Opis projektu
Źródła zmienności fenotypowej u złożonych kręgowców
Celem finansowanego ze środków UE projektu IndiGene jest dogłębne zbadanie i scharakteryzowanie źródeł zmienności powodujących zmienność fenotypową u złożonych kręgowców. W ramach projektu scharakteryzowane zostaną genetyczne i środowiskowe źródła zmienności i odrębne przypadki zmienności stochastycznej występujące nawet w stałych warunkach genetycznych i środowiskowych. Do roli modelu badacze wybrali medakę (ryżankę japońską), a następnie dokonali chowu wsobnego i przeprowadzili całogenomowe sekwencjonowanie panelu 111 różnych medak z jednego miejsca. Teraz planują oni zbadać fenotypy tych ryb przy użyciu struktury o wysokim stopniu replikacji, od fenotypów organizmów po fenotypy cząsteczkowe. Dane będą analizowane z wykorzystaniem najnowocześniejszych metod podziału zmienności na składniki genetyczne, środowiskowe i stochastyczne oraz ich wzajemnych oddziaływań.
Cel
We propose to thoroughly investigate and characterise the sources of variation that results in varying phenotypes in a complex vertebrate. As well as characterising the genetic and environmental sources of variation, we will also investigate individual stochastic variation present even in fixed settings (both genetically and environmentally). To achieve this we will exploit the unique properties of Medaka fish, which can be fully inbred from the wild. We have already inbred and performed whole genome sequencing of a panel of 111 diverse Medaka fish from a single location; we propose to phenotype these fish in depth with high replication structure, ranging from organismal to molecular phenotypes. We will also phenotype entirely wild fish from the same source population as the panel with a subset of the phenotypes. We will analyse the data using state of the art methods to partition variation between genetic, environmental and stochastic components, and their interactions. We will integrate across both the different levels of phenotypic information across the cardiovascular system, and also across vertebrate phenotypes, in particular the extensive human phenotypes. By using genetic crosses and CRISPR-Cas9 techniques we will definitively prove specific interactions. We will host a “Research Hotel” for other phenotyping schemes to be applied to this panel, in particular from the Zebrafish community. This comprehensive and carefully replicated study will allow us to understand the opportunities and limitations of genetic stratification and personalised medicine in humans.
Dziedzina nauki
Słowa kluczowe
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
ERC-SyG - Synergy grantInstytucja przyjmująca
69117 Heidelberg
Niemcy