMC Evolutionary Biology, Numero 18/1, 2018, ISSN 1471-2148
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12862-018-1279-x

Oxygen Reductases in Alphaproteobacterial Genomes: Physiological Evolution From Low to High Oxygen Environments

Autori: Mauro Degli Esposti, Marek Mentel, William Martin, Filipa L. Sousa
Pubblicato in: Frontiers in Microbiology, Numero 10, 2019, ISSN 1664-302X
Editore: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2019.00499

Energy metabolism in anaerobic eukaryotes and Earth's late oxygenation

Autori: Verena Zimorski, Marek Mentel, Aloysius G.M. Tielens, William F. Martin
Pubblicato in: Free Radical Biology and Medicine, Numero 140, 2019, Pagina/e 279-294, ISSN 0891-5849
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.freeradbiomed.2019.03.030

Archaeal Histone Contributions to the Origin of Eukaryotes

Autori: Clifford F. Brunk, William F. Martin
Pubblicato in: Trends in Microbiology, Numero 27/8, 2019, Pagina/e 703-714, ISSN 0966-842X
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2019.04.002

Carbon–Metal Bonds: Rare and Primordial in Metabolism

Autori: William F. Martin
Pubblicato in: Trends in Biochemical Sciences, Numero 44/9, 2019, Pagina/e 807-818, ISSN 0968-0004
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibs.2019.04.010

Adaptation to life on land at high O 2 via transition from ferredoxin-to NADH-dependent redox balance

Autori: S. B. Gould, S. G. Garg, M. Handrich, S. Nelson-Sathi, N. Gruenheit, A. G. M. Tielens, W. F. Martin
Pubblicato in: Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, Numero 286/1909, 2019, Pagina/e 20191491, ISSN 0962-8452
Editore: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rspb.2019.1491

Nitrogenase Inhibition Limited Oxygenation of Earth’s Proterozoic Atmosphere

Autori: John F. Allen, Brenda Thake, William F. Martin
Pubblicato in: Trends in Plant Science, Numero 24/11, 2019, Pagina/e 1022-1031, ISSN 1360-1385
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tplants.2019.07.007

Catalysts, autocatalysis and the origin of metabolism

Autori: Martina Preiner, Joana C. Xavier, Andrey do Nascimento Vieira, Karl Kleinermanns, John F. Allen, William F. Martin
Pubblicato in: Interface Focus, Numero 9/6, 2019, Pagina/e 20190072, ISSN 2042-8898
Editore: Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsfs.2019.0072

A hydrogen-dependent geochemical analogue of primordial carbon and energy metabolism

Autori: Martina Preiner, Kensuke Igarashi, Kamila B. Muchowska, Mingquan Yu, Sreejith J. Varma, Karl Kleinermanns, Masaru K. Nobu, Yoichi Kamagata, Harun Tüysüz, Joseph Moran, William F. Martin
Pubblicato in: Nature Ecology & Evolution, Numero 4/4, 2020, Pagina/e 534-542, ISSN 2397-334X
Editore: Springer Nature Limited
DOI: 10.1038/s41559-020-1125-6

Bacterial Genes Outnumber Archaeal Genes in Eukaryotic Genomes

Autori: Julia Brueckner, William F Martin
Pubblicato in: Genome Biology and Evolution, Numero 12/4, 2020, Pagina/e 282-292, ISSN 1759-6653
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evaa047

Autocatalytic chemical networks at the origin of metabolism

Autori: Joana C. Xavier, Wim Hordijk, Stuart Kauffman, Mike Steel, William F. Martin
Pubblicato in: Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, Numero 287/1922, 2020, Pagina/e 20192377, ISSN 0962-8452
Editore: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rspb.2019.2377

The ambivalent role of water at the origins of life

Autori: Andrey Nascimento Vieira, Karl Kleinermanns, William F. Martin, Martina Preiner
Pubblicato in: FEBS Letters, 2020, ISSN 0014-5793
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1002/1873-3468.13815

Endosymbiotic origin and differential loss of eukaryotic genes

Autori: Chuan Ku, Shijulal Nelson-Sathi, Mayo Roettger, Filipa L. Sousa, Peter J. Lockhart, David Bryant, Einat Hazkani-Covo, James O. McInerney, Giddy Landan, William F. Martin
Pubblicato in: Nature, Numero 524/7566, 2015, Pagina/e 427-432, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature14963

The Physiology of Phagocytosis in the Context of Mitochondrial Origin

Autori: William F. Martin, Aloysius G. M. Tielens, Marek Mentel, Sriram G. Garg, Sven B. Gould
Pubblicato in: Microbiology and Molecular Biology Reviews, Numero 81/3, 2017, Pagina/e e00008-17, ISSN 1092-2172
Editore: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/MMBR.00008-17

Quantifying the number of independent organelle DNA insertions in genome evolution and human health

Autori: Einat Hazkani-Covo, William F. Martin
Pubblicato in: Genome Biology and Evolution, Numero 9, 2017, Pagina/e 1190–1203, ISSN 1759-6653
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evx078

Bacterial Vesicle Secretion and the Evolutionary Origin of the Eukaryotic Endomembrane System

Autori: Sven B. Gould, Sriram G. Garg, William F. Martin
Pubblicato in: Trends in Microbiology, Numero 24/7, 2016, Pagina/e 525-534, ISSN 0966-842X
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2016.03.005

A natural barrier to lateral gene transfer from prokaryotes to eukaryotes revealed from genomes: the 70 % rule

Autori: Chuan Ku, William F. Martin
Pubblicato in: BMC Biology, Numero 14/1, 2016, ISSN 1741-7007
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-016-0315-9

Endosymbiotic theories for eukaryote origin

Autori: William F. Martin, Sriram Garg, Verena Zimorski
Pubblicato in: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numero 370/1678, 2015, Pagina/e 20140330, ISSN 0962-8436
Editore: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2014.0330

Lokiarchaeon is hydrogen dependent

Autori: Filipa L. Sousa, Sinje Neukirchen, John F. Allen, Nick Lane, William F. Martin
Pubblicato in: Nature Microbiology, Numero 1/5, 2016, Pagina/e 16034, ISSN 2058-5276
Editore: Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature.
DOI: 10.1038/nmicrobiol.2016.34

Late Mitochondrial Origin Is an Artifact

Autori: William F. Martin, Mayo Roettger, Chuan Ku, Sriram G. Garg, Shijulal Nelson-Sathi, Giddy Landan
Pubblicato in: Genome Biology and Evolution, Numero 9/2, 2017, Pagina/e 373-379, ISSN 1759-6653
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evx027

Conservation of Transit Peptide-Independent Protein Import into the Mitochondrial and Hydrogenosomal Matrix

Autori: Sriram Garg, Jan Stölting, Verena Zimorski, Petr Rada, Jan Tachezy, William F. Martin, Sven B. Gould
Pubblicato in: Genome Biology and Evolution, Numero 7/9, 2015, Pagina/e 2716-2726, ISSN 1759-6653
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evv175

Mitochondria, the Cell Cycle, and the Origin of Sex via a Syncytial Eukaryote Common Ancestor

Autori: Sriram G. Garg, William F. Martin
Pubblicato in: Genome Biology and Evolution, Numero 8/6, 2016, Pagina/e 1950-1970, ISSN 1759-6653
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evw136

One step beyond a ribosome: The ancient anaerobic core

Autori: Filipa L. Sousa, Shijulal Nelson-Sathi, William F. Martin
Pubblicato in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics, Numero 1857/8, 2016, Pagina/e 1027-1038, ISSN 0005-2728
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbabio.2016.04.284

The physiology and habitat of the last universal common ancestor

Autori: Madeline C. Weiss, Filipa L. Sousa, Natalia Mrnjavac, Sinje Neukirchen, Mayo Roettger, Shijulal Nelson-Sathi, William F. Martin
Pubblicato in: Nature Microbiology, Numero 1/9, 2016, Pagina/e 16116, ISSN 2058-5276
Editore: Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature.
DOI: 10.1038/nmicrobiol.2016.116

Early Microbial Evolution: The Age of Anaerobes

Autori: William F. Martin, Filipa L. Sousa
Pubblicato in: Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, Numero 8/2, 2016, Pagina/e a018127, ISSN 1943-0264
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/cshperspect.a018127

Physiology, phylogeny, early evolution, and GAPDH

Autori: William F. Martin, Rüdiger Cerff
Pubblicato in: Protoplasma, Numero 254, 2017, Pagina/e 1823–1834, ISSN 0033-183X
Editore: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00709-017-1095-y

Anomalous phylogenetic behavior of ribosomal proteins in metagenome assembled asgard archaea

Autori: Sriram G Garg, Nils Kapust, Weili Lin, Michael Knopp, Fernando D K Tria, Shijulal Nelson-Sathi, Sven B Gould, Lu Fan, Ruixin Zhu, Chuanlun Zhang, William F Martin
Pubblicato in: Genome Biology and Evolution, 2020, ISSN 1759-6653
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evaa238

Brain energy rescue: an emerging therapeutic concept for neurodegenerative disorders of ageing

Autori: Stephen C. Cunnane, Eugenia Trushina, Cecilie Morland, Alessandro Prigione, Gemma Casadesus, Zane B. Andrews, M. Flint Beal, Linda H. Bergersen, Roberta D. Brinton, Suzanne de la Monte, Anne Eckert, Jenni Harvey, Ross Jeggo, Jack H. Jhamandas, Oliver Kann, Clothide Mannoury la Cour, William F. Martin, Gilles Mithieux, Paula I. Moreira, Michael P. Murphy, Klaus-Armin Nave, Tal Nuriel, Stéphane H.
Pubblicato in: Nature Reviews Drug Discovery, Numero 19/9, 2020, Pagina/e 609-633, ISSN 1474-1776
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41573-020-0072-x

Gene duplications trace mitochondria to the onset of eukaryote complexity

Autori: Fernando D. K. Tria; Julia Brückner; Josip Skejo; Joana C. Xavier; Verena Zimorski; Sven B. Gould; Sriram G. Garg; William F. Martin
Pubblicato in: biorxiv, Numero 1, 2019
Editore: Cold Spring Harbor Laboratories
DOI: 10.1101/781211

The theory of two plasma lineages as the basis of symbiogenesis, a new principle for the origin of organisms

Autori: Klaus V.Kowallik, William F.Martin
Pubblicato in: Biosystems, Numero 104281, 2020, ISSN 0303-2647
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.biosystems.2020.104281

Symbiogenesis, gradualism, and mitochondrial energy in eukaryote origin

Autori: William Martin
Pubblicato in: Periodicum Biologorum, Numero 119/3, 2017, Pagina/e 141-158, ISSN 0031-5362
Editore: Hrvatsko Prirodoslovno Drustvo/Croation Society of Natural Sciences
DOI: 10.18054/pb.v119i3.5694

Asking endosymbionts to do an enzyme’s job

Autori: Sriram G. Garg, William F. Martin
Pubblicato in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numero 115/20, 2018, Pagina/e E4543-E4544, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1804397115

Why Have Organelles Retained Genomes?

Autori: John F. Allen, William F. Martin
Pubblicato in: Cell Systems, Numero 2/2, 2016, Pagina/e 70-72, ISSN 2405-4712
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2016.02.007

Physiology, phylogeny, and the energetic roots of life

Autori: William F. Martin
Pubblicato in: Periodicum Biologorum, Numero 118/4, 2017, ISSN 0031-5362
Editore: Hrvatsko Prirodoslovno Drustvo/Croation Society of Natural Sciences
DOI: 10.18054/pb.v118i4.4737

Endosymbiotic Theory

Autori: S. Garg, V. Zimorski, W.F. Martin
Pubblicato in: The Encyclopedia of Evolutionary Biology, Vol. 1, 2016, Pagina/e 511-517
Editore: Academic Press
DOI: 10.1016/b978-0-12-800049-6.00191-8

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