From GWAS to functional studies: Tackling the complex nature of brain disorders

Projektinformationen

GWAS2FUNC

ID Finanzhilfevereinbarung: 834057

DOI 10.3030/834057

EK-Unterschriftsdatum 25 Juli 2019

Startdatum 1 September 2019

Enddatum 31 August 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten € 2 378 412,00

EU-Beitrag € 2 378 412,00

Koordiniert durch

STICHTING VU
Netherlands

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Leistungen

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

After 6 months the initial data management plan will be delivered and updated during the lifespan of the project.

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (16)

An integrated framework for local genetic correlation analysis

Autoren: Josefin Werme, Sophie van der Sluis, Danielle Posthuma, Christiaan de Leeuw
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe March 14, 2022, 2022, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2020.12.31.424652

Statistical testing in transcriptomic-neuroimaging studies: A how-to and evaluation of methods assessing spatial and gene specificity

Autoren: Yongbin Wei, Siemon C. de Lange, Rory Pijnenburg, Lianne H. Scholtens, Dirk Jan Ardesch, Kyoko Watanabe, Danielle Posthuma, Martijn P. van den Heuvel
Veröffentlicht in: Human Brain Mapping, Ausgabe Feb 15 2022, 2021, Seite(n) 885-901, ISSN 1097-0193
Herausgeber: Wiley Online Library
DOI: 10.1002/hbm.25711

Genome-wide association study of cerebellar volume provides insights into heritable mechanisms underlying brain development and mental health

Autoren: Elleke Tissink; Siemon C. de Lange; Jeanne E. Savage; Douglas P. Wightman; Christiaan A. de Leeuw; Kristen M. Kelly; Mats Nagel; Martijn P. van den Heuvel; Danielle Posthuma
Veröffentlicht in: Communications Biology, Ausgabe 5(710), 2022, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42003-022-03672-7

Genome-wide meta-analysis for Alzheimer’s disease cerebrospinal fluid biomarkers

Autoren: Jansen, Iris; van der Lee, Sven J; Bellenguez, Céline; Ramakers, Inez; Rodriguez-Rodriguez, Eloy; Rujescu, Dan; Saltvedt, Ingvild; Sanchez-Juan, Pascual; Scheltens, Philip; Scherbaum, Norbert; Schmid, Matthias; Schneider, Anja; Selbæk, Geir; Kleineidam, Luca; Selnes, Per; Shadrin, Alexey; Skoog, Ingmar; Soininen, Hilkka; Tárraga, Lluís; Teipel, Stefan; group, GR@ACE study; Tijms, Betty; Tsolak
Veröffentlicht in: Acta Neuropathologica, Ausgabe Volume 144, 2022, Seite(n) 821-842, ISSN 0001-6322
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00401-022-02454-z

The Genetic Architectures of Functional and Structural Connectivity Properties within Cerebral Resting-State Networks

Autoren: Elleke Tissink; Josefin Werme; Siemon C. de Lange; Jeanne E. Savage; Yongbin Wei; Christiaan A. de Leeuw; Mats Nagel; Danielle Posthuma; Martijn P. van den Heuvel
Veröffentlicht in: eNeuro, Ausgabe 10(4), 2023, ISSN 2373-2822
Herausgeber: Society for Neuroscience
DOI: 10.1523/eneuro.0242-22.2023

Genome-wide meta-analysis of brain volume identifies genomic loci and genes shared with intelligence

Autoren: Philip R. Jansen, Mats Nagel, Kyoko Watanabe, Yongbin Wei, Jeanne E. Savage, Christiaan A. de Leeuw, Martijn P. van den Heuvel, Sophie van der Sluis & Danielle Posthuma
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe November 5, 2020, 2020, Seite(n) Article Number: 5606, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-19378-5

Genome-wide association studies of polygenic risk score-derived phenotypes may lead to inflated false positive rates

Autoren: Emil Uffelmann, Danielle Posthuma, Wouter J. Peyrot
Veröffentlicht in: Scientific Reports - Nature, Ausgabe 4219 (2023), 2023, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-29428-9

Genome-wide meta-analysis of insomnia prioritizes genes associated with metabolic and psychiatric pathways

Autoren: Kyoko Watanabe; Philip R. Jansen; Jeanne E. Savage; Priyanka Nandakumar; Xin Wang; Michelle Agee; Stella Aslibekyan; Adam Auton; Robert K. Bell; Katarzyna Bryc; Sarah K. Clark; Sarah L. Elson; Kipper Fletez-Brant; Pierre Fontanillas; Nicholas A. Furlotte; Pooja M. Gandhi; Karl Heilbron; Barry Hicks; Karen E. Huber; Ethan M. Jewett; Yunxuan Jiang; Aaron Kleinman; Keng-Han Lin; Nadia K. Litterman; J
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 54(8), 2022, Seite(n) 1125-1132, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-022-01124-w

The genetic overlap between Alzheimer’s disease, amyotrophic lateral sclerosis, Lewy body dementia, and Parkinson’s disease

Autoren: Douglas P. Wightman, Jeanne E. Savage, Elleke Tissink, Cato Romero, Iris E. Jansen, Danielle Posthuma
Veröffentlicht in: Neurobiology of Aging, Ausgabe Volume 127, 2023, Seite(n) 99-112, ISSN 0197-4580
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.neurobiolaging.2023.03.004

Emerging Methods and Resources for Biological Interrogation of Neuropsychiatric Polygenic Signal

Autoren: Emil Uffelmann, Danielle Posthuma
Veröffentlicht in: Biological Psychiatry, Ausgabe 89/1, 2021, Seite(n) 41-53, ISSN 0006-3223
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.biopsych.2020.05.022

Genome-wide gene-environment interactions in neuroticism: an exploratory study across 25 environments

Autoren: Josefin Werme, Sophie van der Sluis, Danielle Posthuma & Christiaan A. de Leeuw
Veröffentlicht in: Translational Psychiatry, Ausgabe March 22, 2021, 2021, Seite(n) Article number: 180, ISSN 2158-3188
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41398-021-01334-6

A genome-wide association study with 1,126,563 individuals identifies new risk loci for Alzheimer’s disease

Autoren: Douglas P. Wightman, Iris E. Jansen, Jeanne E. Savage, Alexey A. Shadrin, Shahram Bahrami, Dominic Holland, Arvid Rongve, Sigrid Børte, Bendik S. Winsvold, Ole Kristian Drange, Amy E. Martinsen, Anne Heidi Skogholt, Cristen Willer, Geir Bråthen, Ingunn Bosnes, Jonas Bille Nielsen, Lars G. Fritsche, Laurent F. Thomas, Linda M. Pedersen, Maiken E. Gabrielsen, Marianne Bakke Johnsen, Tore Wergeland
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe September 7, 2021, 2021, Seite(n) 1276–1282, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-021-00977-x

Exploring the genetic overlap between twelve psychiatric disorders

Autoren: ato Romero, Josefin Werme, Philip R. Jansen, Joel Gelernter, Murray B. Stein, Daniel Levey, Renato Polimanti, Christiaan de Leeuw, Danielle Posthuma, Mats Nagel, Sophie van der Sluis
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 54, 2022, Seite(n) 1795-1802, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-022-01245-2

On the interpretation of transcriptome-wide association studies

Autoren: Christiaan de Leeuw, Josefin Werme, Jeanne E. Savage, Wouter J. Peyrot, Danielle Posthuma
Veröffentlicht in: PLOS Genetics, Ausgabe 19(9): e101092, 2023, ISSN 1553-7390
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1010921

Genome-wide association studies

Autoren: Emil Uffelmann, Qin Qin Huang, Nchangwi Syntia Munung, Jantina de Vries, Yukinori Okada, Alicia R. Martin, Hilary C. Martin, Tuuli Lappalainen & Danielle Posthuma
Veröffentlicht in: Nature Reviews Methods Primers, Ausgabe August 29, 2021, 2021, Seite(n) Article number: 59, ISSN 2662-8449
Herausgeber: Nature portfolio
DOI: 10.1038/s43586-021-00056-9

Demystifying non-coding GWAS variants: an overview of computational tools and methods

Autoren: Marijn Schipper, Danielle Posthuma
Veröffentlicht in: Human Molecular Genetics, Ausgabe Volume 31, Ausgabe R1, 2022, Seite(n) R73-R83, ISSN 0964-6906
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/hmg/ddac198

Other (10)

Mapping the genetic evolutionary timeline of human neural and cognitive traits

Autoren: Ilan Libedinsky; Yongbin Wei; Christiaan de Leeuw; James K. Rilling; Danielle Posthuma; Martijn P. van den Heuvel
Veröffentlicht in: bioRxiv, Ausgabe Sep 28, 2023, 2023
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.02.05.525539

Genome-wide association study of cerebellar volume

Autoren: E.P. Tissink, S.C. de Lange, J.E. Savage, D.P. Wightman, K.M. Kelly, M. Nagel, M.P. van den Heuvel, D. Posthuma
Veröffentlicht in: bioRxiv, Ausgabe November 4, 2021, 2021
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2021.11.04.467250

Patient iPSC-derived astrocytes with high polygenic risk for schizophrenia reveals a role for mitochondrial glutamate carrier SLC25A18

Autoren: Stephanie Beekhuis-Hoekstra; Karen Laupman; Yongbin Wei; Kyoko Watanabe; Paulien Cornelissen-Steijger; Patrick Sullivan; Danielle Posthuma; Vivi Heine
Veröffentlicht in: Research Square, Ausgabe 15 JUl, 2022, 2022, ISSN 2693-5015
Herausgeber: Research Square
DOI: 10.21203/rs.3.rs-1811182/v1

Reconsidering the validity of transcriptome-wide association studies

Autoren: Christiaan de Leeuw, Josefin Werme, Jeanne Savage, Wouter Peyrot, Danielle Posthuma
Veröffentlicht in: BioRxiv, Ausgabe August 15, 2021, 2021
Herausgeber: BioRxiv
DOI: 10.1101/2021.08.15.456414

Estimating Disorder Probability Based on Polygenic Prediction Using the BPC Approach

Autoren: Emil Uffelmann, Major Depressive Disorder Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium, Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium, Alkes L. Price, Danielle Posthuma, Wouter J. Peyrot
Veröffentlicht in: medRxiv, Ausgabe January 14, 2024, 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.01.12.24301157

Local Genetic Sex Differences in Quantitative Traits

Autoren: Emil Uffelmann, Christiaan de Leeuw, Danielle Posthuma
Veröffentlicht in: medRxiv, Ausgabe May 4, 2023, 2023
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.05.04.539410

Rare Variant Aggregation in 148,508 Exomes Identifies Genes Associated with Proxy Alzheimer’s Disease

Autoren: Douglas P Wightman, Jeanne E Savage, Christiaan A de Leeuw, Iris E Jansen, Danielle Posthuma
Veröffentlicht in: medRxiv, Ausgabe October 18, 2021, 2021
Herausgeber: medRxiv
DOI: 10.1101/2021.10.17.21265070

Genome-wide meta-analysis of insomnia in over 2.3 million individuals implicates involvement of specific biological pathways through gene-prioritization

Autoren: Kyoko Watanabe, Philip R. Jansen, Jeanne E. Savage, Priyanka Nandakumar, Xin Wang, 23andMe Research Team, David A. Hinds, Joel Gelernter, Daniel F. Levey, Renato Polimanti, Murray B. Stein, Eus J.W. Van Someren, August B. Smit, Danielle Posthuma
Veröffentlicht in: medRxiv, Ausgabe December 7, 2020, 2020
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2020.12.07.20245209

Abundant pleiotropy across neuroimaging modalities identified through a multivariate genome-wide association study

Autoren: E.P. Tissink; A.A. Shadrin; D. van der Meer; N. Parker; G. Hindley; D. Roelfs; O. Frei; C.C. Fan; M. Nagel; T. Nærland; M. Budisteanu; S. Djurovic; L. T. Westlye; M.P. van den Heuvel; D. Posthuma; T. Kaufmann; A.M. Dale; O.A. Andreassen
Veröffentlicht in: bioRxiv, Ausgabe 20 December, 2022, 2022
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.12.20.521181

Local genetic correlation analysis links depression with molecular and brain imaging endophenotypes

Autoren: J. Werme; E.P. Tissink; S.C. de Lange; M.P. van den Heuvel; D. Posthuma; C.A. de Leeuw
Veröffentlicht in: medRxiv, Ausgabe March 3, 2023, 2023
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.03.01.23286613